修真经脉系统，从修真组织生理学而言，其主要作用足运行血、气、光。气、光的运行传输又包括人体内环境的传输和人体内环境与宇宙外环境的交换传输。其中十二经络系统是一种弱态交换传输；八脉道系统是一种中量级交换传输；七丹窍系统则是强量级交换传输。
其交换传输的通道也各异，十二娇络系统以四肢末端的井穴为根，例如至阴、厉兑、窍阴、隐白、涌泉、大敦等井穴。“根”有如植物之根与大地土壤相连，进行摄取营养交换传输。八脉道系统则是以双手掌心劳官、双足足心涌泉及未分布经络的手指、足趾末端和百会、会阴等部位进行交换传输。《太极内功养生》中的方法即包含着疏通、开启、扩大这些交换传输门径的方法和作用。用方法将人这一张三丰师所说的“无根树”，变为有根树与地相连、与天相连，足部的井、窍开可为树之根，手部井、窍机头部窍的开可为叶，此“树”的吐故纳新、气光化合作用就都在其中了。为人法地、人法天奠定生理组织基础，准备了组织结构条件。七丹窍系统所属部位的生理、理化等特性，则是以能摆脱地球、天体引力、场力的制约，而能与道、自然进行交换传输的隐态组织为“根”蒂，这些部位大都在体部丹脉和相关窍的体表穴位区域，例如，天目、鼻尖、承浆、膻中、神阙、石门等等。必须指出的是，这些部位并不单纯指穴位，当内部丹性组织结构没有修证成功时，这些穴位和部位并不具备与道和自然进行交换传输 的功能作用。当修证进入高层次后，这些交换部位将由点而逐步扩 大，由面的连接融合而最后整体为一，进而化合自然，实现真正的天人合—。
十二经络的传输，是以血、气为主的一种传输，其中气的传输是主要传输能量物质。十二经络系统在血的传输中的作用，常常令人费解。其实十二经络系统对血和其它体液的功用，气对体液本身和对血管系统、神经系统、淋巴系统组织内外的作用，目前仍然是一个生理之谜。由于隐态质元（源）生理的炁、光等物质的理化特性暂时还未能破译，大多数人包括部分中医师都对此传统学说持怀疑态度。但是经络对血气的传输作用是客观存在，不应轻易否定十二经络运行血气的作用，“气行则血行”，这是传统中医学的生理基础，是中医学说的基础学科，在临床诊断、治疗中均占有极其重要的作用。
八脉道系统的传输，八条脉道系统的传输是以运行炁、光能最为主。一般状态下和修证的早期，以传输气和炁为主，当经过修证将它们开启后，就会表现出光的传输特性和功用。研究过传统中医学和修真学的人都不难理解，虽然道家、医家都有八脉之说，但是在层次和广度上，道家比医家丰富和全面得多。这是由于医家只研究正常、“常道”人体生理组织的局限性所造成的，道家的研究则是将常道、非常道，局部与全貌集合一体，整体多维立体性地研究，所以道家的人体组织生理学比医家丰富和全面得多。
医家和道家对奇经八脉都有学说阐述，甚至名称也相同。但是，由于祖先们受历史的制约，所著述的内容精辟简短，后世医家著述者中虽然不乏修炼者，但可能受修为层次和内观清晰度的限制，在阐述上难免缺乏全而性、系统性。这正如紫阳真人所云：“惟神仙以阳炁冲开”，才能逐步窥见全貌。从根本上说，医家经脉学说是源出于道家的，所以名称基本相同而只是内容有异。造成有异的原因之一，是道家的学术层次高，将奇经八脉中属于基础的一部分划出，而将高层次的内容补允进来，并且视为神仙之学，是天机所在而不轻传，所以知者不多，有所知者也知之不深。作者手头所藏的一些师传手抄本中，就有许多内容全都标示着：“慎勿轻传”，或者“道外不言”的警句，其中就包括着八脉道中的一些内容。
常人之八脉是否完全闭塞不通，这尚值得探讨研究。常人的八脉大部分不通畅，没有达到阈值性生理作用，这足肯定的。它们大部分内部不通，但是外部的“壁性”传输作用尚存在而处于弱生理功能态，这一观点应当确立，才有利于整体研究脉道系统的生理。
