提起三阴三阳，一般人首先就会想到六经，三阴三阳几乎成了六经的专属名词；只有个别人还可能联想起《内经》中的三阴三阳六气。二阴二阳是从阴阳演化而来，但三阴三阳是否是从二阴二阳演化而来呢？在《灵枢·阴阳系日月》中有：“黄帝曰：合之于脉，奈何？岐伯曰：寅者，正月之生阳也，主左足之少阳；未者，六月，主右足之少阳。卯者，二月，主左足之太阳；午者，五月，主右足之太阳。辰者，三月，主左足之阳明；巳者，四月，主右足之阳明。此两阳合于前，故曰阳明。申者，七月之生阴也，主右足之少阴；丑者，十二月，主左足之少阴；酉者，八月，主右足之太阴；子者，十一月，主左足之太阴；戌者，九月，主右足之厥阴；亥者，十月，主左足之厥阴；此两阴交尽，故曰厥阳”。这明显是医经家根据“天人相应”、“人副天数”的思想演绎出了阳明、厥阴二经，并非三阴三阳的原始意义。
《脉经·扁鹊阴阳脉法》曰：“脉，平旦曰太阳，日中曰阳明，晡时曰少阳，黄昏曰少阴，夜半曰太阴，鸡鸣曰厥阴，是三阴三阳时也。少阳之脉，乍小乍大，乍长乍短，动摇六分；王十一月甲子夜半，正月、二月甲子王。太阳之脉，洪大以长，其来浮于筋上，动摇九分；三月、四月甲子王。阳明之脉，浮大以短，动摇三分，大前小后，状如科斗，其至跳；五月、六月甲子王。少阴之脉紧细，动摇六分；王五月甲子日中，七月、八月甲子王。太阴之脉、紧细以长，乘于筋上，动摇九分；九月、十月甲子王。厥阴之脉，沉短以紧，动摇三分；十一月、十二月甲子王”。这里一日六时与一年六气的排列顺序，明显不同！其中一年六气的顺序应该是：少阳、太阳、阳明，少阴、太阴、厥阴。
在唐·王冰《重广补注黄帝内经素问》补入五运六气的七篇大论中，将三阴三阳与天之六气、人的五藏对应，把天地之气分为主、客二气，推演一个甲子（六十年）中天气的变化规律，预测人们每年可能出现的疾病。但其排列的顺序，主气为厥阴、少阴、少阳、太阴、阳明、太阳，客气为厥阴、少阴、太阴、少阳、阳明、太阳；明显是将三阴三阳的排列顺序搞乱了。
根据现有的资料可知：最早是湖南长沙马王堆三号汉墓中的医书，将三阴三阳用于经络的命名；结合《素问》、《脉经·扁鹊阴阳脉法》与《伤寒论》可知：三阴三阳的原始意义可能是描述一年之中阴阳（寒热）之气的变化状况。在秦汉之际，三阴三阳应该与天干、地支一样，人们也将其用来描述其它事物,例如扁鹊阴阳脉法就是用其原始的意义、描述一年之中阴阳之气不同时，正常人的六种脉象；医经学派用其标示人体阴阳之气不同的六条经脉，而《汤液经法》的传人张仲景则是将病人表现在人体表、里、半表半里（其实是非表非里的中部、血分，即人体的心血管系统）三部的所有症状与体征，根据其阴阳属性划分为六个症状群，即三阴三阳六病；医经学派的六经与张仲景的六病，虽然三阴三阳的名称相同，但其涵义却并非相同！其实，只要认真品读《伤寒论》就不难发现：张仲景对人体的认识，除“心”有时指心脏本身外，其它如心下、胃、胃家、胸、胸下、腹、少腹、胸胁等都是部位，而且纯粹是为了描述这些部位的症状，与《内经》中的五脏六腑、经络等概念，根本就没有什么关系！
在东汉后期时，张仲景师式西汉经方十一家中的伊尹《汤液经法》，在《汤液经法》六合命名辨用方证的基础上，根据病人所有的症状与体征，归纳总结出了三阴三阳六病分类辨用方证体系；为后在不知道人体结构生理的情况下，正确应用经验方证，制定了一套操作规范。他将病人所有的症状与体征，分为阴阳大两类；阴证病人反应沉衰，阳证病人反应亢奋。张仲景虽然不知道人体的结构生理，但他应用排除法，将阳证又分为太阳、阳明、少阳三病，阴证也分为太阴、少阴、厥阴三病，即三阴三阳六病。其中主要表现在人体头面、项背、四肢、肌肉、骨骼等躯壳部分，即体表的阳性症状的集合称为太阳病，阴性症状的集合称为少阴病；主要表现在人体胃肠道的消化系统，即里部阳性症状的集合称为阳明病，阴性症状的集合称为太阴病；主要表现在人体头面孔窍、心胸胁部，即沟通人体里、外的心血管系统的阳性症状的集合称为少阳病，阴性症状的集合称为厥阴病。所谓的阴阳病，也只是相对而言，在每部的阴阳病之间还有很多中间病证，而且也有并病和（或）合病，尤其是少阳病与厥阴病，其实太阳病与阳明病都同时合并了少阳病，只是少阳病证表现不太明显，所以仍称为太阳病或阳明病。而少阴病与太阴病，也都同时合并了厥阴病，也是因为厥阴病证表现不太明显，所以也仍称其为少阴病或太阴病。至于阴阳合并病的问题，应该只有少阳病常会合并太阴病，而其它的阴阳合并病的说法，还有待于进一步研究！
在应用张仲景的三阴三阳六病理论时，只要根据病人的症状与体征，先辨阴阳三部六病、再辨方证，合并病就合并用方，最后再用药证进行加减即可；这是传统中医药学中最原始、最实用的一种诊疗方法了。而且应用张仲景的三阴三阳六病理论，也完全可以分类和指导应用汉唐其他经方家与宋金以后的经验方证。正如美国医生包默德就所言：“爱因斯坦创立了相对论，可是在一千八百年前，张仲景就把相对论的原理应用到实践中去了，张仲景是全人类的骄傲”！可惜张仲景的“论广《汤液》”，经王叔和撰次后，沦落为一本专治伤寒的《伤寒论》了；经北宋林亿辈校修后，又将其学术渊源搞错了，以致后世真正能理解张仲景旨趣者少之又少！但终归是瑕不掩瑜，正如清·柯韵伯所言：“原夫仲景之六经（六病），为百病立法，不专为伤寒一科，伤寒杂病治无二理，咸归六经节制，六经各有伤寒，非伤寒中独有六经也”。
近代伤寒大家刘绍武和刘惠生先生，应用现代医学知识已成功地诠释了张仲景阴阳三部六病的现代解剖生理学基础；经方大师胡希恕也正确地解析了张仲景阴阳六病的真谛，而且还用现代医学知识很好地解释了麻黄汤、桂枝汤等方证；其实，中医的经验方证与现代医学之间，仅就是一步之遥！如果中医能够解放思想，像北宋以后的儒医们用《内经》中的理论解释《伤寒论》那样，用现代医学知识重新解读《伤寒论》中的经验方证，不仅浅显易懂，而且还可以现代语言表述其真实的内涵！以此为契机，很有希望在不久的将来重新构建一套新的现代化的中医理论体系；让数千年来，中国人民在与疾病斗争的过程中，经无数病人反复实验而来的经验医学，与现代医学取长补短，造福于中国人民乃至世界人民！
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