第二個時期，是從六祖大師到虛雲老和尚，這段期間「一花開五葉」，又稱為祖庭法門。
靈山單傳至六祖大師以後，繁衍了臨濟、曹洞、法眼、溈仰、雲門五個宗派，稱為一花開五葉。這五宗傳遍天下，尤其以臨濟宗所傳人眾最多、層面最廣、繁衍最興盛，所以大陸叢林流行這麼一句話：「臨濟兒孫滿天下」，是說臨濟法門傳得非常廣泛，這個法門就是「頓悟自心，直了成佛」。人人都有佛性，悟了這念心，又能作主，人人都能成佛。
曹溪普傳，曹溪位於廣東省曲江縣東南，在梁朝天監元年（西元五○二年），三藏智藥法師在此處建寶林寺。智藥法師到了曹溪，飲了曹溪水並且預言，一百七十年後，將有一位肉身菩薩於此開演無上法門，得道者如林。到了唐朝儀鳳二年（西元六七七年）春，六祖從五祖得法後，從印宗剃髮，受具足戒之後回到曹溪寶林寺，弘傳頓悟法門；因為六祖大師的道場在曹溪，所以，後人比喻悟到這念心，契悟到這個理，能清楚、明白、作主，就如同喝到曹溪水。飲了曹溪水就能長生不死，什麼道理呢？我們的法身確實是沒有生滅的，這念心沒有生滅就沒有生死。凡夫的真如佛性，淹沒在知見、六識海中，念頭始終是生滅不止，所以沉淪生死，不得解脫。
當年，張行昌行刺六祖時，六祖泰然於座位上，伸著脖子讓張行昌砍了三刀，六祖卻安然無恙。因此，張行昌棄刀出家修行。又如，達磨祖師從南印度來到中國，弘揚頓悟法門，那個時候中國不能接受這種頓超法門；有些我執較重、瞋心較重的，幾次下毒想害死祖師。後來達磨祖師傳法給慧可大師以後，祖師說：「九年當中，我被毒害五次，命若懸絲；如今傳法有人，大事已了，可以去了。」
永嘉玄覺大師證道後也說：「自從認得曹溪路，了知生死不相關。行亦禪，坐亦禪，語默動靜體安然；縱遇鋒刀常坦坦，假饒毒藥也閒閒。」 悟道的祖師是生死自在，要生就生，要死就死，凡事都能由自心來作主。眾生的心是一直在生滅當中，無休無止，不能作主，所以才生死輪迥。
當時，六祖大師在五祖座下開悟，就是悟了這一念心。悟到能處處作主，清楚明白的這念心；悟到四大非有，五蘊本空，法身常在的道理。契悟到這個道理，就是悟到了這念佛心，這念心蓋天蓋地、無始無終；悟到師父說法、諸位聽法的這念心，就是悟到曹溪法門。
這段期間只傳法不傳衣，什麼原因呢？因為衣傳到六祖大師就起了爭端。大眾看過《六祖壇經》，就知道衣為什麼會起爭端，由於這念心慢慢不純正了，摻雜有名聞利養，認為修行學佛、上承佛道，必須得到佛祖的衣缽為肯定。只要繼承如來的衣缽，大眾就會來皈依、聽法，乃至於供養，自己就可以得到最高的恭敬、最大的成就；這就是名、就是利，有這種心就不是真正開悟的人。祖師固然沒有名利心，可是下面的徒弟、護法，為了鞏固師父的地位，就利用種種方法希望取得佛陀的衣缽，使大眾更加肯定自己的師父，所以傳衣就起了爭端。
六祖大師繼承了五祖弘忍的法脈時，衣就傳給了六祖，當時六祖大師還是在家居士，沒有受過大戒，但這只是形式上的問題。六祖是真正契悟了佛法、契悟了這念心，所以五祖弘忍大師就把衣和法傳給六祖，並且告訴六祖：
「現在你弘法的因緣還沒有成熟，還需要等待，如果現在貿然弘揚佛法，可能給自己帶來很多麻煩，還會有生命的危險。衣傳到這裡為止，以後不要再傳衣了，以免爭端不斷。」
當時五祖門下，有一位上座名叫神秀，神秀大師能說善道，通達很多道理，但沒有契悟到無上菩提，是屬於漸修法門，所以五祖沒有把衣傳給神秀，而傳給惠能大師。護持神秀的師兄弟認為五祖傳法不公平，為什麼傳給一個沒有地位、也沒什麼智慧的居士？連一個大字都不識的人，怎麼能傳給他呢？心中憤憤不平。這是凡夫的看法，從這時候起，衣就起了爭端。
