从明末到清朝，因为历史时间不算久远，所以比较为人熟知，而且许多史料也相对保留较健全，所以有许多扑朔迷离的宫廷悬案更有揭开的可能性，正因为此，这些迷案更加吸引现代人的关注。
当然，这一时期，有很多民间传言，比如顺治出家，再比如雍正无头，还有就是雍正依靠在康熙遗诏上作假，将十改为于。这些基本上可以定性为民间臆测，顺治死于天花，而雍正必然是名正言顺的继承，而且也不会被什么吕四娘之类的刺杀。而有些真实存在的悬案，才是真的扑朔迷离。
梃击案
1、梃击案
明朝末年，也就是万历末年开始，总共发生了三件令人匪夷所思的案件，后世一般将他们统称为明末三大案，除了移宫案比较明朗之外，另外两个案件都显得有些匪夷所思。
而梃击案则是明末比较著名的大案，事关万历朝国本。万历末年，虽然争国本事件早已尘埃落定数十年，但是郑贵妃极其外戚对此并不完全死心，毕竟立朱常洛为太子，只是万历对明末强大文官集团的一个妥协。
到了万历末年，随着万历身体越来越差，夺嫡之事，更是被提上日程。而就在这个特别敏感的时间段，发生一件极其特别的案件，而这件事最终结果是朱常洛受益，从此稳坐储君之位。
事情是这样的，万历四十三年五月初四黄昏，一男子手持木棍，闯入了朱常洛的府邸，由于朱常洛并不受宠，府内也没有什么护卫，只有几个老太监，男子一路前行，打伤了众多太监，最终被几个老太监合力制服。
张差
此事无疑打破了看似平和的万历朝局，根据刑部审问，基本供出情况，他可能是装疯，该男子表示，自己本是兵士，到京之后，得到一个老太监指点，表示去朱常洛府上，见一个打一个，杀了穿黄衣服的，就可以领赏了。
这次案件扑朔迷离，首先连凶手身份都不能完全确认，只有个名字张差，谁指使
这件事经后世推敲，很多人都认为是受益者朱常洛的一场苦肉计。真相到底如何，就不得而知了，首先肯定张差不是疯子，至于剩下的，就只能靠猜了，两种可能五五开吧。
朱常洛关系网
2、红丸案
红丸案，更是一件扑朔迷离的案件，话说朱常洛好不容易熬死长寿的万历帝，可是即位不久，因为放纵激情了一把，然后患上了重病，圣容顿减，卧床不起。
然后，泰昌帝莫名其妙地痛斥了来看病的御医，而是让半吊子选手宦官崔文升看病，结果这个选手开了泻药，这本来没啥，可重点是药量开得太重。泰昌帝没过两天就被折磨得不行了，很快就奄奄一息了，太医对此束手无策。
红丸案
这时候，泰昌帝很明显不再信任太医院和寻常医术，而是寻求偏方，所以，这时候就有人献上了仙丹，名曰红丸。此人乃是鸿胪寺丞李可灼。他表示这仙丹乃是峨眉仙人所赠。泰昌帝不顾劝说，一定要吃药，在吃了第一颗之后，出现了回光返照，感觉甚好。然而，第三天泰昌帝就不行了，再度催药，当泰昌帝再度服药之后，然后当夜就猝死了。
此案亦是非常扑朔迷离，几乎所有人都认为这事乃是有人对泰昌帝的阴谋。刑部主事王之采更直指光宗之死与郑氏、光宗宠妃李氏等阴谋夺权有关。此案对晚明影响很大，天启朝党争，乃至南明党争，很多都是重翻此旧案。而关于此案真实情况，后世很难知晓全貌。
懿安皇后
3、懿安皇后下落之谜
明熹宗朱由校的皇后张氏，其乃是打破后宫不得干政的明代一位皇后，其乃是天启帝选秀时的第一美女，被选入后宫，尊为皇后。其博览群书，经常规劝天启帝亲贤臣远小人，正言匡谏。但是其被魏忠贤和客氏戕害，其落得无法生育的下场。不过，在天启帝病重之时，其力主立朱由检为继任，也算是有功。朱由检对其相当尊敬，尊为懿安皇后。
