认为南明不是明朝历史一部分的，大多是从南明的存续时间、政权稳定性、国家影响力等方面叙述的。的确，南明比起东晋、南宋甚至蜀汉，都太过短暂、分裂、短暂了。但是一个国家再弱小混乱也不影响它是个国家——自1644崇祯殉国开始到永历帝1662被绞死，期间是18年；如果算到1683年郑克塽降清、宁靖王朱术桂自杀殉国为止，则有39年。这18年或39年间，南明所控制的地区大时囊括长江以南小时亦有台湾岛，盛时人口达一亿以上，有健全的朝廷，以明为正朔且帝王均为明朝皇室成员，甚至还保留有大量藩属国——所以从法理上说，南明首先是一个（几个）国家，其次是明朝的继承国，这两点与东晋、南宋并无二致。
认为南明不是明朝的人，要回答一下这两个问题：
1、 如果东晋、南宋只维持了十年不到，还会被视为晋朝与宋朝的组成部分吗？
2、 北元是元朝的一部分吗？如果是，那明朝是不是并没有统一中国？如果不是，那南明与北元有什么区别？
按法理来说，东晋、南宋就算只存在一年，也应当算是晋朝与宋朝的组成部分，但如果历史果真如此，相信历史学家依然不会特意写一本东晋史、南宋书。比较有代表意义的是项羽的“楚朝”和刘玄的“玄汉”，事实上这两个国家从法理与统治疆域来看都是王朝，但历史学家并不以其为王朝，因为年代实在太短，从研究的角度来看，没有意义。
但是北元与南明还有一点不同：这两个政权牵涉到后继王朝的正朔。元朝退居漠北之后，明朝否认其与元朝的继承性——在明人眼中，元朝的皇帝是皇帝，北元的皇帝只是地方政权的首领，元朝的正朔已经由明朝继承。
灭亡西晋的北朝小国与灭亡北宋的金，都不是统一王朝，正朔问题虽然有，但没有明朝与清朝那么严重。继明朝否认北元的继承地位之后，相同的情况，发生在清朝与南明之间。从1644年开始承认南明就等于承认自己还没有取代中原王朝的正朔，尤其是清入关之前提出的口号是“天下取自于贼，而非明”，也就是说明朝自大顺入京时就已经灭亡了，南明当然不是明朝，而是“伪朝”，与后来的“汪伪”、“伪满”的意思差不多罢了。
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