秦可卿在《红楼梦》中是一个神秘人物，她的身份非常特殊。她的神秘在于以下几个方面:
一是她卧室摆设非同寻常。
唐伯虎的《海棠春睡图》，秦观的对联，武则天的宝镜，飞燕舞过的金盘，安禄山掷伤过杨玉环乳的木瓜，寿昌公主的榻，同昌公主的联珠帐，西子浣过的纱衾，红娘抱过的鸳枕。
二是贾府人们对她的态度也不一般。
贾母口口声称秦可卿为第一得意之重孙媳妇。就连人人惧怕的贾府凤辣子都让她三分，她病后还亲自探望。秦可卿是抱养的只能是遮人耳目的说法。秦可卿在贾府的地位从种种迹象看要高于贾府，那么秦可卿应该不是一般人家的女子。
三是她是一个富有见识的女子。
她早知王熙凤将来要执掌贾府的财权，她托梦是想警示王熙凤，不要过于争强好胜，不要聪明反被聪明误，不要中饱私囊，要广置田地。 秦可卿可谓是用心良苦啊!
四是她的葬礼非常特殊。
贾珍只不过是个三品爵威烈将军，为什么那些官员纷纷来为一个爵位并不高的官员的儿媳妇穿着官服进行祭吊?不仅如此，秦可卿所用的棺木更是“原系义忠亲王老千岁要的”。不必说像秦可卿这样贾家的孙媳，就是贾蓉的五世祖宁国公，在等级制度十分森严的封建时代，也是不能使用这种棺木的，为什么秦可卿能用这种棺木?而且，在葬礼上连北静王都要身穿孝服屈尊祭奠秦可卿呢?这些都是为什么呢?如果秦可卿只是一位普通的下层人士的话，那么她凭什么拥有如此奢华的葬礼，难道仅仅因为她是贾蓉之妻吗?恐怕也不是这个原因吧!
五是她婚姻非常特殊。
她明为贾蓉之妻，并无夫妻之实。她却和其它人不明不白，焦大口中的“扒灰的扒灰，养小叔子的养小叔子”都因她而起。其实贾府只是她的避难所，她也是个可怜之人，不得已才寄人篱下。她的不齿行为只是为了打发那些难熬的岁月罢了！
因此，她的身份应是高于贾家的皇族，非等闲之辈。她的母家应是贾家的一个靠山，否则她的行为就无法解释的。
妙玉也是个极奇特的人。
她才情不压于林、薛两人。她自识清高，理佛打坐，怡情山水，吟诗绘画，闲庭散步，以云鹤为友，以梅雪为伴，大有不食人间烟火的况味。一
在妙玉看来，品茶功夫首在茶具，茶倒在其次。贾母带一大帮人到栊翠庵品茶，妙玉亲自捧出一个海棠花式雕漆填金「云龙献寿」的小茶盘，里面放一个成窑五彩小盖钟，捧与贾母；其余众人都是一色的官窑脱胎填白盖碗。可见，这个成窑五彩小盖钟，在茶具中间的地位有如贾母。宝钗黛玉在耳房内吃体己茶，茶杯却是「王恺珍玩」一类的古董，与宝钗黛玉一般不同凡俗。宝玉要求「随乡入俗」，妙玉便找出一只九曲十环一百二十节蟠虬整雕竹根的一个大盏。至于她自己吃茶用的绿玉斗，宝玉开头说是「俗器」，她却说：这是俗器？不是我说狂话，只怕你家里未必找的出这么一个俗器来呢。
在妙玉看来，品茶功夫重在品水，茶叶倒是其次的。《红楼梦》第四十一回，她给贾母献茶，用的是「旧年蠲的雨水」。她请宝黛吃体己茶，黛玉以为也是旧年的雨水，妙玉却冷笑道：「你这么个人，竟是大俗人，连水也尝不出来！这是五年前我在玄墓蟠香寺住着，收的梅花上的雪，统共得了那一鬼脸青的花瓮一瓮，总舍不得吃，埋在地下，今年夏天才开了。我只吃过一回，这是第二回了。你怎么尝不出来？隔年蠲的雨水，那有这样清醇？如何吃得！」在她看来，「连水也尝不出来」的人，当然就是「大俗人」，哪里还谈得上品茶！这才是妙玉品茶的高论。
同时她有洁癖。如贾母把自己喝的茶给刘姥姥尝，刘姥姥喝过茶的成窑五彩小盖钟，她嫌脏，竟然不要了，让宝玉送人，宝玉便送给了刘姥姥。这茶杯在后来还派上了大用场，用它典了钱，救出了巧姐儿。这是后话。
但妙玉除过洁癖，还很清高，贾府的人都知道妙玉的清高，就连宝玉也不敢冒然打扰她，怕她不高兴。其实妙玉虽然在佛门，但却六根未净，还留恋凡尘，用一些很特别的字下帖，让宝玉猜她的心，好在宝玉在邢岫烟的指点下走进了她的心，可惜她不能这样做，只能把这份好放在心里，但妙玉却忘情的表现在脸上，包括用自己的杯子请宝玉喝茶，这样的暧昧，让人觉得妙玉原来也不过如此，也逃不开情劫，更难忘红尘中的情感。
妙玉她对宝玉是情有独钟的。她在宝玉落难时，把自己献给了权贵，使宝玉由打更人变成了自由身，和湘云相依为命，度过残生。
对妙玉的判词是:
欲洁何曾洁，云空未必空。
可怜金玉质，终陷淖泥中。
她的最后结局如何呢?有一 条脂批说： “瓜洲渡口……红颜固不能不屈从枯骨”。推测起来，她可能在荣府败落后 流落到瓜洲，为救宝玉，被逼成为某个老朽不堪的官员(枯骨)作妾。这是多惨的悲剧。这应该是“终 陷淖泥中”的含义，与高鹗续书写的被强盗掠去有别。