而关于张氏的去向，更是留下了一个千古谜团。相传，其在李自成进入北京之后，自尽而亡。也有传言，其失身于贼，被李自成大军所掳，而这之后，有的说被杀了，有的说被送回了老家。还有说法是其在李自成进宫前，化成平民，逃离到了民间。
假朱三太子
4、真假朱三太子案
朱三太子，一个环绕清初三代帝王长达百年的名字，也给后世留下了一个千古谜案。明崇祯十七年，李自成几乎一路畅通无阻便攻入北京城，崇祯帝在城破之前，几乎将自己的女儿啊，宫女什么的都杀了，然后自己自缢于煤山。
可是在这期间，相传还发生了一件事，那就是崇祯在城破之前，还召集了三个皇子，表示让他们逃出去，如果能够成功，将来一定要复国。由此展开了“朱三太子”和清廷长达数十年的对峙。
首先，南明弘光元年，一个自称太子的人出现在南京，被人否认了。而同一时期，另一位太子则出现在了北京，其出现在了周奎府地，周奎不认，将他交给了清廷，而当时召集前明锦衣卫和前朝太监进行确认，一致认为是假的，然后不顾当时北京百姓的求情，被杀了。
而朱三太子，主要活动在康熙时期，这一时期，因为时间跨度大，已经没人能认定真假，反正在此期间，清廷抓了好多次朱三太子，最终都被认定是假的，然后想办法除掉了。
关于朱家三个皇子的真假，无人能断，极有可能是，大清朝廷以假乱真，将真的说成假的，然后趁机除掉，以绝后患。
同治皇帝与慈禧
5、同治皇帝死因之谜
同治皇帝，清朝第十位皇帝，咸丰帝长子。同治皇帝时期，清朝平定了太平天国运动，剿灭了西、东捻的作乱，并且先后平定陕西、甘肃的回变，然后清朝也锐意改革，洋务运动取得了初步成果。同治皇帝即位时不过6岁，大权都把持在两宫太后和几位摄政大臣手中。
同治十一年，皇帝亲政，不过亲政不到两年，同治皇帝就突然病逝，时年19岁，成为清朝最短寿命的皇帝。而关于同治之死，历史上有很多说法，官方的说法是，同治皇帝因为天花而死。
而非官方的说法是，同治皇帝贪色，不幸感染了花柳，而慈禧太后为了避免同治患花柳之事传到民间，引起非议，于是就假说其是天花，并吩咐御医按照天花去治疗，结果将同治给医死了。
鉴于同治皇帝和慈禧太后的矛盾，此事更加扑朔迷离，至于真相，后世考证其大概率死于天花，但是这等宫廷秘史，谁又能说好呢？
东西宫太后
6、东太后慈安死因之谜
慈安太后，咸丰帝的第二任皇后。咸丰帝驾崩之后，慈安太后和慈禧太后被尊为两宫太后，共同辅政。慈安太后对统治的影响力甚至大于慈禧太后，连同治选后，也是遵照了慈安太后的意见。同治时期，慈安太后下令诛杀权宦安德海，朝野称快。
只是到了光绪时期，慈安太后的影响力很快被慈禧压过，而到了光绪七年，慈安太后在毫无征兆的情况下就暴卒于宫中，当时年仅四十五岁。
关于慈安太后的死因，有多种说法，首先自然是官方的病死。然后就是民间的说法，有人说是被慈禧太后逼死的，比如什么吞鼻烟壶自尽
慈安太后之死，慈禧太后得益最多，自此一手遮天，而受损最多的则是慈禧政敌奕欣。所以，慈禧在此事中少不了干系。
慈禧太后
7、光绪帝死因之谜
光绪帝，清朝倒数第二位帝王，这位在位长达三十四年的皇帝，有着悲哀的一生，一生几乎没有掌握过实权，而之后，光绪帝被囚禁于瀛台长达十年，到最后，还落得个死因不明。
关于光绪的死，虽然官方记载自然是病死。而由于死的时间点过于蹊跷，他刚好死在了慈禧前面几个时辰，很有可能是慈禧太后在弥留之际，让人毒杀了光绪，毕竟，如果慈禧先驾崩，光绪帝一定会将慈禧太后的所作所为翻过来，所以被毒杀这种情况是很有可能的。
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