在上一篇《教你玩转miRNA靶基因及其结合位点的预测》中我们介绍了多个预测miRNA靶基因的数据库的使用方法,小师妹看了表示:我还是不会选择靶基因,因为我miRNA每个数据库预测出来不是上百就是上千,你让我如何选择?
那到底该如何快速精准的选择呢?相信小伙伴们都会想到一个方法:多个数据库取交集啊!嗯,说的非常对,但是关于取交集,大家可能各自有各自的独家法门!
猪湿兄:这个还不简单!一个一个看过去啊!
小师妹:……
沙湿弟:我知道一个简单的方法,把他们全导出到一个Excel里,然后用countif函数一个一个取交集!
相信大部分童鞋会用到沙湿弟的方法,但是就没有一款神器可以直接给出各个数据库的交集么?当然……有!今天我们就为大家介绍这么一款神器!
我是科研小助手的孙大咖,今天为大家介绍一款神器:miRWalk!这款神器已经更新到2.0了,但是……大咖好想吐槽……完全没有1.0好用好吧。这差别就跟primer 6与primer 5的差别,完全搞不懂作者为啥要升级好么!不过,神器终归是神器!我们就将就着用吧,下一期我们会为大家再介绍一款取交集的工具的,嗯,题目大概是酱紫的《不用R语言,如何10秒钟搞定韦恩图!》。好了,闲话少述,我们马上进入正题!
miRWalk2.0不仅记录了基因全长序列上的miRNA结合位点,也会将其与已有的12个miRNA靶基因预测数据库(DIANA-microTv4.0 , DIANA-microT-CDS , miRanda-rel2010 , mirBridge , miRDB4.0 , miRmap , miRNAMap, doRiNA i.e.,PicTar2, PITA RNA22v2 , RNAhybrid2.1 and Targetscan6.2 )的信息进行结合关联分析。旨在建立一个全新的比对平台,包括针对启动子(四个预测数据库),CDS区(五个预测数据库),5’-UTR区(5个预测数据库)以及3’-UTR区(13个预测数据库)等区域的预测信息。当然,它还涵盖了一些经过实验证实了的一些miRNA-靶基因信息,这些信息是从几个提供这样数据的数据库中通过文本挖掘搞出来的!
miRWalk2.0 not only documents miRNA binding sites within the complete sequence of a gene, but also combines this information with a comparison of binding sites resulting from 12 existing miRNA-target prediction programs (DIANA-microTv4.0, DIANA-microT-CDS, miRanda-rel2010, mirBridge, miRDB4.0, miRmap, miRNAMap, doRiNA i.e.,PicTar2, PITA, RNA22v2, RNAhybrid2.1 and Targetscan6.2) to build novel comparative platforms of binding sites for the promoter (4 prediction datasets), cds (5 prediction datasets), 5’- (5 prediction datasets) and 3’-UTR (13 prediction datasets) regions. It also documents experimentally verified miRNA-target interaction information collected via an automated text-mining search and data from existing resources (miRTarBase, PhenomiR, miR2Disease and HMDD) offer such information.
所以,它既可以预测miRNA靶基因,还可以搜索一些文章证实了的miRNA-靶基因对!
从上图你应该也可以看出来,miRWalk不仅仅能做miRNA靶基因预测,还可以做很多事情,我们这里就不一一介绍了,其他功能各位童鞋可以慢慢摸索,我们只能是抛砖引玉吧!
我们选择Predicted Target Module点击MicroRNA-gene Targets,然后按下图填入相关信息,我们以miR-21-5p为例,这个网站还可以同时预测多个miRNA,有兴趣的自己尝试:
嗯,我们选择了常用的四个数据库,种子序列选择从第二位开始的7个碱基,并且取这四个数据库的交集,即把默认的OR改为AND,如果选择OR就是取这几个数据库的合集了,点击SEARCH,然后就华丽丽出来了如下结果:
即使我们选择了四个数据库的交集,靶基因仍然有数百个,你可以选择Download Complete Table下载完整数据,下载下来是酱紫滴:
右键,打开方式选择记事本TXT即可打开了,打开后大概是这样子的:
是不是脑子里一团乱麻?不要紧,Ctrl+A-->Ctrl+C-->Ctrl+V粘贴到Excel里就会变成酱紫滴:
还是有好几百个靶基因怎么办?再多选上几个数据库啊!比如:
是不是就只剩俩了?你还真相信啊?!当你下载完整表格的时候,是酱紫滴:
猪湿兄,沙湿弟,小师妹:说好的只有俩的呢……人和人之间的信任呢!
所以大家保险起见还是选择下载完整表格看一下吧!另外该网站还可以同时做KEGG和GO等分析,大家可以慢慢尝试,这个神器的功能可是非常丰富的哦!你有什么经验或者不懂的欢迎入群交流哦~
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