弱传输现象，作者在实修中曾有体会而不是空穴来风。在通八脉的早期，光炁常在脉上呈环状升降而不是圆柱状整体性传输。由此可见常人的八脉壁性弱传输作用还是存在的，所以医家对这一系统的功能作了部分的不全而的阐述。这一现象在修真生理学的研究中有着非常重要的意义，当单纯只是炁在八脉中运行时，内观并不十分清楚而只是一种感觉，当完全进入光的传输后，脉道已经开通而不能观察到壁性运行现象。只有在介于炁、光二物在脉道中运行的一种中间状态和修持的某一特定阶段才易于发现这一生理现象。非修炼者常人的这种弱传输生理功能则可能更弱而无法观测。这大概也就是医家对八脉的论述不完善的原因之一。
七丹窍系统，丹窍系统是体内小宇宙内环境和体外大宇宙外环境天德之光、地慈之炁生发、交换、传输的通道和源点。这种方式是以光这一先天物质为主的生发、交换、传输，炁这一先天物质在此阶段则处于次要地位。
丹窍系统的传输，既有内环境光、炁物质的运行，也有内、外两重环境高品质物质的耦合连接交换，是一种光、炁先天物质的同频效应。修持越到后期这-特点表现就越加明显。在八脉修持中虽然也可以内观自验刽这些效应，但是不及丹窍系统明显和易于体悟。人体小宇宙内环境和体外大宇宙外环境，对先天光和炁高级物质的耦合同频交换，天德地炁的直接摄入，才是修真组织生理学中的佳境，进入了这一阶段的修持后就为生命再造，性命质的飞跃，奠定了坚实的物元（源）隐态修真生理组织基础，也为物源显态生理组织向先天转换质变，创造了必需的条件。
传统丹经和医学籍典，都没有对经脉进行类似解剖学上的分类。这样很不利于后人学习、研究和掌握经脉体系。修身修真学为了教学力便，将修真生理组织结构，经脉系统运用现代科学和归类法，进行分类归目，以求利于教学、自学和实践。
修真经脉系统的分类，是根据修真的组织生理学特性，根据修证层次、质量的高低，采用由浅入深，由低至高的方法归类建目的，“修真经脉系统”一词从广义上讲，范围极大，人体生命个体经脉系统只是其中的一支。例如修身修真学的“外环境组织结构学”中，地球有地球的“经脉系统”，星系有星系的“经脉系统”，银河有银河的“经脉系统”，宇宙有宇宙的“经脉系统”等等。修真者生命再造欲进入上乘境界者’就必须研究、了解各层次相应的“经脉系统”，才能用己身之“经脉系统”逐步外合（化）于自然，逐步一层次一层次地由“人天合一”步入真正的“天人合一”，复归于自然大道和佛的上乘境地而完成自度。
修真组织生理学的高级阶段，必然会涉及到“外环境组织结构学”中有关宇宙星系“经脉系统”这一天人大秘密。从前是不可言，天机不可泄露。修身修真学主张：“不可尽言，点到为止，掌握概念方法为主，心传神授，时至自知。”在人体“经脉系统”的教学中，只要不违反自然大道的法则，就尽可能多介绍一些内容，以求有利于更多修炼之士的修证自度。
人体经脉系统的解剖分类，由于修真生理组织学不同于显态人体解剖学，由于道家学说的整体可分和不可分特特性，不易将经脉系统完全割裂分类。修身修真学要求学者注意道学的三元（源）多维立体这一特性，不要追求概念上的严格分类，而将圆融的道性弃之不顾。
修真学将经脉系统分为三部分，这就是：基本组织结构层，初真组织结构层，全真组织结构层。这一命名是根据修身修真学的特点：常道向非常道逆修，性命双修质变，后天返先天。在修真的生理变化过程中，有一个由低级向高级，由浅向深发展的必然过程，炁足经畅，返还乾健，这是修真进道的基础，也是正常人体生理组织学的基础内容，故名为基本组织结构层。初真组组结构层，是进入修真证道的门户，是生理组织向先天质变的起始点，常人八脉道不通，在动修经络的基础上，炁足、经畅、光生，为开启八脉道创造了先天物源质元（源）基础。八脉道在此先决条件下就易于通畅而进入初真修持的境地，完成开八脉复先天的修持工程，故名为初真组织结构层。全真组织结构层，则是先天中的先天组织结构，是性命双修的高层次纵深领域，是性命合化于自然真常大道的全真生理组织结构。
