细菌性肠炎病、烂鳃病、赤皮病是草鱼的旧三大主要病害。
草鱼细菌性烂鳃、细菌性肠炎、赤皮病的病原分别是柱状嗜纤维菌、肠型点状气单胞菌和荧光假单胞菌,它们均属革兰氏阴性菌。
细菌性并发症（赤皮、烂鳃、肠炎并发症）、病毒性出血病、肝胆综合症是草鱼的新三大主要病害。
细菌性并发症（赤皮、烂鳃、肠炎并发症）：
该病的致病菌是由多种细菌引起的，包括肠型点状气单胞菌、鱼害粘球菌、荧光假单胞菌等。
患此病的鱼，发病症状兼具赤皮、烂鳃和肠炎三种症状：
病鱼体色发黑，头部发黑，离群独游；反应迟钝，腹部膨大，两侧常有红斑，明显“蛀鳍”，肛门红肿突出，成紫红色，轻压腹部，有黄色黏液和血脓流出。
剖开腹部，可见腹腔积液，肠壁充血发炎，后肠尤甚，肠黏膜细胞往往溃烂脱落，并与血液混合而成血污，充塞于肠管中；肝脏亦常有红色斑点淤血。
病鱼鳃丝点状充血，末端腐烂，软骨外露，致使边缘发白，鳃丝上带有黏液和淤泥，严重时鳃盖骨表皮充血，发炎，腐烂，中间部分往往被腐灼成一圆形透明小窗，俗称“开天窗”。
体表局部发炎，鳞片松动脱落，以腹部两侧为明显，鳍基充血，末端腐烂，鳞片脱落或鳍条腐烂处常有水霉寄生。
病毒性出血病：
患病早期，从外观观察，病鱼的口腔、腹部、鳃盖、眼眶、鳍条及鱼体两侧呈轻度充血症状。剖开腹腔，肠道内尚见少量食物。
随着病情的发展，上述体表充血现象加剧，骨肉呈现出血症状，眼眶周围充血，眼球突出腹部膨大、红肿。
剖开腹腔，由于内脏器官受到损害，导致腹腔内积有黄色或红色腹水，肝、脾、肾肿大，肠壁充血、充气且无食物。
鳃灰白显示贫血，有时呈紫色且肿胀，严重时鳃丝末端腐烂。
肝胆综合症：
发病初期，池中病鱼漂游池边，反应迟钝，食量减少，目测体表无明显症状，仅有少部分鱼的眼球及眼眶发红，鳃丝肿胀，镜检无寄生虫。
解剖发现，肠道无食，肝脏肿胀，呈白色、绿色或黄色，这均是肝胆综合症的症状，严重的肝脏呈糜散状与肠黏膜及脂肪粘连在一起，充塞于胸腔，胆囊有时肿大变黑，有时胆囊变无，腹水严重。
发病一段时间后，死鱼数量激增；该病发生原因较复杂，投喂变质饲料，饲料中脂肪含量超标或长期投喂含喹乙醇饲料，养鱼水体受铜、氨等物质污染都会引发肝病。
一、发病原因
⑴长期投喂不合格饲料，或高蛋白饲料，导致鱼类营养代谢不良，体质下降，体脂积累。
⑵部分饲料生产厂家在饲料中添加抗生素，导致了肝脏病变。
⑶水质条件长时间恶化，池塘中硫化氢、氨态氮严重超标，使得鱼类慢性中毒。
⑷个别养殖者为防草鱼“三病”池塘内过频用药。
二、防治方法
1、彻底清塘：
主养草鱼的池塘必须在放养前彻底清塘，消灭病原和敌害生物。最好用生石灰干法清塘，每亩用量75千克。
食场消毒：6-9月份，每半个月对食场进行1次消毒，方法是在鱼吃食后用500克漂白粉溶水后泼洒在食场周围，也可采用挂袋或挂篓的方法。
2、加强饲养管理，及早发现病情：
在饲养管理过程中必须始终贯彻“以防为主，防治结合，无病先防，有病早治”的原则，将鱼病的防治工作贯穿在整个养殖周期中，以免造成更大的经济损失。
如下几项措施都有利于提高鱼体的体质，增强草鱼的抗病能力，对于预防草鱼新旧“三病”具有举足轻重的作用。
⑴合理混养，科学密养。
合理的混养、科学地密养是提高单位面积产量的措施之一。在密养的情况下，特别是高密度放养的水体，由于大量的投饵施肥，每天都有很多残渣剩饵和排泄物在池底积累，鱼类很容易感染各种疾病而造成大量死亡，因此，密养讲求的是不超过池塘容纳量情况下的科学密养，而不是以盲目追求产量的密养。在密养情况下，必须加强防病措施，勤于观察，及时发现问题，及时采取相应的措施。
⑵科学投饵、施肥。
投饵、施肥是贯穿整个养鱼过程的重要管理措施。投饵虽然是以促长为目的，但是饵料的质量与投喂的方法也是与鱼病的发生有着密切的关系的。因此在生产过程中一定要选择营养全面无霉变、适口性好，并定期添加防病药物的优质饲料，按照“四定”的方法进行科学投喂。
施肥的目的是为了培养水体中的浮游生物，以维持良好的水质，但是施肥不当，也会造成一些负面的影响，导致水质败坏，引发鱼病，因此进行施肥养鱼时，应遵循“少量多次”“少施勤施”的原则，在养殖旺季，少施有机肥，多施无机肥，根据“四看”（看季节、看天气、看水质、看鱼情），合理施肥。
3、限制食欲。
草鱼贪吃，只要环境适宜，食欲基本无节制，在高温季节特别要限制草鱼的吃食量，一般喂到八成饱即可，更不能让草鱼吃夜草，每天坚持将剩余的残料捞出。
4、池水消毒、投喂药饵。
5-9月份，每半月池水消毒1次，常用药物及其用量：
漂白粉1毫克/千克。
硫酸铜、硫酸亚铁合剂0.70毫克/千克。
敌百虫0.5毫克/千克。
生石灰20毫克/千克。
以上各类药物交替使用，效果较好。
药饵投喂可每半月1次，每次3天，每40公斤饲料用大蒜素100克，拌饲连续投喂7天。
每40公斤饲料用恩诺沙星100克，拌饲连续投喂3-5天，第一天用量加倍。
5、采用青饲料和精饲料合理搭配，阶段性投喂中草药药饵，是提高草鱼成活率的关键。
凡养殖户从夏花开始，一直投喂配合饲料，未加青饲料的池塘死亡严重（死亡率35%左右，个别池塘甚至全军覆没），这种池塘一旦出现肝部病变很难彻底治愈。
唯一可行的办法是先调换饲料，饲料中加入氯化胆碱、中草药大药黄、黄芪、黄柏、板兰根、大青叶等8种作为的中草药粉制成药饵投喂，待鱼类肝部病变明显见好时，再用外用药全池泼洒杀虫消毒。
寄生虫和细菌性疾病同时出现时，一定采取先治虫后杀菌的原则，防止细菌脱落后，细菌和病毒的大面积感染。
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