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2、作为饵料参与水体物质循环
光合菌营养丰富，且迄今尚未见有毒菌株的报道。其干物质中蛋白质含量高达65%（与螺旋藻相当），粗脂肪约占7%，可溶性糖类约占20%，粗纤维约占3%，此外还含有大量促生长物质和生理活性物质，如B12、生物素、泛酸、叶酸等。光合细菌个体小，可直接作为浮游生物（例如轮虫、枝角类、丰年虫等）饵料，而这些浮游生物又是水产品幼体的开口饵料，所以光合菌在水体简单食物链中具有最佳平衡作用。水体光合菌越多，浮游生物生长越旺盛，水产品增产效果越明显。从这个角度讲，向养殖水体投放光合菌，不仅起到水质净化作用，还通过饵料形式参与水体物质循环，形成对人类有益处的有机物，减少菌体在水体的残留。
3、减少应激源，预防疾病
光合菌是一种适应力和繁殖力都很强的微生物，在养殖水体通过大量繁殖来与病原微生物争夺营养、空间，使其无法生长，从而起到平衡水体微生态环境的作用。同时光合菌还可间接提高溶氧，稳定藻相，减少氨氮、硫化氢等有害物质浓度上升，及pH值波动，所带来的养殖动物应激反应，使水环境保持相对稳定，从而有效改善水质状况，使水体有益菌成为优势种群，而致病菌不具备生长条件，减少病原菌的滋长。
此外，光合菌含有抗病毒因子等多种免疫促进因子，可活化机体免疫系统，增强机体抵抗力，还可通过释放活性物质（如酵素—胰凝乳蛋白酶等）抑制水体有害菌（主要是弧菌）生长，以此达到预防疾病，减少抗生素及消毒药物的使用。
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