1646年，清军进入福建，刘国轩因家庭变故，往投清军，在漳州开始行伍生涯。初至漳州时，仅为门卒，后升为守备千总，守漳州北门。在清军效力期间，刘国轩曾受到原明郑将领，时为他的顶头上司，清军总兵施琅的赏识，但毕竟职卑人微，尽管他在军事上有所表现，也始终只是一个下级将领，声名不显。这一时期，他也与民间反清的明遗民、名士林晋庵等往来密切，似曾思投往郑成功的军队效力。
1654年，郑成功围攻漳州，刘国轩积极策反清军守将献城纳款。十二月初一日，刘国轩夜引郑军入城，兵不血刃，迫使清漳州守将张世耀等降郑。事毕，初四日，刘国轩被授予都督佥事，管护卫后镇事。
郑成功谋略自任，驭兵用将以勇武为先，刘国轩依然未受重用。郑军号令严明，刘国轩曾尝败绩，时陈永华知其有将略，免其死罪。1656年郑成功北伐南京时，刘国轩仅为右虎卫随征营副领兵。后正兵镇缺员，刘国轩被推为候选之一，然终以资历不若而未能获任。
1661年，郑成功率军收复台湾，刘国轩身先士卒，与都督马信等亲率弓箭手击退荷兰军队的反扑，为收复台湾立下汗马功劳。
1662年，郑成功去世，郑氏内乱，郑袭策划自立，刘国轩曾与其事，被授管镇兵。后郑袭失败，刘国轩因非郑袭心腹，郑经未深究其责。郑经嗣位后，命刘国轩驻守鸡笼山，这一时期，刘国轩指挥军队多次进剿台湾高山族部落，灭沙辘，败斗尾、龙岸等番社。入台后，郑经庸懦，刘国轩逐渐掌握了郑氏的军事大权。1669年郑经以刘国轩管镇兵，后历任左、右武卫，与陈永华、冯锡范鼎足而三，成为郑氏政权的顶梁柱。
1674年，吴三桂、尚可喜、耿精忠起兵反清。耿精忠遣人入台请郑军入闽为援，郑经命刘国轩等于四月督兵入思明（今福建省厦门市）。然而，耿精忠以郑氏“兵不满万、船不满百”，遂轻之而罔顾前约。耿郑由是反目，十月，刘国轩败耿部将王进于泉州涂岭。耿精忠旋复降清。刘国轩继而率军入广东。1675年五月，刘国轩以数千饥卒大败数万清兵于广东潮州鲎母山，名振粤东。1676年二月，他入镇广东惠州，与吴三桂的势力划界而守，周旋于刘进忠与尚之信之间。1677年六月，刘国轩奉命弃守惠州，兵民夹道馈食以送。
1678年二月，郑经以刘国轩为中提督，总督诸军，且获行事便宜之权。其受命之日，正值郑军尽丧八闽七府地之时。刘国轩率军出击，连战连捷，取得江东桥、祖头山等役胜利，克平和、漳平诸县，进围海澄。清军闻讯，各路援兵蜂拥而至，刘国轩恃其所长，忽水忽陆，清军无论满汉，皆疲于奔命。六月初十日，刘国轩终于攻破了包围长达八十三天的海澄，清守将段应举、穆黑林自缢身亡。此后，郑军乘胜再下长泰、同安、南安、安溪、永春、德化等县，并进围泉州。1678年七月，郑经以刘国轩战功屡著，封其武平伯，征北将军。刘国轩围攻泉州两月，清守军死守不下，至八月底，清陆路援兵四至，刘国轩尚指挥自若，缓急攻之。此时，郑军进攻浙江的水师略受小挫，却妄报清水师将突至福州，刘国轩遂于二十四日整军解围，三日后，清援兵始敢出营，二十六日入泉州。九月十九日，刘国轩与耿精忠等战于长泰，大溃，几战殁，仓皇逃归，遂深沟高垒，退守海澄。
1679年，清朝厉行禁海迁界，郑军粮饷不继，金厦两岛居民赋役日重，怨声四起。三月，刘国轩为减轻百姓负担，自请停俸，并为其辖下士兵助饷三个月，吴淑、何佑、江胜、林升等将领亦循其例。
清军屡攻金厦。1679年三月，刘国轩扼守果堂寨，数度击败清军。七月，刘国轩筑浔尾寨，一夜而成。十月筑〈氵丙〉州城，城未就而满汉大军数万袭来，刘国轩率数千人且战且守，百计御之，阵斩清章京巴石兔等，清兵畏国轩如虎，金厦两岛暂得无虞。
当时，清朝对郑氏剿抚并用。清福建总督姚启圣数次招抚刘国轩，刘国轩皆婉言谢绝。他又数度遣人暗害刘国轩，皆不果。清朝设修来馆，悬重赏招降郑氏将卒。时郑军缺粮，刘国轩对将卒降清并不苛责，任其往来循环，其虽饥卒疲师亦兵额不缺。
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