在工程款纠纷案件中，大多数纠纷都产生在结算阶段，无论是已经产生纠纷还是未产生纠纷，了解到结算时甲乙双方最常见的问题以及解决方案都有重要意义。
为了让广大工程人能够提前规避结算工程款的风险，或者在遇到问题时懂得该如何维护自己的权益，更多工程款问题请点击咨询！建永工程款解决中心特总结了结算工程款时常见的四大问题及其应对方案，以供大家参考应用。
甲方限期未答复乙方结算文件的问题
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》规定：发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，人民法院应予支持。
但实践中，对此条司法解释如何适用存在较大争议，法院审理时的适用条件非常严格，一般都需要满足以下几个条件：合同须约定甲方的答复义务和不答复的后果；合同中必须明确约定甲方答复的时间期限；乙方必须向甲方提交完整、真实的结算文件；发包人在超出约定期限后仍未答复。
以审计结论为结算依据的问题
很多工程，特别是政府工程，在竣工后都会有一个审计环节，于是，甲方经常会以审计为由拖欠工程款，或者少付工程款，针对这种情况，可以根据最高人民法院的意见处理：
审计是国家对建设单位的一种行政监督，不影响建设单位与承建单位的合同效力。建设工程承包合同案件应以当事人的约定作为法院判决的依据。只有在合同明确约定以审计结论作为结算依据或者合同约定不明确、合同约定无效的情况下，才能将审计结论作为判决的依据。
由此可见，当事人约定以行政审计、财政评审作为工程款结算依据的，按照约定处理。但行政审计、财政评审部门明确表示无法进行审计或者无正当理由长期未出具审计结论，当事人申请进行司法鉴定的，可以准许。
诉前达成的结算协议的
有时候，乙方起诉甲方后，双方可能在诉前又达成了新的结算协议，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十九条的规定，这种情况应当尊重当事人意思自治原则。
双方达成的结算协议应当属于解决纠纷的相关约定，不受合同效力的影响，只要结算协议的内容不违反法律和行政法官强制性规定，应当作为双方结算工程款的事实依据。
工程款转化为欠款的问题
在施工过程中，甲乙双方结算时，有时甲方会出具借条确认欠付债务，实践中借条确认的债务与实际债务可能存在一定的差别，特别是利息的可能产生较大差异，因此，事后债权人依据借条起诉，债务人或担保人往往会提出抗辩，这种情况如何处理呢？
对此司法界有两种观点：一种观点认为，双方自愿达成新借据，属于债的更改，一般应认定借据的效力，除非债务人能够反证推翻。另一种意见认为，双方真实存在的是基础法律关系，在借款人存在异议的情况下，应审查基础法律关系，否则会剥夺当事人的抗辩权，如建设工程领域的质量抗辩、同时履行抗辩、违约抗辩等。
建永工程款解决中心认为，双方达成的欠条系双方意思表示一致的体现，一般应认可其效力。如果被告提供的证据足以对欠款关系真实性产生合理怀疑的，则应由原告进一步举证欠款形成的合意及合理性，原告无法举证的，应按基础的工程款法律关系审理。
结语
以上就是建永工程款解决中心总结的实践中甲乙双方结算时最常遇见的四大问题及应对方案。更多工程款问题请点击咨询！实践中，乙方应根据本文提前做好风险防范措施，以确保让自己的工程款更稳。
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