好消息!
神技能之网页版来啦!
找哪个转录因子调控了你的基因
只需轻点鼠标,你一定能够掌握
昨晚打开Cistrome DB,http://cistrome.org/db/#/,发现第一行多了个ToolKit按钮
点进去一看,哇咔咔!这不就是Plan A的网页版吗!真是喜大普奔,普天同庆的大好事,小丫连夜赶稿子告诉小伙伴儿!
啥是Plan A?你一定错过了这篇《哪个蛋白质调控我感兴趣的基因?怎样筛选?基于分析或实验的可行方案V2.1》
Plan A:基于大量ChIP-seq公共数据挖掘
Plan B:motif分析预测
Plan C:ATAC-seq结合motif分析
TookKit有三个模块:
模块一:谁调控了你的基因?
距转录起始位点1kb,10kb,100kb,任你选
模块二:谁调控了你关心的区域?
应用举例:模块1不认识你新鉴定的lincRNA的名字,在模块2输入位置就可以了。
模块三:谁结合了你的peak set?上传bed文件
应用举例:两组间H3K9me3的差异是哪个调控因子导致的?
以Fhl3为例,试用第一个模块:谁调控了你的基因?
Fhl3的故事,出自《他中了国自然,因为最后一周补了这张图》
先选择Histone mark and variants, chromatin accessbility,check一下FHL3周围的染色质环境,不但能判断转录活跃/抑制状态,还能初步判断转录起始位点。
输出的列表>10页,一次只能选<>
不急,我们点顶端的Result in figure。看到密密麻麻的点点,还是找不着北?
没关系,重要基因的转录是有组织特异性的,只看你关心的细胞类型就好。
在Biological Source里选我们感兴趣的细胞类型:Fetal liver。
鼠标移到大点点上,会浮现factor的名字。
可以看出,有较多的红色的ATAC-seq、DNase-seq的点点、绿色的H3K4me2、H3K27ac、H3K4me3、H3K9ac,和少量的H3K4me1、H3ac和H4K16ac。于是,判断FHL3是转录活跃状态,而且附近可能存在enhancer。
回到模块一的查询界面,这次选择Transcription factor, chromatin regulator
找到了这么多转录因子在Fetal liver里可能调控FHL3基因:CTCF, PolII, SPI1, RUNX1, TAL1, EZH2, NFE2, GATA1, EED, SUZ12, EZH1
点击TAL1悬浮框里的WashU genome browser
点击POLR2A悬浮框里的WashU genome browser
没错,FHL3转录起始位点附近确实有TAL1和POLR2A的结合信号。
上面两个截图就可以用到paper里作为Key Figure啦!
怎样展示到paper里?点开链接看例子:《怎样展示?CNS最爱的神图》
另外,你还能获得下面这些信息:
点击GSM***查看这套数据的质量、motif、靶基因等详情;
点击Download Result,下载csv文件,一共6000多套ChIP-seq数据,具体信息都给你了。
模块2和3类似,赶紧动手尝试吧!
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