石显内心非常狠毒，极尽排除异己之能事。元帝的老师萧望之博学多才、忠正耿直，看不惯石显的作法，就向元帝上疏请求勿用宦官管理朝政。元帝是一个尊师重傅之人，很重视萧望之的意见，但又舍不得石显，一时难以作出决定。石显先下手为强，写奏章，诬陷萧、周谋害排斥史高等外戚。应“谒者招致廷尉”。元帝根本不知道“谒者招致廷尉”是什么意思，以为是让有司调查一下而已，于是就同意了。其实这句话是收监的意思，结果萧望之莫名其妙地进了监狱。后来元帝有事欲问萧望之，方知萧望之已入狱。元帝大怒：“什么人这么大胆，敢拘捕我的老师?”石显一伙跪答道：“是陛下说的。”元帝这才知道“谒者招致廷尉”的意思。后悔不已，命立即把他的师傅放出来。石显于是去和外戚大司马史高商议对策。史高上朝见元帝后说：“陛下刚继位，恩德尚未广布，便将师傅下狱，如果又无罪释放，仍让他担负原职，天下人自然以为陛下错了，便会认为陛下执政很轻率，若是陛下不懂朝堂术语的事传出去，天下人就更笑话陛下了，我看还是将萧望之免吧。”元帝也怕自己的位子做不牢靠，不得已下诏使萧望之出狱，免为庶人。
萧望之被贬为庶人一个月后，陇西发生了地震，死伤了好多人。在当时，天象是被和政治联系在一起的，元帝认为天灾是自己黜逐师傅的报应，赶快召回了萧望之，封了关内侯，甚至打算让他为相。石显非常害怕。恰好萧望之的儿子萧仍，上表为父前次入狱申冤，元帝接到奏书后，召群臣讨论。石显带头责斥萧望之不知自省，指使儿子为自己申冤，将罪名归于皇上。元帝也十分不满，认为上次是朕错了，朕改过了，还封了你关内侯，并准备让你作丞相，也可以了吧，怎么还让你的儿子上这样的表章，一定要朕公开道歉呢，太不给朕面子了。于是问石显该怎么办。石显说应逮捕入狱。元帝还是心疼师傅的，考虑了良久，说：“朕知道老师性子刚直，他怎肯服罪入狱?”石显上前说：“萧望之不过因说了几句话而坐罪，他不会放在心上的。”元帝便同意了。石显立即带领军队去抓萧望之。老头子仰天长叹：“我身为朝廷命官，今已年过六十，难道还要一而再地入狱受辱?”说完饮鸠自尽。元帝知道师傅死了，非常悲伤，但也没办法了。
石显一直操纵朝政，他恐怕皇帝有一天会采纳左右的意见而疏远自己，便想表露一下的自己的忠诚来取得皇帝的信任。某日石显受命出城办事，事先向皇帝请求说：“恐怕回来晚了，宫门关闭不能进来，请准许我借圣上的命令叫开城门。”皇帝准许。石显故意拖到深夜回城，称自己有皇帝的诏令叫开了城门。别人不知道皇帝真的跟他传过这样的命令，于是有人上书告发他假借诏令。皇帝见了，笑着拿给石显看。石显哭着说：“陛下亲信小臣，委以重任，许多人很嫉妒，都想要陷害小臣，像这样的不止一次了。幸亏圣上明察。愚臣的能力实在有限，不能承受众人的怨恨而力使所有人都满意，愿意放弃权力，请求一个在宫里扫地的差事来苟活性命！”元帝因此更加信任他。以后再有这样的弹劾元帝也不信了。
公元前43年(记光元年)夏天，太阳出现黑子。公元前44年(永元二年)，又出现日食和地震。元帝深思：“朕自继位以来，何故灾异迭出?”于是他去请教京房。京房是驰名于中国学术史的大学者，他开创了今文《易》学“京氏学”。他善于讲《易》，喜推灾异，以自然灾害解释卦象，推衍人事。今天我们知道灾异与政治之间并无因果联系，但在当时，由于科学技术的缺乏，人们并不这样认为。看似愚昧的做法也有它的两面性。许多人就是利用天灾异象来劝诫皇帝的。京房也是如此。他问元帝：“周幽王和周厉王时，国家为什么有为难？国君任用了些什么人？”元帝说：“君主不英明，信任的都是佞臣。”京房说：“国君是明知他们是佞臣还要任用他们呢？还是认为他们有才能才用他们呢？”元帝说：“是认为他们有才能。”京房说：“那么如今怎么知道他们是佞臣呢？”元帝说：“根据任用他们后社会便混乱了的事实情况知道的。”京房说：“齐桓公、秦二世在周幽王和周厉王之后，他们都知道这样的道理，并嘲笑幽王、厉王的糊涂，认为自己不会像他们那样任用佞臣。可是他们还是任用了竖刁、赵高这样的佞臣这是为什么呢？”元帝感觉到了京房所指，于是模棱两可地说：“只有懂得大道的人，才能鉴过去以知未来啊。”京房却寸步不让：“陛下看现在的朝政是清明而是昏乱？”元帝说：“非常昏乱。”京房说：“如今陛下信任重用的是些什么人呢？”元帝说：“有幸的是我任用的石显比竖刁、赵高他们好。我认为朝政的昏乱责任不在石显，一定另有原因。”京房无奈的摇摇头，说：“前世的齐桓公、秦二世也是这样认为的。我恐怕将来的人看今天就和今天的人看过去一样啊。”说完便告退了。
立身、从政，都有一个原则。政治清明、昏乱，也都有表象。如果能把持握原则，考核真实的表象，既能看到人和事的本真。道理说来简单，中国历史浩如烟海，从不缺乏经验教训，而后来者依然频频被假象蒙蔽，我们总是嘲笑古人的某些愚蠢，然后犯着同样的错误。“行必核其真，然后贵之；言必核其真，然后信之。”说起来简单做起来难。
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