由于工程项目自身的特点，施工合同本身具有其特殊性。一是施工合同与招投标程序的联系十分紧密，招投标程序直接决定了施工合同的效力及内容；二是施工合同金额较大、周期较长、涉及主体较多、各方关系复杂；三是技术、专业性强，涉及施工管理、技术、资料、造价等知识，非专业人士很难把控；四是矛盾纠纷多、协调任务重，施工合同必须将各方之间的权利义务、交叉施工、相互配合等问题约定清楚，否则极易产生纠纷，影响工程进度。
首先，施工合同的效力与招投标程序紧密相连。由于工程建设项目一般关系社会公共利益、公共安全，而且许多基础设施建设使用国有资金、国家融资或者国际组织以及外国政府资金，为了更加公开、公平、公正，优先施工企业，保证项目质量，所以《招标投标法》第三条规定，在中华人民共和国境内进行下列工程建设项目包括项目的勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，必须进行招标：（1）大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目；（2）全部或者部分使用国有资金投资或者国家融资的项目；（3）使用国际组织或者外国政府贷款、援助资金的项目。同时，2005年1月1日最高院施行的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条规定，依法必须招标而未招标或者中标无效而签订的施工合同无效。
其次，黑白合同（或阴阳合同）与招投标程序紧密相连。建筑法、招标投标法和合同法均规定，建设单位与施工单位必须按照中标条件签订施工合同，不得背离中标条件另行签订施工合同，否则，另签的合同无效。而评标定标后，许多建设单位往往认为施工单位的中标条件还有一定的调整空间，希望施工单位能再给予更多的优惠，所以，总想在与施工单位签订施工合同时，把条件变得更加有利于自己。施工单位为了处理好二者关系，希望建设单位在施工过程中给予理解和支持，同时，由于顾及建设单位的强势地位，往往也会适当予以适当让步，因此，双方就重新达成了新的合同条件，于是便形成了所谓的“黑白合同”。阴阳合同即建设单位完成招标评标定标后，先按中标条件与施工单位签订一份“正式形式”的施工合同，作为工程备案之用，然后再与施工单位按照事先谈好的合同条件或重新谈妥的合同条件，另行签订一份“实际履行”的施工合同，以供实际履约之用。一般业内都把前者称为“阳合同”或“白合同”，后者称为“阴合同”或“黑合同”。
最后，招投标的过程即是施工企业和建设单位签订施工合同的过程。招标文件是“邀约邀请”，投标文件是“邀约”，中标通知书是“承诺”，他们的关系是：施工企业的《投标文件》必须全面响应《招标文件》，若建设单位向施工企业送达了《中标通知书》，那双方就必须按照《投标文件》的内容签订施工合同。从施工企业角度来说，一定要认真研究《招标文件》，在研究透彻的基础上再精心编制投标文件，因为招标文件是“要约邀请”，而投标书才是真正的“要约”，一旦中标，双方就要按照投标书给出的中标条件签订施工合同。
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