服务器pbs傻瓜操作

在服务器pbs提交R程序的步骤：

编写Rscript.R文件

在当前.R目录下生成一个.sh文件，如命名为sub.sh，内容如下：

#PBS -N jobname
#PBS -l nodes=cnode2:ppn=1
cd $PBS_O_WORKDIR
R CMD BATCH --no-save Rscript.R

（以上jobname为自定义的任务名称，第二行代码指定把任务提交到node2，占用其中1个节点。还有其他PBS参数指定如walltime，后面的案例中都会有所说明。）

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提交任务：qsub sub.sh

说明：服务器上装了两套R，一套使用gcc编译器，另一套使用icc编译器，默认的为icc，调用gcc的方法为：/public/software/R-3.3.3/gcc/bin/R

或者通过qsub -l提交
qsub -l nodes=cnode2:ppn=1

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查看任务：qstat与pestat

qstat是查看所有任务的排队以及运行情况，通常在需要删除或者看自己的程序是否进行运行的时候,会使用这个命令进行查看。

pestat则是可以在提交代码之前，查看哪些节点有空闲，或者占用率比较小，这样提交的时候就可以选择负荷比较小的节点进行提交。

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删除任务：del 编号（四位数）

首先使用qstat查看你的提交的任务的编号，然后使用del 四位数编号，即可进行删除。

1、批量删除同一个用户的任务

如果要删除一个用户所有的作业，可以使用qselect结合xargs命令，进行作业编号的提取和对指定编号作业的删除

qselect -u user_id | xargs qdel

其中，xargs命令的作用是对读入标准输入的内容分行，并对其中每一行的内容都执行相同的命令，在这里xargs读入了前面管道中qselect命令得到的某用户的所有作业编号，对于每个编号执行了qdel命令，起到了删除该用户名下所有作业的效果

2、进一步缩小删除范围

利用qselect命令，我们可以增加参数进一步缩减选择的作业范围，详细信息可以参考man qselect中的说明

参数	说明
-N	指定作业名字
-s	指定状态
-u	指定用户列表

例如，删除某用户所有正在排队的任务我们可以使用如下命令：

qselect -u user_name -s Q | xargs qdel

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实际案例说明

下面用两个实际的提交方式来进行说明讲解。

1、Python代码提交

#!/bin/sh -x
#PBS -l nodes=cnode2:ppn=10
#PBS -N mytask1
#PBS -l walltime=30000:00:00       
#PBS -o stdout_file
#PBS -e stderr_file
#PBS -m abe
#PBS -M [e-mail]

cd $PBS_O_WORKDIR
date
hostname
/public/home/name/python36/Python-3.6.5/python36 /public/home/name/code.py 
date

上述代码表示：

• 使用第二节点，10个线程；
• 任务名为：mytask1；
• 输出信息文件名：stdout_file；
• 错误信息文件名：stderr_file；
• 开始运行，或者运行完成时发送邮箱提醒，邮箱名：[e-mail]；
• Python安装位置：/public/home/name/python36/Python-3.6.5/python36
• 代码位置：/public/home/name/code.py

2、R代码提交

#!/bin/sh -x
#PBS -l nodes=1:ppn=30
#PBS -N mytask2
#PBS -l walltime=30000:00:00       
#PBS -o stdout_file
#PBS -e stderr_file
#PBS -m abe
#PBS -M [e-mail]

cd $PBS_O_WORKDIR
date
hostname
/public/home/name/R-3.2.5/bin/R CMD BATCH /public/home/name/code.R /public/home/name/code.Rout
date

这个与上述不同的主要是：

• 使用一个节点（自动排队分配，任意一个），30个线程；
• 任务名为：mytask2；
• R安装位置：/public/home/name/R-3.2.5/bin/R
• 代码位置：/public/home/name/code.R
• R代码输出信息：/public/home/name/code.Rout

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参考：

• PBS作业管理系统使用技巧