BINGO 它很精巧——专门用来分析基因富集的GO条目,而且它是以网络图形式来展示。而且BINGO现在引用数次已达1000多次了,确实是个明星插件。ps感谢Freescience联盟对我们Cytoscape系列的转载!
安装同前,这个我们不详细说了。用这个插件之前,我们先要打开一个PPI,然后打开BINGO插件。先定义Cluster nameBINGO提供了基于网络基因选择(Get Cluster from Network)或基因文本输入(Paste Genes from Text)的选择,我以网络基因选择为例子。我选择整个网络的基因,也可以选择部分感兴趣的基因。
参数的的设置如图,一般默认参数就可以,在Select ontology file可以选择你想要分析的,也可以自己从GO官网下载最新的GO注释文件和GO分类文件,然后通过Custom导入分析。
Select organism/annotation选择Homo Sapiens,如果是自己的注释文件,选择“Custom”,文件需命名为gene_association.***。在Save BiNGO Data设置结果导出。
然后点击Start BiNGO,形成GO网络图和GO结果。
欢迎大家指正,如有问题可联系站长和我。
联系客服