南海诸岛南海诸岛地处热带海洋，多数岛屿气温年变化极小，终年皆夏。年均温在25℃以上，最冷月均温20℃以上。年降水量高于1400毫米，风大，蒸发快。岛的基质为多盐环境，植被为极端的盐生类型，主要有麻风桐、海岸桐、海刀豆等。栽培植物有椰子、番木瓜、菠萝蜜、剑麻、香蕉和绿化树种木麻黄等。动物主要是鸟类，常见的有白腹褐鲣鸟、红脚鲣鸟、海鸥和家燕等。大量鸟粪形成鸟粪层，在高温多雨环境下，植物分解生成有机酸溶解鸟粪中的磷质而向下渗透、充填、胶结，形成磷质生物碎屑石灰岩，或称鸟粪磷矿，含磷天然肥料。浅海重要鱼类有40多种；有大量珊瑚，还有海龟、玳瑁、贝类、虾蟹、海藻等，构成热带海洋生态系统。
