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阴阳学说的思想可以说是中医学的指导思想，在古代医家长期临床实践的基础上，将阴阳的概念渗透到中医学的每一个方面，对中医学理论体系的建立和发展起到了深远的影响。在中医学领域内，阴阳的观点可以指导认识人类的生命起源，生理现象，病理变化及临床的诊断和疾病防治。
阐释人体的组织结构：人体是一个有机的整体，人体内部充满着阴阳的对立统一。
从人体的部位来说，上为阳，下为阴；体表为阳，体内为阴；背面为阳，腹面为阴：肢体外侧为阳，肢体内侧为阴。又因为阴阳的相对性，在腹面中，胸在上属阳，腹在下属阴，故可分胸部为阴中之阳，腹部为阴中之阴。
从人体的脏腑来说，五脏（肝、心、脾、肺、肾）属阴，其功能以静为主，藏而不泻；六腑（胆、小肠、胃、大肠、膀胱、兰焦）属阳，其功能以动为主，泻而不藏。五脏之中又可根据其位置的不同分为阳脏（心、肺）和阴脏（肝、脾、肾）．每一个脏腑又可按照其主功能归为阳，主物质归为阴。因此，可称心为阳中之阳，肺为阳中之阴：肝为阴中之阳，肾为阴中之阴，脾为阴中之至阴。此外，经络也可以分为阴经、阳经等。
概括人体的生理功能：在中医学认为，人体正常的生命活动是阴阳两方面协调平衡的结果。人体的生理功能属阳，物质基础属阴，生理功能以物质为基础，又不断地促进新陈代谢生成物质，如果这两方面不相互为用、依存，人的生命就会终止。总的来说，对人体有推进、湿煦、兴奋等作用的物质和功能属阳，其具有保卫体表的能力，如体表皮毛、肌肉、筋骨、气等；对人体有凝聚、滋养、抑制等作用的物质和功能属阴，可以保守人体的精气，如内脏、血、津液等。
解释人体的病理变化：在病理方面，发病的部位与性质也可以分阴阳。一般来说，亢进的、兴奋昀、有热性倾向的属阳证，衰弱的、潜伏的、有寒性倾向的属阴证。如表证属阳，里证属阴；热证属阳，寒证属阴。
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