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首发于生信菜鸟团博客:http://www.bio-info-trainee.com/2087.html
腾讯视频地址:https://ke.qq.com/course/286407 (点击文末的阅读原文可以购买)
第一讲:GEO,表达芯片与R 第二讲:从GEO下载数据得到表达量矩阵 第三讲:对表达量矩阵用GSEA软件做分析 第四讲:根据分组信息做差异分析 第五讲:对差异基因结果做GO/KEGG超几何分布检验富集分析第六讲:指定基因分组boxplot指定基因list画热图 第七讲:根据差异基因list获取string数据库的PPI网络数据第八讲:PPI网络数据用R或者cytoscape画网络图第九讲:网络图的子网络获取 第十讲:hug genes如何找
之前的视频假设大家有R语言基础,并不适合初学者。
现重新委托南京医科大学张驰博士录制基础视频,大家可以以此来入门R语言,及表达芯片数据处理。有需要的朋友可以添加讲师的微信进入学员交流群,记住,非必须,因为本来这个课程就是近乎赠送价格,所以不提供群聊答疑服务,而且这个群聊也不一定是仅仅聊GEO数据库表达芯片,遵从生信技能树的惯例,考虑到讲师拉群聊的辛苦,请务必加好友后发送18.8元红包。
并且我也给出了更新版教程
差异分析得到的结果注释一文就够这里,就不放我的二维码了,不过,欢迎大家来我们生信技能树知识星球提问!(免费)
很早之前我就在公众号发布过linux总结,可以先浏览,有个大概印象,等学完了再回过来看看:
下面是我给初学者总结的索引:
初阶资料
知道什么是R语言,了解基本语法,Rstudio编辑器,读写文件,跟Excel的区别,绘图等可视化,生物信息学相关的bioconductor系列包。
首先下载R语言打印版的 cheatsheet, 链接:
上面的链接可能会被百度云封锁(现在知识产权保护越来越严格了),看看这个:链接:https://pan.baidu.com/s/1bptknXt 密码:7tmg 生信入门(包括史上最全R语言资料合集,北大的生物信息学公开课等) 浏览器打开,选择感兴趣有需要的资料下载即可
如果所有的链接都失效了,你试试看百度云搜索功能,也许可以找到我们新的分享。
尤为注意的是,初学者千万不要钻牛角尖,而是要广泛涉猎,牢记基础,应用加实践,其背后的计算机逻辑算法等可以后期再补,而且要时刻记住,学习R语言是为了分析生物信息学数据。
约翰·霍普金斯大学的Bioconductor学习课程
a Little Book of R for Bioinformatics!
一般不建议初学者直接下载 史上最全R语言资料汇总链接:https://pan.baidu.com/s/1bptknXt 密码:7tmg 里面的资料实在是太多了,初学者很容易迷失在里面。但我还是给大家,毕竟入门之后的提高,还是用得着的。
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