LncRNA的临时未来指南

放假没事，看看漫画，然后就来刷刷文献吧，其实刷文献并不会有什么太大负担。为啥？毕竟不是让我写蚊帐，即使看不懂也会有收获（就是这么自信）

。实际上是因为我看到了两篇文献，然后就随便夏季把给你们分析一下LncRNA未来的研究趋势。

毕竟你们现在都在拼命往lncRNA结合miRNA还有LncRNA结合DNA作为诱导上去努力，但实际上这篇蚊帐用的是生信的方法，来分析LncRNA与蛋白间的互作关系

的：

当然，LncRNA和蛋白间的互作

，可能会成为未来的一个趋势。随便分析了一下五年来这个课题的趋势（删掉了OT和SR等等这样的水刊）：

今年还没过完蚊帐量就已经比去年多了，那文献质量怎么样呢？

高分虽然一直持平，但中档次的文献是在连年增长的

。那我们回过来看看这篇蚊帐讲了啥哈。他们用了几个RNA-蛋白互作数据库，来进行分析：

当然，这里就有一个问题了，蛋白和RNA的互作，是基于两者序列的，也就是说要同时分析蛋白的序列以及RNA的序列才行

。

他们用几个常见的蛋白，来分析

，发现对于某一个蛋白的RNA结合位点的氨基酸来说，结合RNA的能力基本上是一致的（不同的点就是不同类型的LncRNA）：

而RNA结合蛋白的氨基酸位点与mRNA和LncRNA之间的结合也是相似的

（红的mRNA，蓝的LncRNA）：

而同样LncRNA上的蛋白结合位点，在不同的数据库中，所结合的蛋白也都差不多

（用了GENCODE来注释）：

这就说明LncRNA和蛋白的互作关系，确实是与他们的序列有关。当然，这么一篇蚊帐并不能说明大家的关注度，前几天NATURE GENETICS （IF=27.125）上的另一篇文献：

这篇文献做法差不太多，但是用了一种叫k-mer（类似序列相似度）的算法来进行计算，发现有相似GO分组，也就是功能相近的LncRNA，有着类似的RNA序列：

可能看到这里你并不是特别明白，也不会有很多思路，但如果随便拓展一下：LncRNA和mRNA之间的类似序列，会不会和它们结合miRNA一样有着竞争关系呢？卧槽，听上去就比ceRNA来得高大上很多了吧。

当然，完全看不懂也没关系

，毕竟，这两篇文献给我们贡献了几个有用的RNA蛋白互作的数据库不是么？

比如这个CLIPdb，还真的蛮好用

：

或者这个doRiNA也蛮有意思的：

有兴趣就去自己试试看吧。好了，今天就先策到这里吧，祝你们心明

眼亮。