最近长链非编码RNA(lncRNA)很火热,好不容易找到了一个心仪的lncRNA(关于怎么找,我们之前也聊过:自己做测序、芯片;从别人的数据里挖据;或移植研究从其他疾病里扯一个过来验证),那么问题来了:分子有了,机制部分我该往哪个方向扯呢?很多人可能都会仔细寻找下游靶分子,以证明该lncRNA参与了xx调控,具有某个功能,表明该lncRNA分子在疾病发生发展过程中起到了很重要的作用。其实,我们还可以往上游做,以丰富机制研究的深度。今天我们就聊一聊,预测一下参与调控lncRNA表达转录因子的方法。
今天我们通过2个方式进行预测:
1、需要用到UCSC、PROMO数据库
首先,我们需要找到lncRNA的启动子序列。
打开UCSC数据库:
举例:HOTAIR
输入:HOTAIR
点击GO
点击红色的那个序列
得到这么一个图,点击红色框,
继续点击,
得到这个界面,我们需要修改一些参数:转录起始位点上游2000nt和下游100nt区域为我们所选的启动子区。
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OK,启动子序列有了。拷贝下来。
接下来,我们打开PROMO数据库:
http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3
在SelectSpecies进行部分设置,
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另外,如果对转录因子有选择的话,也可以在SelectFactors中进行设置。
最后,我们点击SearchSites
将刚刚得到的启动子序列粘贴进行。另外,默认容错率15%,如果得到的转录因子过多,我们可以进行调整,设置成5%或0%。
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http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promo.cgi?dirDB=TF_8.3&idCon=148056381600&getFile=resumSearchRes.html
我最终设置了容错率为0,一共得到了120个预测的转录因子。
那么这些转录因子都有可能与HOTAIR的表达相关,可能存在正向或负向的调控关系。
2、直接通过GENECARDS数据库查找相关基因的转录因子
打开GeneCards,输入HOTAIR:
选择第一个HOTAIR,
得到这个界面,往下拉:
点击:See All at QIAGEN
得到了很多很多的预测转录因子。前面蓝色的评分很高,后面的小竖是结合位点。
点开一个,例如FOXC1:
再点击小竖线可以查看结合的那段序列哦。
最后,我们可以对这两个方法所预测的结果进行取交集,这样也算有的放矢。
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