1264年,总制院设立,以国师八思巴领之。二十五年,尚书右丞相兼总制院使桑哥,以总制院统领吐蕃各宣慰司军民财谷,责任甚重,宜加崇异,奏请用唐朝皇帝在宣政殿接见吐蕃使臣的故典,改名为宣政院,秩从一品,用三台银印。以帝师领院事。置院使二员(后增至十员),其为长者常以朝廷大臣担任,位居第二者由帝师推荐僧人担任。宣政院官属得自选用,与中书省、枢密院、御史台并为元朝四个独立的任官系统。灭宋后,即置江南释教都总统;至元二十八年,又分设行宣政院于杭州,掌江南各省佛教,其后曾两度废而复置。吐蕃发生变乱,亦设行宣政院前往当地处置,唯重大军事行动需与枢密院商议。诸路、府、州、县置僧录司、僧正司、都纲司,为宣政院下属地方机构,管理各地佛寺、僧徒。
1288年,总制院改称宣政院,扩大机构,于院使下设同知、副使、参议、佥院等各二人。
1311年,罢僧录等司,凡僧人词讼皆归管民官决断。
1331年,复于各省置广教总管府十六所,掌管僧尼政事,由宣政院选僧俗官任达鲁花赤、总管等职。
1334年,宣政院所辖吐蕃之地,分设三道宣慰司:吐蕃等处宣慰司都元帅府(又称朵思麻宣慰司)、吐蕃等路宣慰司都元帅府(又称朵甘思宣慰司)、乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰司都元帅府(又称乌思藏宣慰司)。宣慰司下辖安抚司、招讨司、宣抚司和元帅府、万户府等。自宣慰使都元帅至万户等各级官员多以当地僧俗首领担任,由帝师或宣政院荐举,朝廷授职。
1342年,又附设崇教所,治理僧俗庶务。若遇地方蕃寇起事,则于其地设行宣院担任讨伐事宜,平息后则废止。
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