对大多数行业来讲，无论企业在哪里设立，运营均可在全国甚至全世界开展，如产品的生产销售。但有些行业的运营一定带有地域的特点，或者说经营与地域不可分割，典型的如房地产行业中，土地、房产与地域无法分割开来；再如服务行业，服务或者劳务的提供所需要的人员、场地、实施过程均需要在客户需要的地域方可实施。这种经营与地域的不可分割就使得这些行业面临异地运营的结构与主体选择。我们把这种结构依然纳入产权结构的范畴。
异地运营结构和主体选择，可以有三种模式：子公司、分公司和项目部。实务中三种模式都有见到，但每种选择的财税风险和特点显然大有不同，企业在自身经营中如何进行选择？
一、设立手续差异
三种模式中，项目部最简单，无需在经营地设立机构，不存在工商登记手续，直接由总部派驻人员组成班子即可，但通常为了税收征管的便利，需要在公司所在地税务机关办理“外管证”，到经营地税务机关报验登记。房地产和建安企业项目部就属于这种情况。当然，因为是项目部，一切经营活动开展都以公司名义进行，包括合同的签署，业务的开展，款项的收取等。那么，项目部不需要单独建账，也不是独立的会计主体和纳税主体。
分公司不是独立的法律主体，但仍需要在经营地工商部门办理登记注册手续，只是手续较之正常公司简单许多，无需实收资本，由总部出资设立即可。同时还需办理税务登记，绝大多数分公司属于独立经营，独立核算的会计主体。只有极少数分公司属于非独立核算性质，在财税上同项目部雷同，在次不作考虑。
子公司虽然一般由母公司控股，但依然是一个在法律上完全独立的公司，要经历完整的工商登记和税务登记手续。作为独立的法律主体，子公司也是独立核算会计主体，同样是独立纳税的纳税主体。
二、如何纳税差异
项目部不是独立的会计主体和纳税主体，始终以企业名义经营，自身不涉及单独交税问题。
分公司虽然不是法律主体，但通常也独立从事经营活动，是独立的会计主体，因此需要在经营地税务机关缴纳增值税，属于增值税纳税主体。所得税由于按照税法规定是整个企业总分机构统一计算，因此总分机构应作为一个所得税纳税主体，实务中如果总部和分支机构跨省，则应该统一计算所得税，两边按照一定比例分头缴纳；如果总部和分支机构在一个省，按照本省规定处理，但通常是回到总部统一缴纳。但无论分头缴纳还是统一缴纳，均是作为一个纳税主体统一计算所得税。
子公司是独立的法律主体，独立从事经营活动，也是独立的会计主体和完全独立的纳税主体，单独在经营注册地税务机关缴纳增值税和所得税。在增值税上，分公司和子公司是一样的，但在所得税上两者完全不同，那就意味着子公司当期的亏损只能自行弥补，而分公司当期亏损可以在总部合并弥补，这是二者税上的差异。
同时，各地政府针对子公司可能有很多招商优惠和税收优惠政策，而分公司由于主体不完全独立，一般无法享受这些优惠政策。
三、资质限制差异
很多行业都接受政府监管，特殊经营资质的审查和取得就是监管的最常见类型。房地产、建安行业正式经营资质审批的典型。
每一个新设的房地产公司和建筑公司都必须取得相对应资质方可开展合法的经营活动，那么子公司必须重新取得资质，不可使用母公司（大股东）的经营资质。分公司由于不是独立法律主体，直接使用总部企业资质即可。项目部本来就类似于企业的一个外派部门，更不存在独立资质问题。
资质的高低，在某些行业是竞争力的集中表现，如建筑行业，因此我们不难发现，建筑行业基本上没有设立子公司，全部是以分公司和项目部模式运作，根本原因正在于此。
四、风险考量差异
异地经营，从空间上独立在外，控制力随之减弱，经营风险必然增加。风险一旦爆发，必然对原有主体进行冲击。三种模式在风险考量上也各有不同，项目部和分公司都不是独立法律主体，它们同总部之间的风险关系是无限责任，如果项目部和分公司出现经营风险和债务风险，总部必须承担全部责任。子公司作为独立法律主体，有自己独立的法人财产，承担独立的民事责任和民事义务，如果遇到经营风险，只需要就自身法人财产承担有限责任即可。
五、融资便利差异
项目部和分公司不是独立法律主体，不能独立对外融资，必须在总部公司平台上方可取得资金。而子公司作为独立法律主体，也同样是独立的融资平台，可自行同金融机构和投资机构合作融资。
六、灵活机动差异
任何企业经营中对未来的判断都不可能完全准确，很多时候我们的决策需要给未来留一点变化的余地。在围棋中就讲究不要将变化走尽，万一将来形式发生转变，已经没有选择岂不可惜。
以房地产公司为例，常常会在拿到土地之后甚至是项目实施一段时间后改变经营意图，从自己开发调整为合作开发或者将项目转让，如果是项目部和分公司模式，这种合作和转让就相对比较艰难，或者要承担更多的风险，因为原总公司平台涉及其他项目和经营活动，项目部和分公司又无法作为独立平台和主体，重新将土地和项目分拆必然涉及较重的税负和较多的政策限制，很多企业就是因为这种原因导致合作或转让搁浅。
如果是单独设立的异地项目子公司，问题就变得很简单。子公司的独立平台无论是对于新股东的加入还是股权的全部转让都变得比较容易，而且在这种股权的变化中，最多涉及所得税风险，土地和项目所有权在法律上未发生变化，也不会受到相关政策限制。
决策要素
项目部
分公司
子公司
设立手续
简单
相对简单
复杂
如何纳税
合并纳税
部分合并
完全独立
资质限制
无需独立资质
无需独立资质
独立资质
风险考量
无限责任
无限责任
有限责任
融资便利
不能独立融资
不能独立融资
独立融资
灵活机动
不灵活
不灵活
灵活
异地经营决策要素汇总表
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