咸丰皇帝驾崩后，年仅6岁的载淳即位，由于同治皇帝年幼，咸丰临终前令八位大臣与慈安、慈禧两宫太后共同辅政。原本这是咸丰帝为了让八位大臣和两宫太后互相制衡，既不让大臣独揽朝政，又防止后宫专政，看似两全其美的一个安排，却被野心勃勃的慈禧拉拢慈安太后发动“辛酉政变”瞬间改变了互相平衡的政治关系，至此两宫太后开始垂帘听政。
在慈安、慈禧共同听政期间，一些日常事务由慈禧负责处理，每每遇到朝政大事还是由慈安太后最后定夺。慈安生性节俭，她常以国家正是多事之秋为由驳回了众多大臣上奏修缮圆明园的奏折，晚清中兴汉臣曾国藩、李鸿章、左宗棠就是在慈安的提拔下被朝廷重用，为日后这个风雨飘摇中的国家增添了一丝与西方列强抗争的筹码。
在后世很多人的眼中，慈安是一个生性软弱，在政治上处处听从慈禧的皇太后。其实不然，在她成为中宫皇后的五年里，清王朝正处于内忧外患之中，她时常替这个国家感到深深地忧虑，就在这种忧患中她格外小心谨慎地处理朝中政务。虽然没有慈禧那样对权力的痴迷，但是很多关系朝政命运的重大决定，慈安常常亲力亲为与众位大臣共同商议定夺。
曾经担任过大清朝驻英国大使、近代洋务运动的主要领导人之一的薛福成，在他的《庸庵笔记》中曾这样记录：诛杀陷城失地，临阵逃脱的两江总督何桂清，将骄蹇贪淫的胜保下狱赐死，赏给曾国藩，李鸿章，左宗棠爵位，皆出自慈安之意。
对于年幼的同治帝，慈安比生母慈禧对他更为尽心、疼爱，同治在她面前更加无拘无束，在外人的眼里他们更像是一对亲生母子。在同治帝选后的这个问题上，慈安和慈禧有过很大的分歧，慈安看中了贤良端庄的崇绮之女阿鲁特氏，而慈禧相中了更为年轻俏丽的凤秀之女富察氏，慈安并没有强行决断，而是将选择的权力交给了同治帝。最终皇帝选了慈安看中的阿鲁特氏，这也再一次证明了慈安在同治心中的地位，以及她的眼光和大智若愚的智慧。
1875年，在位十三年的同治帝驾崩，年仅19岁，载湉即位，也就是光绪帝。这并非是慈安的意愿，完全是慈禧的主张。慈安与同治帝的感情很深，载淳的去世给了她很大的打击，慈安开始诚心信佛，天天在宫中吃斋念佛不再过问外事，慈禧没了约束后开始独揽朝政，大权在握。她经常单独召见大臣，各种政务大事在决定的时候也不再通知慈安。
此时的慈安似乎成为了一个可有可无的人，自己虽然不再关心政事，但慈禧的做法让她感到愤愤不平，两人之间的矛盾也慢慢开始显现。于是，慈安打算劝阻慈禧骄横擅权的独断行为，希望给她一个警告，让她能够收敛一些。慈安挑了一个好日子，那天晚上他在自己的宫中设下了酒宴，让太监前去邀请慈禧过来叙旧。
席间两人开始唠起家常，回忆起从咸丰帝驾崩后一起走过来的点点滴滴，说到动情处，慈安不禁潸然泪下，慈禧听了后，往昔的一幕幕就如昨日一般，不由得也是感慨万千。此时慈安话锋一转：“咱们姐妹都老了，说不定哪天就走了，一起相处二十几年，所幸一直都是同心协力。我这有一件东西，是先帝留给我的，现在它也没有什么用了，妹妹不妨看看。”说完递了一个精致的信封给慈禧，慈禧接过后打开一个，顿时脸色大变，差点没吓晕过去。
原来这是咸丰帝留给慈安的一道遗旨，上面这样写着：叶赫那拉氏是皇帝的生身母亲，母以子贵，日后定会被尊为皇太后，朕对此人实在不能深信，此后如果她能安分守己也就罢了，不然你可以凭此诏书，命朝臣按照我的遗命将她除掉。慈安见慈禧看完了便把信封要回，当着她的面放在烛火中烧掉了。
此时的慈禧已经被慈安的一番“好意”惹得左右不是，但是毕竟遗诏已经烧毁，突然间悬上心头的一块石头又瞬间落地，这样的感受虽然让她很不是滋味，但是毕竟轻松了许多。没过几个月，慈安太后因为身体不适，第二天晚上就去世了，终年四十四岁。
关于慈安的突然离世，流传民间的说法有很多种，随着时间的流逝它成为了大清历史上的又一桩悬案，也成为了我们永远无法探知的一个谜团。
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