Primer Premier 5恐怕是做过引物设计的同学都知道的软件了,但是已经是N多年前发布的软件了。最新的是Primer Premier 6. 本文介绍如何安装Primer Premier 6,以及一些入门教程。
安装教程
1 首先下载Primer Premier 6 安装文件包,下载地址在文末,或者登陆http://www.keyangou.com/tools/software。下载之后解压缩文件,存在三个文件/文件夹:
2 如果你的系统是32位的先安装jre-8u131-windows-i586.exe;如果你的系统是64位的安装jre-8u131-windows-x64.exe。
3 接下来打开primerpremier-6文件夹,安装PP600Installer.exe,选择安装位置,默认地址为:C:\ProgramFiles\Primer Premier 6.0\,我们选择D盘:D:\Program Files (x86)\Primer Premier 6.0.
4 拷贝primerpremier-6文件夹下面的patcher,复制到:D:\Program Files (x86)\Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600。
5 按一下Win+R键,输入cmd。出来命令窗口,首先我们输入 'cd /'(中间有一个空格) 回到C盘根目录,然后输入'cd /d d:'(cd与/d之间有一个空格,/d与d:之间有一个空格)回到D盘下,然后输入'cd '(cd后加一个空格),之后找到D:\Program Files (x86)\Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600 这个文件夹,在地址栏复制地址,然后回到命令窗口复制,之后回车。最后输入“java -jar patcher.jar'即可破解。
使用入门
1 我们在NCBI上面找到目的基因序列,我们以p53为例,找到p53的mRNA的CDS序列。
2 我们在Primer Premier 6中新建一个序列,把p53的序列复制过来
3 点击工具栏的导出序列选项,我们可以选择导出序列的单链/双链,按照3个碱基一起输出或者按照10个碱基一起输出。这点功能在设计截断或者点突变引物的时候十分有用。
4 导出来之后我们可以查看如下,选择的是3个碱基一起,双链导出。
5 在工具栏里还有3/10个碱基预览窗口,以及单链双链预览窗口
6 当然Primer Premier 6重要的功能还是设计引物,我们点击引物按钮:
设置好参数之后,我们点击Search按钮,得到了如下的信息:
上图中只是展示了评分最高的一条引物,我们可以查看更多的引物,点击右边的”All Primers':
7 之后我们在序列上右键,可以选择导出引物以及导出引物的产物
8 Primer Premier 6的方便的功能在于在线获取序列,通过输入Accession /GI numbers就可以直接获取序列,但是遗憾的是破解版屏蔽了网络连接,无法实现在线获取功能。土豪们请直接购买软件,然后就能享受更便捷的操作了。
PS:个人感觉Primer Premier 6功能并没有想象的强大,其在线获取序列功能确实比较方便,也增加了SNP等分析。但是去掉了酶切位点分析,这是一个大问题,希望在以后的版本中能够重新加入。
下载方式:在公众号里面输入“primer6”就能得到下载方式啦,输入“primer5'就能下载primer 5
作者:sarcoma
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