洪承畴投降满清之后，皇太极是非常重视他的，他告诉手下那些不服气的贵族将领们，要夺取中原，离不开洪承畴这样的“引路者”。
顺治二年，清朝的豫亲王多铎率师攻占南京，福王被擒，南明弘光政权覆灭，此后常州、苏州、太仓、嘉兴等地纷纷被攻克，摄政王多尔衮胜利冲昏头脑之余，悍然颁布“剃头令”，严令所谓“留发不留头，留头不留发”，立即激起江南汉族人民的强烈反抗，史称“南中义师，风起云涌”，多铎实际上已经不能胜任主帅之职，洪承畴虽然名号是“招抚”，其实是代替多铎负责整体的军务，剿抚并用，指挥全局。
洪承畴利用自己的旧关系招抚了不少意志不坚定的明朝旧官，也镇压屠杀许多江南抗清义军，比如他先后斩杀了左佥都御史金声、大学士黄道周、明宗室长乐王朱谊石、瑞安王朱谊防、金华王朱由产、高安王朱常淇、瑞昌王朱谊贵，其手段的毒辣令人发指。
江南渐渐平定后，洪承畴又主持进攻福建隆武政权（隆武帝就是《鹿鼎记》中“拥唐”的唐王）。
后来，张献忠旧部李定国、孙可望归顺南明永历政权，反清掀起新的高潮，永历六年，李定国军入广西、克桂林，乘胜北上，连克永州、衡阳，“两蹶名王，天下震动”，此时已经奉调回京担任内翰林弘文院大学士、兵部尚书兼都察院右副都御史，佐理机务，兼任《大清太宗实录》总裁官的洪承畴，又被任命为“太保兼太子太师，经略湖广、广东、广西、云南、贵州五省，总督军务兼理粮饷”，朝廷还规定“吏、兵二部不得掣肘，户部不得稽迟”，临行前，顺治帝亲自设宴饯行，赐宝马、宝刀，这俨然是大将军的身份做派。
洪承畴制定了周密的战略计划，经过数年努力，终于在平西王吴三桂、信郡王多尼等的协同配合之下，消灭了南明永历政权，孙可望穷蹙请降，李定国忧愤病亡。
另外有一个清将崇明总兵梁化凤，顺治十六年（1659）率部大败郑成功军于江宁（今南京），直接获封轻车都尉，后被加封为三等男——江宁大捷确实对清廷十分重要，但比之洪承畴的招抚江南、经略五省毕竟只是一次战役，而且，江宁之战的胜利，和湖广满清大军凯旋东下夹击郑成功大军也有关系，洪承畴经略湖广对江宁之战其实也起到了巨大的作用，这么看来，一个顺治年间才通过武进士起家的将领的封爵也让洪承畴相形见绌。
洪承畴功高赏薄的原因何在？
有人认为是因洪承畴功大、位高、权重，遭满洲贵族和一些汉族大臣的猜忌，并受到冷落。这固然有一些道理，承诺给洪承畴封赏的是顺治帝，洪承畴疏乞休致是在顺治十八年（1661），这一年年号虽然是顺治，但是顺治帝已在正月去世，执政的是辅政四大臣，在这些满清旧人眼中，军功是很狭窄的范围，比如努尔哈赤时代就是满清谋士魁首的范文程也只获得一等精奇尼哈番，后来的洪承畴有这么个爵位你就烧高香吧。
著名历史学家李光涛在《洪承畴背明始末》中持有不同的看法，他认为清朝在危急之时，不得不用极才极恶的洪承畴，到了功成之日，极恶之洪承畴已经无用，而表彰明朝忠义之士反成为当务之急，洪承畴不得厚赏，是清人黜恶之意。这一点笔者以为不然，当时的局面远谈不上功成之日，白文选、黄梧等的封赏都为时不远，台湾郑氏等各种反清势力也都气势正盛，清朝还是需要奖励汉奸来起到示范作用的。
笔者以为，最大的原因或许在于清廷想抹杀洪承畴的“功劳”，为自己的军事实力洗地。
满清军队一直标榜自己“人如虎马如龙”、“战必胜攻必克”，而洪承畴的所谓“功劳”都是在满清武装栽了大跟头之时临危受命建树的，褒扬洪承畴相当于贬低包括多铎、博洛、尼堪、孔有德等在内的各种“自己人”，这是万万使不得的。
当时清朝王公夸奖道：
所论极高，计成，开清第一功也。
但当此计成功之后，清朝在各种奏报和圣旨中，反复陈述的是根据陛下的远程英明战略布置、征南大将军博洛的智勇双全——郑芝龙在洪承畴承诺给予广东广西福建三省王爵的利诱下，不顾反对，决意带着除郑成功以外的其他几位儿子北上向清朝投降，博洛背约，将郑芝龙与诸子一同挟持北上——完全没有提洪承畴的谋划。
（所谓洪承畴故居还真的搞了个“开清第一功'的匾额）
另一个可能的原因或许是，洪承畴身上崇祯朝叛徒的色彩过于浓厚，而清朝从官方高大上的说法着眼，自身是从流寇得的天下，是为崇祯复仇，所以哪怕吴三桂和洪承畴相比，前者更像哭秦庭的申包胥，不妨吹一吹（虽然未必有多少人信），后者却如夜壶，只能用，却摆不上台面，
“功高赏薄”也好，“狡兔死走狗烹”也好，洪承畴用自己的故事告诉后人，汉奸的下场大多是枉做小人，人格破产、殚精竭虑之余，连主子也并不怎么欣赏。
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