在上一篇《教你玩转miRNA靶基因及其结合位点的预测》中我们介绍了多个预测miRNA靶基因的数据库的使用方法，小师妹看了表示：我还是不会选择靶基因，因为我miRNA每个数据库预测出来不是上百就是上千，你让我如何选择？
那到底该如何快速精准的选择呢？相信小伙伴们都会想到一个方法：多个数据库取交集啊！嗯，说的非常对，但是关于取交集，大家可能各自有各自的独家法门！
猪湿兄：这个还不简单！一个一个看过去啊！
小师妹：……
沙湿弟：我知道一个简单的方法，把他们全导出到一个Excel里，然后用countif函数一个一个取交集！
相信大部分童鞋会用到沙湿弟的方法，但是就没有一款神器可以直接给出各个数据库的交集么？当然……有！今天我们就为大家介绍这么一款神器！
我是科研小助手的孙大咖，今天为大家介绍一款神器：miRWalk！这款神器已经更新到2.0了，但是……大咖好想吐槽……完全没有1.0好用好吧。这差别就跟primer 6与primer 5的差别，完全搞不懂作者为啥要升级好么！不过，神器终归是神器！我们就将就着用吧，下一期我们会为大家再介绍一款取交集的工具的，嗯，题目大概是酱紫的《不用R语言，如何10秒钟搞定韦恩图！》。好了，闲话少述，我们马上进入正题！
miRWalk2.0不仅记录了基因全长序列上的miRNA结合位点，也会将其与已有的12个miRNA靶基因预测数据库（DIANA-microTv4.0 , DIANA-microT-CDS , miRanda-rel2010 , mirBridge , miRDB4.0 , miRmap , miRNAMap, doRiNA i.e.,PicTar2, PITA RNA22v2 , RNAhybrid2.1 and Targetscan6.2 ）的信息进行结合关联分析。旨在建立一个全新的比对平台，包括针对启动子（四个预测数据库），CDS区（五个预测数据库），5’-UTR区（5个预测数据库）以及3’-UTR区（13个预测数据库）等区域的预测信息。当然，它还涵盖了一些经过实验证实了的一些miRNA-靶基因信息，这些信息是从几个提供这样数据的数据库中通过文本挖掘搞出来的！
miRWalk2.0 not only documents miRNA binding sites within the complete sequence of a gene, but also combines this information with a comparison of binding sites resulting from 12 existing miRNA-target prediction programs (DIANA-microTv4.0, DIANA-microT-CDS, miRanda-rel2010, mirBridge, miRDB4.0, miRmap, miRNAMap, doRiNA i.e.,PicTar2, PITA, RNA22v2, RNAhybrid2.1 and Targetscan6.2) to build novel comparative platforms of binding sites for the promoter (4 prediction datasets), cds (5 prediction datasets), 5’- (5 prediction datasets) and 3’-UTR (13 prediction datasets) regions. It also documents experimentally verified miRNA-target interaction information collected via an automated text-mining search and data from existing resources (miRTarBase, PhenomiR, miR2Disease and HMDD) offer such information.
所以，它既可以预测miRNA靶基因，还可以搜索一些文章证实了的miRNA-靶基因对！
从上图你应该也可以看出来，miRWalk不仅仅能做miRNA靶基因预测，还可以做很多事情，我们这里就不一一介绍了，其他功能各位童鞋可以慢慢摸索，我们只能是抛砖引玉吧！
我们选择Predicted Target Module点击MicroRNA-gene Targets，然后按下图填入相关信息，我们以miR-21-5p为例，这个网站还可以同时预测多个miRNA，有兴趣的自己尝试：
嗯，我们选择了常用的四个数据库，种子序列选择从第二位开始的7个碱基，并且取这四个数据库的交集，即把默认的OR改为AND，如果选择OR就是取这几个数据库的合集了，点击SEARCH，然后就华丽丽出来了如下结果：
即使我们选择了四个数据库的交集，靶基因仍然有数百个，你可以选择Download Complete Table下载完整数据，下载下来是酱紫滴：
右键，打开方式选择记事本TXT即可打开了，打开后大概是这样子的：
是不是脑子里一团乱麻？不要紧，Ctrl+A-->Ctrl+C-->Ctrl+V粘贴到Excel里就会变成酱紫滴：
还是有好几百个靶基因怎么办？再多选上几个数据库啊！比如：
是不是就只剩俩了？你还真相信啊？！当你下载完整表格的时候，是酱紫滴：
猪湿兄，沙湿弟，小师妹：说好的只有俩的呢……人和人之间的信任呢！
所以大家保险起见还是选择下载完整表格看一下吧！另外该网站还可以同时做KEGG和GO等分析，大家可以慢慢尝试，这个神器的功能可是非常丰富的哦！你有什么经验或者不懂的欢迎入群交流哦~
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