基本组织结构层，是以十二经络系统为主，外络于肢节，中贯于八脉，内属于腑臓。将正常人体外、中、内连贯成系统，成为一个有机的整体。经络系统是以十二正经为主干，十二经别为支干，十五络脉为主支，十二经筋为次支，十二皮部为枝叶的完整系统。其中十二经别，是十二正经在胸、腹、头部的重要支经，沟通和加强表里经的联系。十五络脉，是十二正经在人体四肢和躯干前、后、侧三部分的重要支经，起着沟通表里，互为渗灌的作用。其次，经络的外部，筋肉也是受经络支配的，与十二经相对应，名为十二经筋。全身皮肤组织也按照经络的分布分为十二皮部。
十二经络系统这一基本组织结构层，我们修身和修者以及道医者还应当注意，由于人体的隐态生理组织结构高度与天地的信息契合同频。所以当大地的场性发生战变时，人体也会同时发生改变。例如从1994年开始至2000年期间，地球的隐态结构场发生明显的改变，在原有的场性结构的外层，又产生了新的场性结构。出现了一种双层结构场。在这种地球双层结结构性的作用下，人体十二经脉的场性结构也同样发生了双层性的改变。也就是说在人体的十二经络中，每一条经络的外层出现了同一性状的浮悬状的经络。原有的十二经络穿行于皮肤下，而新出的一层则浮布于皮肤上，形成一种立体结构状。经络敏感感者在接受针灸时，常常会出现并未进针于皮下，针尖尚在悬空状态时，已经开始产生明显的针感，如果悬空捻针时，也能产生类似于正式扎针时相似的针感。这一现象同样十分值得道医学和修身学高度重视和应用。
初真组织结构层，是以八脉道系统为主，八脉道外连于经络，中渗于组织，内联于腑臓。此八脉不受制于十二正经，古代前辈将十二正经比喻为沟渠，八脉奇经喻之为湖泽，正经流溢的气可以注入八脉之中，互为灌溉，内温臓腑，外濡腠理。八脉道系统是人体组织结构深层的经脉系统。以现代人体解剖学的心血管系统为例，人体有浅动脉和深动脉；自浅静脉也有深静脉，深浅之间还有交通支。例如下肢的大隐静脉曲张时，可以结扎大隐静脉和小隐静脉，使静脉血液通过交通支注入深静脉回流，让深静脉代偿浅静脉的功能，从而达到治疗目的。八脉道系统在解剖学的层次上与深动脉和深静脉近似，生理组织功能却又不可雷同而论。八脉道在人体组织结构上，在解剖层次位置上是深于经络系统的一大系统，与经络系统互为阴阳、表里。
全真组织结构层，是人体的先天高级组织结构层次，它以七丹窍系统中的四线三窍为主，整体性地包容经络系统、脉道系统、腑臓系统和全身各组织器官。这一系统通过线、窍：连经穿脉过腑臓，混沌一体无阴阳。形成先天“道性”多维立体生理组织结构，从而为完成和实现性命双修，性命合一，准备了生理组织结构框架，为命功修证中的“了命”，复返先天无极态，混沌一体，真正实现自身小宇宙的无极化，继而实现这一小宇宙与外界大宇宙的无极耦合与同化，复归自然大道创造好先决条件。
基本组织结构层：（人体组织结构浅层）
十二经系统：十二皮部；十二经筋；十五络脉：十二经别：十二正经。
初真组织结构层：（人体组织结构深层）
八脉道系统：任脉；督脉：冲脉；带脉：阴蹻；阳蹻：阴维：阳维。
全真组织结构层：（人体组织结构立体层）
七丹窍系统：网脉线；之脉线；内丹脉线：外丹脉线；天脉窍：理脉窍；混沌窍。
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