打开APP
userphoto
未登录

开通VIP,畅享免费电子书等14项超值服

开通VIP
基因表达与甲基化表达谱纯生信分析4分文章,你也可以

看完摘要,大概就清楚了本文用了CGGA,TCGA两个数据库,挖掘挖掘再挖掘发现了一个重要的基因,为何重要?当然是跟预后,或者可能用于治疗靶点啦。接下来是Introduction,首先介绍下这种肿瘤的大概情况呀,治疗现状,总之就是形势很严峻,然后话锋一转,来了这么一句:It is noteworthy that although the prognosis of malignant glioma patients remains generally poor, individual variation of the patients’ survival times is remarkable,意思就是病人的生存时间个体差异很大,这里很关键,因为它告诉我们一个很重要的信息,不要只会Cancer Vs. Normal 

 

第一个表格,这个我们很常见啦,几乎所有联系临床信息的分析,都会提供这么一个表格,让大家知道下病人临床信息大概的情况。

接下来作者提供一个流程图讲解是如何筛选到DCTD这个基因的,注意到了吧,Cancer Vs. Normal小伙伴们out啦,这里用的是CGGA数据库中,生存时间小于1年与大3分组比较获得:低甲基化,高表达的基因,并且做生存分析,再用CGGA数据库中剩下的生存时间1-3年之间的生存分析,再用TCGA验证下,最终得到7个基因


然后列出7个基因的HR,P值这些信息,继续往下走。当然啦,猪脚DCTD同志肯定是在里面的,接下来主要就是关心它了。

既然找到了猪脚,肯定是要验证验证再验证啦,于是作者分别在CGGA芯片数据,RNA-seq数据TCGA芯片数据,RNA-seq数据GSE16011,REMBRANDT四个数据集中进行了6次分析,就是为了说明,DCTD同志真的很不错,表现很稳定。然后用CGGA,TCGA做了3年5年ROC曲线,还比较了跟年龄,分级之间的AUC当然发现还是不错,至少干掉了年龄啦。

接下来继续挖掘,看看DCTD在四个数据集中,不同Grade中的表达情况,发现表现还是很稳定,只有GSE16011稍微有点瑕疵,不过总体还是很好。不过,我们还没完,作者继续深入挖掘。

因为有人发现这个IDH基因突变跟这种肿瘤密切相关(为啥想到它呢?你猜),作者就挖掘了下DCTDIDH突变(Mutant)跟野生组WT的表达,在TCGA,CGGA两套数据,当然啦DCTD同志表现依旧稳定呀,然后继续看下在几套数据不同分组中的突变组,和野生组的,还是很稳定呀!

接下来,作者还看了下DCTD同志的表达跟各种常见的突变,亚型,分级之间的关系,做了热图表示下。

然后我们肯定想看下DCTD同志与哪些生物学过程有关呀,于是作者用DCTD的高低表达分组,筛选差异基因(不是cancer 和Normal哦),然后就是我们的老朋友DAVID啦,做了GO分析,然后以热图的形式展示(当然是R语言绘制的啦),还是在两套数据做的,说到这,小编同学为作者的绘图点个赞,摩拜下。

本站仅提供存储服务,所有内容均由用户发布,如发现有害或侵权内容,请点击举报
打开APP,阅读全文并永久保存 查看更多类似文章
猜你喜欢
类似文章
【热】打开小程序,算一算2024你的财运
6+单基因纯生信(2020年8月发表)
甲基转移酶相关因子的预后分析
文献解析之人类少突胶质瘤的免疫学特征定义了两种不同的分子亚型
BRCA的甲基化信号分型(逆向收费读文献2019-11)赠送一篇文章思路
看看文献都能找到神器
生存分析数据库: LOGpc
更多类似文章 >>
生活服务
热点新闻
分享 收藏 导长图 关注 下载文章
绑定账号成功
后续可登录账号畅享VIP特权!
如果VIP功能使用有故障,
可点击这里联系客服!

联系客服