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生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络

我是谁?我在哪儿?我在查什么?

在信息爆炸的时代,相信很多小伙伴在查文章时会因信息量太大而抓狂。今天带来一款设计简洁、功能全面的基因功能查询工具,助你事半功倍,心情倍儿爽。

EVEX在线查询数据库(http://evexdb.org/)是一款以基因为检索对象,以PubMed和PubMed Central中发表文章的摘要和全文为依据的文本挖掘(text mining)数据库。由于检索结果都是以被检索的基因为中心,因此条理非常清晰,大家来感受下:

以小鼠Oct4基因为例,想知道与Oct4相互作用的基因有哪些?只需在EVEX上搜索到小鼠Oct4基因。

点开之后即进入检索结果,可以看到有四类基因,包括被Oct4调节的71个基因、能够调节Oct480个基因、与Oct4有结合的133个基因、以及与Oct4共同参与调节的1336个基因。

以第一类为例,点开之后可以看到具体的被Oct4调节的基因,以及Confidence最高的支持这一调节关系的原文。

Oct4调节Nanog为例,点击Show more之后可以看到所有支持这一调节关系的原文以及相应的PubMed链接。

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