黑木耳菌制菌的成败关键在于杂菌的多少，为了确保黑木耳速生高产和优质，栽培者必须学会鉴别各种杂菌形态特征，了解其生活习性、发生规律以及防治措施。在生产中应因地制宜的采取适当的防治方法。
红色链孢霉
链孢霉亦称红霉菌、（俗称红蛾子）是一种对黑木耳栽培威胁极大的病原菌。如果防治措施不当，一但发生会造成毁灭性的损失，因此被生产者称为“食用菌的癌症”。
发生与危害
链孢霉在自然界中分布广泛，其生活力强且生长速度极快，特别适合于在高温高湿的条件下生长。最适温度为28℃.生长速度最快一般接种后2~3d即可发现，初期生长为棉絮状，继而产生大量橘红色粉状孢子，易在棉塞上产生蘑菇状的孢子群，飘到长到那。
防治方法
1.选择适龄、健壮、抗性强的优质菌种作为母种，接种时加大接种量，降低链孢霉的发生机率。
2.注意搞好环境卫生，废料要及时处理，拌料室、接种室、培养室使用时，应该有专人负责清洁、消毒。在栽培老区，培养室、接种室要进行大剂量的药物灭菌及交替使用多种灭菌剂。
3.培养料应保持新鲜无霉变，木屑保藏时不要被雨淋，要采用新鲜无霉变的麦麸、米糠、豆粉。储藏培养料的地方应该远离生产场地尤其是培养室。
4.栽培袋应该灭菌严格、彻底，禁止使用受潮的棉塞。灭菌时严防瓶盖纸或棉塞受潮，灭过菌的菌瓶或菌袋应直接进入接种室，接种时操作人员必须严格遵守无菌操作规程。
5.定期检查，发现链孢霉污染应及时处理，对瓶外、袋外已形成橘红色块状孢子团的，不要轻易触动污染物，由于孢子极易扩散，要用纸或塑料袋裹好后销毁或灭菌处理，切勿用喷雾器直接对其喷药，以免孢子飞散而污染其它菌种瓶或菌袋。发生红色链孢霉污染的菌室，一定不要使用换气扇，可用5%可湿性拖布津或其它链孢霉灭菌剂进行灭菌处理。
6.生产者切记不要把已被链孢霉污染的菌袋放在菌场上暴晒或扔到河里，因为在高温高湿的条件下，链孢霉孢子会大量萌发并随风传播，致使空气中存在大量的链孢霉孢子，形成空气污染，给食用菌生产造成严重威胁，而应该将被感染的菌袋进行深埋或焚烧。
7.摆放养菌是，袋与袋之间离开一定距离，防治棉塞潮湿染菌，尽量使用海绵塞制菌，使用高袋制菌，使用高袋制菌使握口大些让棉塞和培养基不接触，这些处理后就不容易感染红色链孢霉了。
大面积发生红色链孢霉时怎么处理
1.低温养菌，控制菌袋温度23度左右，黑木耳菌会逐渐将红色链孢霉吃到，变成黑木耳菌丝。
2.开口时的处理。开口时要直接在外界阳光下全光照开口管理，木耳的产量基本不会降低。
3.发生感染的菌室处理。将菌室木质菌架拆除，然后全面用石硫合剂喷刷，然后从新组装菌架使用。
