朱元璋建国之初设立的藩王制，让他最爱的皇太孙朱允炆成了牺牲品。朱允炆是位温文尔雅的皇帝，既没有朱元璋气吞山河的霸气，也没有朱棣的杀伐决断。朱允炆为了巩固自己的统治地位，开始削藩，但最后被燕王朱棣打败。
朱允炆在未失败之前，徐辉祖曾建议他，趁朱棣儿子朱高炽、朱高煦、朱高燧回京祭拜朱元璋时，将其扣押，以牵制朱棣。但朱允炆却听取了亲信黄子澄的建议，未将朱棣三子扣押。从最后的结果来看，朱允炆如果听取了徐辉祖的建议，有可能不会发生靖难之役。
公元1399年，朱棣打着“清君侧”的名义挥军南下，史称靖难之役。由于朱元璋杀了很多功臣，朱允炆无将可用，只好启用幸存老将耿炳文，率十三万大军讨伐燕军。但朱棣却趁南军（朱允炆这一方叫南军）在中秋夜饮酒作乐之机，打败南军。
朱允炆听到耿炳文兵败，在黄子澄的建议下派李景隆率五十万大军伐燕。李景隆是个纨绔子弟，根本不会打仗，朱棣略施小计就把他骗到北平，打得他措手不及。由于李景隆是黄子澄推荐，黄子澄怕兵败的消息被朱允炆知道会受到惩罚，谎称李景隆打了胜仗。
朱允炆听了非常高兴，还加封李景隆为太子太师。公元1400年，李景隆会同郭英、吴杰集合六十万人马，在白沟河与朱棣大战。这一战打得十分激烈，燕军一度受挫，由于南军政令不一，未能趁胜追击，导致燕军反败为胜。
公元1401年，朱允炆见百万大军毁于李景隆之手，无奈之下启用徐辉祖。为什么说是元奈之下呢？史记载，徐辉祖英俊潇洒有才华，是明朝开国功臣徐达的长子，姐姐徐妙云是朱棣的王妃。碍于这一层关系，徐辉祖不得朱允炆重用。
徐辉祖一参战，效果显著，不光掩护了李景隆，还大胜燕军。决战时刻，朱允炆又犯了一个致命错误，以京师无良将为由，将徐辉祖调回京师。徐辉祖回京后，前线的军事力量被削弱。公元1402年，燕军趁势攻下扬州、高邮、通州、泰州等战略要地，直逼京师（南京）。
朱允炆见朱棣马上打到家门口了，向朱棣求合，被朱棣一口回绝。同年六月，朱棣兵临南京城下，李景隆和谷王朱橞开金川门投降。朱棣入京后，徐辉祖一直不肯出来迎接，被朱棣关入牢中。
没多久，朱棣亲自召见他，让他招降，但他一言不发，惹得朱棣大怒。朱棣本想杀了他，但仔细思考过后，又放了他。徐辉祖虽然未被朱棣诛杀，但被革去了俸禄和爵位、软禁家中。公元1407年，徐辉祖病死家中，朱棣以中山王徐达不可无后为由，让徐辉祖的长子徐钦继承魏国公。
朱棣入京后，徐辉祖是朱棣唯一放过的朱允炆旧臣，而徐辉祖在整个战役中一直站在朱棣的对立面、威胁也最大。徐辉祖站在朱棣的对立面，很好理解，因为他的父亲徐达是开国功臣，潜移默化下他选择忠于朱允炆，再正常不过。
而朱棣没有杀他，一是因为徐达是明朝开国第一功臣，靖难之役时，徐达的旧部对他的帮助很大。为了照顾这些人的情绪，不到万不得已不能杀徐辉祖；二是因为徐辉祖的弟弟徐增寿在靖难之役英勇牺牲，站在朱棣立场上来看，烈士的兄长，理应照顾；三是因为徐辉祖是自己的大舅子，杀了他徐皇后肯定不干。
还有最重要的一点，朱棣逼徐辉祖认罪时，徐辉祖开始一言不发。朱棣再派人逼供后，徐辉祖用笔写下：父亲是开国功臣，子孙可免死。徐辉祖这么写，等于承认自己有罪，但有免死券护身，你又能奈我何？
基于以上四点，徐辉祖成了朱棣唯一不敢诛杀的朱允炆旧臣。
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