今天给大家讲一个研究神经领域的数据库吧,本人觉得这个网站对于研究神经领域的小伙伴来说还是挺实用的,好的,废话不多说,来正式开始吧。该网站是麻省理工脑科所开发出来的,PS开发者为一位来自我天朝的留学生。
首先打开这个网站可以看到上面一排工具栏,该网站主要功能为:基因在不同样本的表达情况、表观遗传学分析,基因功能注释,以及在线做韦恩图的工具。接下来让我一个一个的介绍各个工具的用法。
首先打开1,neuvar,进入图二界面,进入GWAS后输入自己感兴趣的基因列表,点击submit出现右侧界面,上面详细记录了各个基因的染色质位置以及与之相关的表型,以及该基因所参与的信号通路。
点击neugene选择自己感兴趣的疾病类型,如图所示的化学刺激的影响,在2中输入自己感兴趣的基因就会出现右侧该基因在不同样本中的表达情况。
是一个在线做韦恩图的工具,只要把基因列表贴进去就能实现右侧图片:
可看到两列表基因与相关通路的共同基因,同时进入Annotate gene list就能看到两列表之间的交集基因,如图:
genechip主要分析一些表观遗传学的工具,进入genechip界面,如图所示:
我选择了转录起始位点H3K4甲基化的修饰,在下面输入你所要比较的基因list,点击submit就可以看到两个list在转录起始位点甲基化修饰的峰值
根据峰值做出的折线图,看起来很直观。
好了,今天先讲到这里,感兴趣的小伙伴可以去该网站去溜达溜达。
李莫愁博士:大家的第一个问题应该是,这玩意看上去界面不错,但是能干吗?事实上,这个是神经疾病研究中,比较实用的。比如,你先在GEO中挖出一些差异基因的list,然后分析一下这些差异基因的注释,分析一下这些基因的表达情况,表观差异等等……
说不定可能就能挖出一个金矿呢?好啦,今天就先策到这里吧……
对了,这次网址在评论区哦……
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