一款绘制漂亮的环形进化树软件——GraPhlAn

　　今天给大家介绍一款绘制系统进化发育树的软件--GraPhlAn，该软件是由哈佛大学的Huttenhower Lab开发，绘制图片十（很）分（高）漂（大）亮（上）。详情请点击阅读原文。

　　先来看看，这款软件的一个例子：

　　该图有进化树，以及物种丰度信息，还有分组来源，信息量非常大。图中间的圈图为物种进化分析，不同颜色分子代表了不同门分类水平(由右上角的颜色标注);灰色标注的是属的分布情况。次外圈的热图表示不同组的物种丰度(组名在圈内6点钟方向)，用不同的颜色表示不同的组，颜色深浅表示相应物种的丰度。最外圈的柱状图则为相应的物种在不同组的最大丰度，颜色用具有最大丰度的组的颜色表示。

下面来讲解下具体绘制步骤：

1、我们需要有LEfSe的输入格式的文件，格式如下图。（PS：由qiime的biom格式即可转成如下格式。具体请戳https://github.com/gditzler/biom2lefse）

（其中的第一行为每个样品对应的分组来源，第一列为对应的物种分类，数值为相对丰度。）

2、利用上述输入文件构建简单发育树文件，操作如下。

　　主要是为了输出.tree树文件。

3、还是利用上述输入文件构建.annot文件。该文件格式如下。

 

其中title：定义图片标题。

title_font_size: 定义标题文字大小。

total_plotted_degrees:定义进化树的环形角度。

annotation系列参数：定义的是左边legend的文字大小等属性。

ring系列参数：定义的是圆圈热图的颜色，边的粗细以及分组标签等属性。

下面的物种参数，如g__un_f_Micrococcaceae:定义了该物种在各个分组的相对丰度，在哪组中最高以及点的形状等。

４、利用graphlan_annotate.py对生成的.tree树文件以及.annot注释文件处理，输出.xml文件。

5、最后用graphlan.py对.xml文件进行可视化。