牛B一吹开,课题自然来
今天我们还是继续上次的牛来吹哈,首先回顾一下上次:
上次吹到,挖掘了一个GEO芯片,发现了SKA2的差异表达(得到差异基因
然后发现在SKA2的染色体邻居上,也产生了差不多的差异表达(得到临近基因
于是,我们继续吹哈,首先看一下基因结构,我们会发现:
这俩基因是头碰头怼在一起的,这说明啥呢?说明他俩可能共用一个启动子序列,甚至可能共用一套转录因子,才会导致他们表达模式差不多,于是我们继续看一下在PRR11-SKA2的启动子区域结合的转录因子吧:
抛开POL2啊CTCF之类的不看,为啥不看?聚合酶啥的有啥用啊……我们可以发现有一个转录因子结合上去了,就是GABPA(得到转录因子
然后打开Jaspar,bia进去,分析:
结果显示,GABPA确实能结合上去,正链可以作为SKA2的转录因子,负链结合能作为PRR11的转录因子,一举两得:
那GABPA的表达情况怎么样呢?我们还是回到GDS里看了一下,确实在肿瘤中高表达:
当然,我们要接着八一八GABPA这个转录因子,看看这个转录因子能和什么别的基因互作,于是我打开了这个,仅显示有实验验证的关联性:
嗯,这些就是与GABPA有直接作用的蛋白了,但是有一点,就是:
对,有很多实验并不是在人中进行的,只是同源物间的互作,具体还是要验证了才行。当然,我们还能挖出相关的上游信号通路来:
意不意外,这和MAPK和JNK有关哦
李莫愁博士:那这个牛就吹到这里了么?不,还没完呢,换个方向,就还能继续吹的。相信我,即使只有一个差异基因这么一根稻草,也能拽出一头牛出来
我们再看看今天吹牛的内容哈,今天我们针对差异表达基因的启动子区,发现了相关的转录因子,然后又挖了一下转录因子相关的蛋白和信号通路。课题就瞬间变成了有鼻子有眼有头有脸的,上有信号通路,下有转录调控的一个完整故事。
那说到验证了,这样的课题要怎么样来验证?简单的就做两个实验就行,第一就是做SKA2和PRR11的表达验证,IHC啊、WB啊、甚至qPCR都可以;第二就是做GABPA的转录调控验证,这个Luciferase就可以了。有这两个验证,就能基本自圆其说了,接着深入的话,可以做信号通路抑制剂的柯霍氏法则分析。这样说不定还真的能变成:
好了,今天就先策到这里吧……
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