系统进化树的建立（完整）

1. 进化树的建立

软件：MEGA

输入文件：fas格式文件

输出文件：nwk格式文件

建立过程

1）将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件；

2）打开MEGA软件，选择主窗口的”File” → “Open A File”→找到并打开fasta文件，这时会询问以何种方式打开，需要先进行多序列比对，所以选择“Align”。如果是比对好的多序列比对可以直接选择“Analyze”。

3）打开的Alignment Explorer窗口中选择”Alignment”“Align by -ClustalW” 进行多序列比对，弹出窗口询问“Nothing selected for alignment，Select all？”选择“OK”。

4）之后，弹出多序列比对参数设置窗口。这个窗口和EMBL在线多序列比对一样，可以设置替换记分矩阵、不同的空位罚分（罚分填写的是正数，计算时按负数计算）等参数。MEGA的所有默认参数都是经过反复考量设置的，这保证了MEGA傻瓜机全自动档的品质，所以当你无从下手，或者没有什么特别要求的时候，直接点击“OK”，接受这些默认参数，开始多序列比对。

5）比对过程是先进行双序列比对，在进行多序列比对，最后会出现一个多序列比对结果。将之作为中间结果保存下来。在Alignment Explorer窗口中选择“Data”→“Export Alignment”→选择要保存文件的格式（一般用meg格式）

4）生成的“.meg”文件可以双击直接导入MEGA。点击data-Phylogenetic  Analysis，回到MEGA主界面。

5）开始建树。点击MEGA主窗口上的Phylogeny下拉菜单，选择Neighbor Joining（最近邻居法）。保存为nwk格式文件

2.进化树美化

软件：Rstudio（ggtree包）

输入文件：nwk文件

输出文件：建立的彩色进化树

美化过程

R语言代码：

#加载R包
install.packages('ggtree')
install.packages('ggplot2')
library(ggplot2)
library(ggtree)

#读取树文件
x <- read.tree('***自己的文件（一定注意路径***）')

#读取分组信息
groupInfo <- split(x$tip.label, gsub('_\\w+', '', x$tip.label))

#按类分组
y <- groupOTU(x, groupInfo)

#将分组信息添加到树中
tree <- groupOTU(x, groupInfo)

#绘制进化树
ggtree(tree, layout='fan', ladderize = FALSE, branch.length = 'none',aes(color=group)) + geom_tiplab2(size=3) + theme(legend.position = 'right')