中国国家博物馆与日本东京大学史料编纂所于2010年9月签署了合作备忘录，开始了为期三年的合作研究《抗倭图卷》计划。国家博物馆所藏的《抗倭图卷》与史料编纂所所藏的《倭寇图卷》，在题材、内容、尺寸、材质方面极其相似，同为描绘明军与倭寇作战、并取得胜利的历史。而前者为明初的作品，后者为明末的作品。在研究小组中，除中国美术史、日本史、中日关系史的专家之外，还有图像解析技术专家的参与。2010年9月21日，史料编纂所第一次访问国家博物馆时，访华团中的两位技术人员随身带来了全套的高清晰度数码拍摄、红外线拍摄与图像分析设备，在现场进行拍摄和图像分析。
实际上，由于在《倭寇图卷》的画面中并没有找到能够显示画卷性质的文字。在此之前，对画面的解释众说纷纭。学者们认定《倭寇图卷》描绘的是明军和倭寇作战的情形，只不过是依据画面做出的一种较为有力的解释而已。上述情形发生戏剧性变化的节点在于2010年5月实施红外线摄影得到的成果。当时，史料编纂所在学术研究机构中率先导入了高科技的利器，在对《倭寇图卷》进行红外线摄影和图像分析时，发现了3处文字——1、“大明神捷海防天兵”；2、“肃清海·倭夷”；3、“弘治三年”——分别表示：①绘画描述明朝军队；②明军战斗的对象是倭寇；③按日本年号，弘治四年为1558年，即后期倭寇的时代，证明《倭寇图卷》描绘的主题是16世纪中期的倭寇和明军胜利的情形。至此，尘埃落定，高科技为没有题跋和其他文字说明的图卷身份界定提供了难能可贵的证据。
2010年10月至2013年4月，史料编纂所在东京召开了连续4届的国际研讨会。第一届的主题是《抗倭图卷》和《倭寇图卷》的异同，第二届的主要内容是陈履生副馆长介绍国家博物馆所藏的另一幅抗倭图——《太平抗倭图》。史料编纂所助教须田牧子、共同研究员鹿毛敏夫副教授则就与倭寇相关的实物资料——最容易给人留下印象的日本毛利博物馆的藏品——“日本国王之印”以及明朝使节的信函等为题材，对明代公文样式、倭寇中水军的来源等进行了深入的研究。《国家博物馆馆刊》在当年用专题研究的形式发表了项目组成员撰写的论文。日本三大报之一《每日新闻》以“倭寇研究的最新进展”为题对两届国际研讨会的情形进行了报道。史料编纂所则把论文的日本版登载在该所的研究纪要上。项目组还在2012年11月寻访了太平县城，对留存着该图中出现的诸多风景的老城区进行了实地调研。
2013年4月国际研讨会主题是国家博物馆所藏的《平番得胜图卷》。题材的选择理由来自于（台湾）国立清华大学历史研究所的副教授马雅贞。其于2011年12月在第三届国际研讨会上发表了题为《战勋与宦迹》的报告。据马氏考证：明代中期以后，官员之间盛行制作宦迹图。所谓宦迹图，就是一个人描绘他为官经历的图画，由此派生出一种把为官经历之中的一部分抽出来描绘的做法。战勋图也是其中的一种，主要目的在于彰显个人，尤其是文官的军功，描绘特定的某次战役（比如《胡梅林平倭图卷》）的场景。其中，马氏将中国国家博物馆所藏《平番得胜图卷》作为战勋图的代表作。
《平番得胜图卷》是中国营造学社社长朱启钤在1932年发现并组织人员进行过考证的作品。陈履生副馆长以资深美术史研究家的眼光揭示了此画卷的不寻常之处——画面上使用了宋代以后基本绝迹的“榜题”，即带有长方形边框的文字。这种“返祖”的手法说明了人物、地点和事件的内容。此外，国家博物馆藏品保管一部研究员朱敏、京都大学助教山崎岳等人的报告则探讨了《平番得胜图卷》反映的民族问题，以及《抗倭图卷》之画面的“虚与实”问题。
在日方看来，本项目的主要成果在于判定“史料编纂所所藏的《倭寇图卷》就不再是东亚的孤本了”之后，通过共同研究得到了关于倭寇背后的明代政治、外交乃至贸易的更为形象和充实的结论。而在中方负责人陈履生看来，围绕《抗倭图卷》、《平番得胜图卷》等一系列画作的研究开辟了明代绘画史研究的新局面。一直以来，国内外对于明代绘画的研究以文人画、宫廷画为主。而以“纪功与纪事”为目的的历史画，用图像的方式记载了明代重大的社会事件，是明代绘画不可或缺的组成部分。对这部分绘画的研究能为相关文献的记载提供批判和佐证，丰富历史研究的内容，也能为美术史提供新的视点，带来新的成果。
