综上所述,在股权转让合同双方解除合同时,不同的税种处理方式各不相同。
对于印花税而言,合同签订时即应贴花,履行完税手续。无论是合同顺利履行还是合同解除,均不影响已贴花的印花税。因此,在股权转让双方解除合同返还合同财产时,不得申请退还印花税;如未贴花的,依然需要贴花。
对于个人所得税而言,只要在股权转让合同未完全履行完毕,双方解除合同并返还合同财产的情况下,出让方的个人所得税义务可以全部免除,未缴纳的税款无需缴纳,已缴纳的税款可以申请退税。但如果股权转让合同已经完全履行完毕,则返还合同财产的行为将被视为发生另一次股权转让交易,重新计算缴纳个人所得税。
对于企业所得税主体而言,在确认收入前解除合同并返还合同财产的,因合同的解除,纳税义务也不会产生,故企业出让方无需缴纳企业所得税;在确认收入后解除合同并返还合同财产的,目前企业所得税法并无明确的规定。如企业希望能公平税负、豁免纳税义务,可以参照销售退回政策以及参照个人所得税的处理方式,与主管税务机关进行积极沟通。