复合芽孢菌，使用时需要溶氧充足才能更好的复活，发挥芽孢菌的作用。如果使用时溶氧不足，不仅芽孢的复活率低，还会造成养殖动物缺氧泛塘，因此，使用时尽量选在晴天上午有风时使用，用后多开氧机。为了让活菌进入水体快速发挥作用，缩短复活时间，提高菌的复活率，我们在使用时需提前活化，一般将菌制剂用池塘水加每亩3-5斤红糖一起浸泡并充气3小时，在这个过程中每40-60分钟搅拌一次，使菌充分复活进一步繁殖，再投入池塘，保证活菌的数量足够多。任何一种微生物制剂要想发挥作用，都需要形成优势种群。
当水体的有机质过多时，水体的耗氧量会增加，同时也为活菌提供了附着的温床。若水色浓，藻类结构单一，且有机质过多时，使用活菌时按说明用量用，往往会出现水面变得干净，水色清爽，有机颗粒明显减少，但藻相变化甚微。此时如果想调节藻相，那么就需要再连续使用1-2次。若水色浓，藻类结构单一，且有机质较少时，使用活菌时按说明用量用，往往会出现水面变得干净，水色清爽，藻相可能会有所变化。
坚持从养殖前期定期使用，减少污染物积累，越早应用效果就越明显。若在后期水体和底泥污染严重时才考虑到使用微生物制剂，此时水体和底部环境较差，有害物质浓度很高，不再是微生物生长的最佳环境，在很短的时间内单靠微生物很难达到一个很好的效果。实践经验表明，要维持稳定的水色和菌藻平衡应该定期使用，最好7-10 d 使用1次，中、后期为了增加水体的透明度或改善水体藻密度很浓的状况，3-4d使用1次，连续使用2-3次。
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