研究复杂系统问题，主要采用实验科学的方法，通过现象提出假说，反复实验验证。
西医的假说建立在基于严格遵循形式逻辑非此即彼、眼见为实规则，采用单因素细分还原法的解剖学、分子生物学基础之上。
中医等自然疗法建立在基于辩证法、整体论、系统论的人体代谢循环、多因素模糊权重逻辑推理基础之上。
西医认为疾病是由病菌侵入，基因、蛋白质、细胞等微观结构变异，或某项生物、化学、物理指标异常造成的。应对策略主要是对抗疗法，如用切除、烧、毒等方法是杀死病菌、癌细胞，通过物理、化学、生物手段，直接改变异常指标，降血压、降血糖、降血脂、降尿酸。对抗疗法对细菌和寄生虫感染有一定疗效，但是对病毒感染和代谢性慢性疾病和癌症，由于不能消除产生疾病的原因，大多数都只是暂时缓解症状，没有长期有效的根治方法，只能终身吃药，还可能增加更多的医源性、药源性疾病风险。
中医认为，百病始于风。也就是说，所有的疾病都是由侵入人体开始发生的。如果处置或治疗不当，风会逐步由表入里，从肌肤（皮肤、粘膜等）深入肌肉和肌肉组织间的组织液。
然后深入腑（即胃、胆、肠、膀胱、三焦等空心的器官。三焦包括容纳心、肺、胸腺的上焦胸腔，容纳肝、胆、胰、腺、脾、胃的中焦上腹腔，和容纳肾、小肠、大肠、膀胱的下焦下腹腔。还包括腔内器官间的水道，淋巴管、淋巴结等淋巴系统组织）。
最后入脏（即心、肝、脾、肺、肾这五个重要器官）。这就是感冒到心脏病、各种代谢性疾病、自体免疫性疾病，到癌症的传变过程。
黄帝内经把上述发展、传变过程归纳为阴阳、表里、虚实、寒热八纲假说。张仲景的伤寒论又把八纲假说发展为六经演化假说，即疾病从太阳（大肠、胃）发展到阳明（三焦、胆）、少阳（小肠、膀胱）、太阴（肺、脾）、少阴（心、肾）、厥阴（心包、肝），有六个阶段，逐步深入。
太阳病又分为中风、伤寒、温病三种。
闫崇文认为，中风主要指病毒侵入。
吴清忠认为，中风主要指低温侵入。身体为了保持体温，皮下碳水化合物释放能量御寒后，形成低能量的化合物。
在中风阶段，中医的应对的方法是用桂枝汤加一大碗热粥，让身体微微发汗，微微发热，把病毒和寒凉物质随汗液一起排出体外，疼、肌肉酸痛等症状就会消失，面瘫也会逐步消失，疾病就不会进一步发展了。用葱、姜、蒜、姜黄、辣椒、胡椒等辛温的食物加上热粥，也能起到类似的效果。
怕冷、无汗是伤寒的典型症状，常用解表发汗能力更强的麻黄汤。
寒热错杂是温病的典型症状，主要是病毒感染。要考虑不同季节、温度、湿度等因素，采用适当的方法，春夏秋三季主要是葛根汤，冬季可用当归生姜羊肉汤。
阳明症可分为经热和腑热两种，经热的典型症状是口渴，口舌生疮，发高烧等，常用白虎汤等。腑热的典型症状是严重便秘，常用大青龙汤和各种承气汤。
少阳证主要症状是病入三焦，寒热错杂、恶心。常用小柴胡汤。
太阴症的主要症状有心下痞。常用各种理中汤。
少阴症的典型症状是但欲寐，小便清白，外寒里寒。常用小青龙汤。
厥阴症的典型症状是上热下寒，凉过肘膝，失眠、盗汗，各主要器官功能衰竭。
中医认为，心为君主之器官，心脏功能衰竭，不能给其他器官正常提供能量，是主要矛盾，所以抢救时常以救心为主。可能需用到生附子、生半夏、生硫磺等《神农本草经》中的二类威力强大的植物、动物、矿物药。
心脏的功能强了，可以给其他器官提供充足的能量，脾胃强了消化吸收功能会更好，进一步提高身体能量水平；肝肾强了各种毒素可以正常排出，造血功能和免疫功能会恢复正常；各系统和五脏六腑的功能正常了，各种疾病都可能自愈。
如果治疗方法正确，疾病也可以逆向发展，厥阴症可以逐渐向少阴、太阴、少阳、阳明转化，最后转为太阳症，把寒凉物质、代谢废料、毒素、病毒和凋亡的癌细胞排出体外。很多晚期癌症患者都能逐渐自愈，这是现代医学望尘莫及的。
闫崇文认为，西医主要是研究血液的医学，中医主要是研究人体内水循环的医学。中医对水在体内的循环、温度、各器官的作用，有一套完整的假说。中医内科治病的原则是十字诀，开鬼门、洁净腑、去菀陈痤。就是用汗、吐、下的方法，打通人体与环境的物质交流渠道。具体方法我把它归纳为调温、换水四个字，就是用新鲜的水、津液，换掉含有大量病毒和垃圾的旧水、脏水。
