从零到壹：Cytoscape插件使用心得~MCODE篇

MCODE

 今天开始连载的第一大神器--MCODE，在庞大基因（蛋白）网络中进行聚类构建功能模块

MCODE

主要作用是在庞大基因（蛋白）网络中进行聚类构建功能模块。1063次的引用，足以证明其重要性。

MCODE的原理

图E、F、G（*doi:10.3390/ijms18091898*)便是通过MCODE在D网络中聚类构建出的模块。原理（不愿意看原理，可以跳过）

MCODE是通过对网络图中的各个节点的计算节点信息

包括自身在内的邻居接点子图neighbors及其密度density，以该点为种子节点所能扩展出的最大k值的K-core，其k值水平coreLevel，此K-Core的密度coreDensity以及该节点的score值。节点的score值反映了该节点及周边节点的密集程度。然后再从score值最大的节点开始，调用getClusterCore()方法，以此节点为种子节点开始扩展，逐步加入符合参数条件的邻接节点。最后根据参数要求作一些后续处理，得出最终的功能模块。

举个🌰~~MCODE的运用

Cytoscape最方便的地方在于它有很多的插件，这些插件可以通过官网上下载（App），导入cytoscape，也可以直接在cytoscape上下载（App manager）
那怎么运用MCODE了，我们先在cytoscape安装好MCODE,打开一个基因网络。

一般选择in whole network，我们也可以选择我们感兴趣的区域 from selection。在advanced option里调整K-Core，我个人的理解是K值越大，模块数量会变少，而核心节点所处的子网络结构也越不容易受损，能看出核心模块及节点。然后点击analyze current network。

右边MCODE Result窗口出现模块结果，出现了13个模块，基本是按score值排序，点击我们感兴趣的模块，然后点击create cluster network，就能够把这个模块显示出来然后予以保存。

感兴趣的模块内基因我们也可以进一步左GO，Pathway分析。

今天就到这，如果大家有感兴趣的插件及学习心得可以联系我们。

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