少阴属心肾，心属火居上，肾属水居下，人之正常生理状态，应是心下交于肾，使肾水不寒；肾水上济于心，制约心火不亢，心肾相交，水火既济，得以维持人体脏腑活动之动态平衡。
若病邪内炽，上助手少阴心火，下灼足少阴肾水，使心火亢干上，而不下交于肾；肾水亏于下，不能上济于心，火愈亢而阴愈伤，阴愈亏而火愈炽，心火亢，心神为火所扰，神不安藏，故见心中烦热，不眠。
阴虚火旺，火灼伤阴，则见口干咽燥，舌红苔少，脉象细数，亦为阴虚火旺之象。
本方治证，为阴虚火旺之候。故以滋阴降火，除烦安神立法。
方中黄连苦寒入心，清热泻火，《本草纲目》卷13言其“泻心脏火”；
阿胶甘平，补血滋阴，《本草从新》卷16谓之“下补而……滋肾补阴”，黄连、阿胶二药合用，而有交融水火，除烦安神之妙。
《本草从新》卷1言黄芩“苦入心，寒胜热，泻火除湿”；
同书卷2又言芍药(白芍)“补血敛阴”，芩、芍并用，助阿胶滋阴降火，助黄连除烦安神。
鸡子黄甘、平，入心、肾，《本草纲目》卷50载其“补阴血， 解热毒”，方中用之，既泻心火之有余，又补肾水之不足，与阿胶、白芍相合，滋补阴血，以复耗灼之阴津，且防连、芩苦寒伤津之弊。
诸药相伍，上泻手少阴心火，下滋足少阴肾水，使阴复火降，水火既济，心肾相交，共奏滋阴泻火，除烦安神之功。
运用本方，辩证依据为心中灼热而烦，不得安卧，咽燥口干，手足心热，下利便血，尿路刺激症状，舌红无苔，甚则状如草莓，脉细数。
第一是典型的舌象,即舌红少苔。舌红为舌质鲜红，多呈草莓样；或伴有舌体的糜烂、破溃、裂纹。舌面干而少津,或呈镜面舌或花剥苔
第二是脉细数，这也是机体阴虚火旺的多见脉象,不再赘述。
第三是皮肤的粗糙伴有脱屑。对此,大塚敬节有独到的经验。《汉方诊疗三十年》载“妇女颜面患皮肤病,此方有良效。约30年前,余妻子为顽固皮肤病而苦恼。其疹稍圆,两颊中心向外扩展,瘙痒,略赤而干燥,可见小落屑。受强风吹或日光晒,色更赤,瘙痒加剧。投与大柴胡加石膏、大黄牡丹皮汤加苡薏仁、桂枝茯苓丸、黄连解毒丸等,治疗百余日均不愈反而病情恶化。因此,经仔细考虑,阿胶、芍药润皮肤之干燥,黄连、黄芩解赤热,故与黄连阿胶汤。用一服赤色消退,一周后痒止,约一个月痊愈。发疹主要见于颜面，隆起低而不甚显著,以指抚摸,稍稍粗糙。略带赤色而干燥,很少作痒。以有米糠状落屑,受风吹或日晒即恶化为目标,其后治愈数例妇女皮肤病”。
第四是有出血或出血倾向者。虽然仲景原文并没有提到这一点,但从他的用药规律却可以看出端倪。黄芩和阿胶同用多治疗血证,黄土汤可证。芍药止血,以前在芍药甘草汤已谈到。
本方止血，从后世医家的经验也可得到证实,如《张氏医道》说“治热阴血便红”；《医宗必读》说“治毒下利脓血，少阴烦躁不得卧”；《类聚方广义》载“治诸失血，心悸身热，腹痛微利,身体困惫,面无血色或面热潮红”；《伤寒论今释》说“淋沥症小便热如汤,茎中掀痛而血多者”。李琪轩用本方加大黄治疗2例结合膜下出血,疗效满意(陕西中医)。
另外,古代方《汤液经方》中的“小朱乌汤”组成和本方一致，主治“天行黄连阿胶汤治阴虚火旺，心肾不交之失眼有卓效。其用方标准为头晕而眩，心烦，忽睡忽醒，或彻夜不眠，口干唇红，小溲短赤，舌质红少苔，脉细数。原方用鸡子黄二枚，一般用一枚已足，但不可不用，原方用黄连四两，比黄芩加--倍，按目前临床常规应用似嫌太多。若失眠心悸者，可加柏子仁、远志；彻夜不眠多梦者，可加菖蒲远志、珍珠母。
此外，本方还适用于高血压及卒中之阴虛火旺，失眠衄血而手足心烦热，面热赤，渴喜冷饮，小便短赤，指纹红紫，脉来细数者。吴鞠通在《温病条辨·下焦篇》中说:“少阴温病，真阴欲竭，壮火复炽，心中烦，不得卧者，黄连阿胶汤主之。”又说“邪少虚多者，不得用黄连阿胶汤”。于此可见，黄连阿胶汤是为“一面补肾，一面搜邪”而设，若邪少虚多，便不可滥用。
黄连阿胶汤证与栀子豉汤证皆有心烦不得眠，前者为虚热亢旺，多见舌红少津，脉细数；后者为邪热留扰胸膈，多见苔白或黄，脉多浮数。临床应注意鉴别。
1.张路玉:此汤本治少阴温热之证，以其阴邪暴虐，伤犯真阴，故二三日巳上，便见心烦不得卧，所以始病之际，即用芩连大寒之药，兼芍药、阿胶、鸡子黄，以滋养阴血也。然伤寒六七日后，热传少阴伤其阴血者，亦可取用，与阳明脏实用承气汤法，虽虚实补泻悬殊，而祛热救阴之意则一年(《伤寒缵论》。
2.尤在泾:少阴之热，有从阳经传入者，亦有自受寒邪，久而变热……至心中烦不得卧，则热气内动，尽入血中，而诸阴蒙其害矣，盖阳经之寒变，则热归于气，或入于血，阴经之寒变，则热入于血，而不归于气，此余历试之验也。故用黄连、黄芩之苦，合阿胶、芍药、鸡子黄之甘，并入血中，以生阴气，而除邪热((伤寒贯珠集》)。