中医的治疗原则是消除疾病的原因，主要针对不正常的生命运行状态，同症同治，不直接针对具体的生化指标或病毒、癌细胞。只要生命运行的症状相同就采用同样的治疗方法。不管是感冒还是肺癌，有白色泡沫痰，就是外寒里寒，都是用小青龙汤。手凉到肘、脚凉到膝就是四逆汤症，有的要用到生附子、生半夏、生硫磺。治疗高血压、糖尿病、痛风、面瘫、癫痫等疾病也是这样，生化指标可以做参考，但不作为治疗方向和用药的依据。
治疗方向和用药的依据就是改善生命运行状态，不能吃治吃，不能睡治睡，不能动设法动，身体不能运动也可以用意念动。只要能吃、能睡，说明心态和主要器官运行正常，新陈代谢可以正常进行，消化吸收功能正常，气血能量可以一天比一天高。等到身体能量提高的足够的程度，自愈机制就会自动启动，各种疾病都可能逐渐自愈。
倪海厦发现，人的生殖系统细胞精子和乳汁的代谢过程，与癌症的产生和发展有紧密的联系。精子代谢物从腹腔上升到嘴唇形成胡须，所以男人胡须不生长可能患有癌症。妇女多余的乳汁不能下达子宫形成月经，也可能患癌症。他猜想，可能是乳汁或精子代谢废料误入心脏，形成红斑狼疮，误入其他器官会形成乳腺、肝、肾、肺、胃、大肠、大脑等器官的癌症。他根据上述假说采取相应的预防和治疗方法，能取得很好的效果。
张仲景的六经传变假说是建立在前人和他自己大量临床实践经验基础之上的，经过2000多年几亿人的临床实践，证明采用这个致病假说和治疗方法是符合人类疾病发生、发展、转变的客观实际的，可以收到良好的效果。邓铁涛、张伯礼、李可、黄煌、郑文友、倪海厦、李宁先、闫崇文、俞德元、张明、陈玉琴等当代中医的大量成功临床实践，也证明了这一点。
闫崇文、李宁先等采用中药为主的疗法，林杰、陈玉琴、吴清忠等主要采用疏通经络的方法，因为它们的主要目的和方法都是从生命整体运行状态入手，改善血液和组织液的流动性，改善细胞生存的微环境，让细胞能正常生存和发挥功能，让身体有足够的能量和条件自愈疾病。跑步、游泳、太极、瑜伽、气功等，也能起到类似的防病治病效果。
闫崇文认为，中医在张仲景时代就已经理解了从感冒到心脏病、癌症等各种疑难危重疾病的致病机理，找到了简单有效的治疗方法。今天我们应该进一步学习、继承和发展中医，在治疗急危重症方面的疗效要超过西医，重振中医的虎威。
坎贝尔营养学的假说是，人类在漫长的进化过程中，与完整的植物性食物相互适应，形成了营养素、微生物和人体相互依存的关系。完整的植物性食物不仅直接给人类提供上千种必须的能量和营养素，也给体内的微生物提供营养，由这些微生物生产人体必须、却无法从食物中摄取、自身又无法合成的微量营养素。
长期过量摄入动物性食物和油脂，可能导致动脉粥样硬化、形成斑块、血管消失、细胞生存的微环境恶化等一系列问题，是细胞、器官、系统功能降低、衰竭，导致各种代谢性疾病的主要原因之一。坎贝尔营养学的基本结论之一是，完整的低脂植物性食物，最有利于人类健康。
夏露特.葛森说，导致疾病的深层次原因主要有两个，一个是缺乏营养，一个是中毒，毒素抑制了人体的自愈功能。解决的方法，一是给身体提供宏量容易吸收、无污染的营养，主要是每天13杯胡萝卜苹果汁等四种蔬果汁。二是协助肝脏排毒，主要是咖啡灌肠。实践证明，采用这样的治疗方法，身体在一周左右就可能出现冥旋、长疮、腹泻、旧伤疼痛等好转反应，说明身体能量有很大提高，已经启动自愈机制开始自愈疾病了。
马克斯.葛森、卡德维尔.艾塞斯廷、内森.普利特金、约翰.麦克杜格尔、肖长江、彭鹏，以及责任医学医师协会的几万名医生，采用低脂完整的植物性饮食，成功治愈了很多西医无法治愈的代谢性慢性疾病和癌症。说明他们的致病假说和应对方法，都是比较符合客观实际的，所以能协助患者自愈各种疾病，取得西医无法取得的良好效果。健康生活方式是保障健康最简单、经济、持久有效的方法。
2023年10月22日闫崇文在君和堂的讲座
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