（工具篇）：如何查找基因的启动子及预测转录因子？

最近长链非编码RNA（lncRNA）很火热，好不容易找到了一个心仪的lncRNA（关于怎么找，我们之前也聊过：自己做测序、芯片；从别人的数据里挖据；或移植研究从其他疾病里扯一个过来验证），那么问题来了：分子有了，机制部分我该往哪个方向扯呢？很多人可能都会仔细寻找下游靶分子，以证明该lncRNA参与了xx调控，具有某个功能，表明该lncRNA分子在疾病发生发展过程中起到了很重要的作用。其实，我们还可以往上游做，以丰富机制研究的深度。今天我们就聊一聊，预测一下参与调控lncRNA表达转录因子的方法。

今天我们通过2个方式进行预测：

1、需要用到UCSC、PROMO数据库

首先，我们需要找到lncRNA的启动子序列。

打开UCSC数据库：

举例：HOTAIR

输入：HOTAIR

点击GO

点击红色的那个序列

得到这么一个图，点击红色框，

继续点击，

得到这个界面，我们需要修改一些参数：转录起始位点上游2000nt和下游100nt区域为我们所选的启动子区。

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OK，启动子序列有了。拷贝下来。

接下来，我们打开PROMO数据库：

http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3

在SelectSpecies进行部分设置，

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另外，如果对转录因子有选择的话，也可以在SelectFactors中进行设置。

最后，我们点击SearchSites

将刚刚得到的启动子序列粘贴进行。另外，默认容错率15%，如果得到的转录因子过多，我们可以进行调整，设置成5%或0%。

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http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promo.cgi?dirDB=TF_8.3&idCon=148056381600&getFile=resumSearchRes.html

我最终设置了容错率为0，一共得到了120个预测的转录因子。

那么这些转录因子都有可能与HOTAIR的表达相关，可能存在正向或负向的调控关系。

2、直接通过GENECARDS数据库查找相关基因的转录因子

打开GeneCards，输入HOTAIR：

选择第一个HOTAIR，

得到这个界面，往下拉：

点击：See All at QIAGEN

得到了很多很多的预测转录因子。前面蓝色的评分很高，后面的小竖是结合位点。

点开一个，例如FOXC1：

再点击小竖线可以查看结合的那段序列哦。

最后，我们可以对这两个方法所预测的结果进行取交集，这样也算有的放矢。

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