红巾军的背景，起于元顺帝统治末年政治败坏、税赋沉重，加上天灾不断。红巾军最初起于北方，以韩山童、刘福通等为首领，宣传弥勒下世、明王出世等教义，至正十一年（1351年）五月，元顺帝以贾鲁治黄河，动用大量民夫，造成不满，韩山童与刘福通、杜遵道等人决定在颍上（今属安徽）发动起义，但事泄，韩山童被捕杀，刘福通带山童之子韩林儿杀出重围，占领颍州（今安徽阜阳），许多人民纷纷加入，在安徽、河南一带势盛，而北方其他起事，如徐州的芝麻李、彭大、濠州(治今安徽凤阳）的郭子兴等，均打着红巾起义。

北方红军兴起之后，南方长江流域也纷纷打着红军的旗号起事，如彭莹玉、徐寿辉等在湖北，徐寿辉称帝，国号宋，此外，王权在南阳地区的“北琐红军”、孟海满在荆襄一带的“南琐红军”等。

元朝对于红巾军的起事随即展开镇压，由也先帖木儿率兵攻刘福通红军，获得数次胜利，赞宰相脱脱督战攻徐州，杀芝麻李，并由贾鲁攻濠州（今安徽凤阳），并由答失八都鲁攻灭南北琐红军，南方元军与徐寿辉军队互有胜负。

至正十五年（1355年）战局有所转变，刘福通先立韩林儿为帝，都亳州（今属安徽），其后数战后，击败答失八都鲁的军队，并展开反攻，甚至逼近大都，南方红军则在湖南、湖北获得胜利，朱元璋则继承了病逝的郭子兴的地位，并渡长江占领集庆（今江苏南京）。至元十七年前（1357年）前后，在北方以察罕帖木儿、孛罗帖木儿、李思齐等为首的元军将领（但当时已不听中央号令各自为政）开始对北方红军展开反攻，红军内部也发生争执分裂，势力渐弱，1363年，北方红军在安丰（今安徽寿县）之役中败给新兴并降元的张士诚，刘福通战死，韩林儿投奔朱元璋，随后被杀，南方红军将领陈友谅则于1360年杀徐寿辉自代。此后各群雄互相争战，已渐失去原本红巾军的性质。