整合TCGA公共数据网站

这个数据库不光是包含TCGA的数据，同时也收录了其他的热门数据，本次主要说一说TCGA

点击TCHA hub之后会跳转到如下界面：

包括一些简要的文字说明和详细的数据连接，我们以乳腺癌为例点击：

包括：copy number (gene-level); copy number segments; DNA methylation;exon expression RNAseq; gene expression array; gene expression RNAseq; miRNAmature strand expression RNAseq; PARADIGM pathway activity; phenotype; proteinexpression RPPA; somatic mutation (SNPs and small INDELs); somatic non-silentmutation (gene-level); Transcription factor regulatory impact。几乎把所有在TCGA上能下载到的数据都做好了整理并分类（由于网站内容较多，截图为网站部分内容）。

然后我们选择gene expression RNAseq 这一条目来探索里面的数据

里面有对该组数据详细的文字说明，包含了来源，数据收录的时间，下载链接，样本数等等。

同时还贴心的提供了数据预览（已经把数据整理成表达谱的格式）：

这套乳腺癌RNAseq的数据大小为61.31M，以笔者当前下载速度约100kb/s（毕竟是外国的网站），下载这一套数据大约10-15分钟。下图为下载好的数据部分截图：

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