其中一位叫惠明的行者，認為應該由神秀大師來繼承祖位，不應該傳給一個不識字的南方偏僻蠻子，實在是心有不平，於是想把衣奪回來。結果找到了惠能，惠能知道後面有人追來，恐怕惹起爭端，就把衣放在石頭上，自己隱入樹林。惠明追到樹林，一看，衣在石頭上，準備把衣拿起來，沒想到卻提也提不動，這時候惠明才知道錯了，衣不是爭來、奪來的，要真正契悟道，有德、有賢、有能、有道，才可以得衣，不是憑意氣用事爭奪來的。惠明立刻發了個慚愧心，馬上講：
「盧行者，我是來求法的，不是來奪衣的。」於是惠能就從樹林裡出來。惠明講：
「雖然我在五祖大師門下已經很久，但都在修福報而沒有修智慧，同時自己很愚癡，不了解佛在那裡？心在那裡？也沒有悟到道在那裡？請盧行者慈悲開示。」
六祖大師說：「從現在開始起，不思善、不思惡，當下就是你的本來面目。」聽了這幾句話，惠明一下就開悟了。
本來面目就是道，是本自具足的這一念心性。師父說法、諸位聽法的這念心不是菩薩給的，不是父母給的，不是上帝給的，也不是閻王小鬼給的，是本來就有的，如果是他人所給，他就可以隨時收回去。因為這念心是本自具足，所以悟道就是悟這一念心，要自己來契悟。這念心體是寂靜的，但可以動靜無礙，遍用自如！
一般人總是不停的想東想西、患得患失，這念心始終無法停止。有根機、有智慧的人，能夠作主，要不想就不想，不想過去、不想現在、不想未來。所以當時盧行者告訴惠明，要想契悟佛心，就是不思善、不思惡，當下清楚明白的那念心，就是你的本來面目。這一說，惠明就開悟了，悟到這念心性，這就是頓悟法門。
六祖大師後來在獵人隊當中，經過十五年保養聖胎，因緣成熟後，就在曹溪寶林寺建設道場，弘揚「頓悟自心、直了成佛」的心法，稱為曹溪法門、曹溪普傳。普傳就是既傳出家眾、也傳在家眾。
從六祖之後一花開五葉，分為五個宗派，這五個宗派各有各的因緣，各有各的地緣，一直傳到虛雲老和尚，這段期間稱為「曹溪普傳，蘭桂騰芳」。
什麼叫做蘭桂騰芳？蘭花清香、幽雅、高貴，代表女眾；古時候男眾封侯、拜相，頭上的帽子就是桂冠，用桂花來點綴成一種裝飾，表示封侯拜相真是富貴，稱為桂冠高掛；以桂冠代表男眾傑出的象徵。蘭桂騰芳是指大戶人家子孫發達，世代富貴，有官宦之家，也有書香門第，都是傑出的人才，生生世世、子子孫孫，瓜瓞綿綿，都是又富又貴。在佛法當中有四眾弟子：出家二眾有比丘（沙彌）、比丘尼（沙彌尼），在家二眾有男眾居士（優婆塞）、女眾居士（優婆夷），稱為四眾弟子。曹溪普傳這段時期，無論出家二眾或在家二眾，在佛法的領悟上都很有成就，學法的人多，得法的人也多，所以用「蘭桂騰芳」形容當時的佛法興盛是恰到好處。
在佛法上，開悟了，才真正是又富又貴。此時心中時時刻刻有善法、有功德、有定慧，為三界所尊；這念心當中具足無量的智慧、無量的功德，乃至於神通妙用，實在是真富貴。從六祖一花開五葉，一直普傳到現在，燈燈相傳、光光相照，就好像大家庭的繁榮。
佛法所說的富貴，人人都可以得到，無論是比丘、比丘尼，無論是優婆塞、優婆夷，都能夠得到這種富貴、尊榮，都能夠超凡入聖、成佛作祖，所以稱為「曹溪普傳，蘭桂騰芳」。
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