1.中枢神经系统疾病、周围神经
中枢神经系统疾病、周围神经（如颅神经、臂丛神经、腰骶丛神经病变及其它外周神经）病变，请首选MRI，尤其是脑干、小脑、颅颈交界处病变、垂体微腺瘤、椎管脊髓病变首选MRI。
2.超早期脑梗死、出血
超早期脑梗死、出血（尤其微出血）、脑实质血管畸形首选MRI（+SWI）；怀疑超早期脑梗塞者，也可首选CT灌注成像。
3.血管性疾病
血管性疾病(如颈动脉粥样硬化斑块狭窄)：首选颈动脉超声，再选择颈动脉CTA或MRA 、DSA。怀疑颅内动脉瘤者，可首选CTA，巨大动脉瘤并血栓形成者可首选MRI+动态增强MRA。需鉴别颅内动脉单发狭窄是动脉粥样硬化还是血管炎者，请申请MRI血管壁成像+增强。
4.急性脑外伤
急性脑外伤可首选CT（部分需骨骼三维重建），诊查有无骨折、出血；弥漫性轴索损伤可首选MRI+SWI
5.新生儿疾病、胎儿
新生儿疾病、胎儿神经系统发育：首选超声或/和MRI，一般不选CT。
6.急性脑血管病
急性脑血管病：可首选CT诊查有无急性出血（有条件者可加做CTA+灌注成像诊断早期脑梗塞），再选或首选MRI{MRA+MRI+（SWI+灌注成像）}
7.代谢性脑病
糖尿病脑病、肝性脑病、低血糖脑损伤、中毒性脑病、或精神异常、癫痫、脑白质病变或轻微异常者，首选MRI。
8.淀粉样脑血管病
怀疑淀粉样脑血管病者，首选MRI+SWI；怀疑静脉窦血栓形成者，首选MRI+MRV+SWI。
9.脑肿瘤
首诊怀疑脑肿瘤、颅底病变者可首选CT（颅底病变最好有三维重建），再做MRI；怀疑脑肿瘤或已做过CT者，应选择MRI+增强（灌注成像/+MRS）；已做过脑肿瘤手术或放疗后患者，请选择MRI+灌注成像（MRS）；怀疑脑转移者，首选MRI+增强
10.感染
怀疑感染性（化脓性、真菌、结核）脑膜炎、硬脊膜炎、低颅压、癌性脑膜炎，请选择MRI+增强。复查上述疾病者，请选择MRI+增强。
11.脑发育畸形者
怀疑脑发育畸形者，首选MRI；怀疑颅骨发育畸形者，请结合头颅DR片。
12.神经痛
怀疑三叉神经疼痛、舌咽神经痛、面听神经等后组颅神经病变者，请申请MRI+相应颅神经检查
13.平山病
怀疑平山病者，请申请颈椎MRI平扫+过屈位增强。
14.突然四肢瘫或下肢瘫
突然四肢瘫或下肢瘫/血性脑脊液，怀疑椎管内血管畸形者，请首选脊椎MRI+脊髓血管成像，可再选脊髓DSA或CTA检查协诊。
15.其他
怀疑维生素缺乏神经系统损害、副肿瘤综合症、免疫系统疾病脑脊髓损伤（干燥综合征、桥本氏脑病、系统性红斑狼疮脑病等）请首选MRI；
外院已做CT或MRI平扫（通常无弥散加权成像）发现病变不能确诊者，一般应申请MRI平扫+增强，而不推荐直接申请MRI增强（不利于定性诊断）。
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