元朝末年的官僚机构极为腐朽，官吏贪腐成性，以至于明太祖在建国后就十分注意政风。他一方面提倡廉洁，要求各级官吏遵纪守法，廉政爱民。另一方面对于官吏犯法特下重典，以吓阻官吏贪污腐败。如果有官员触犯贪污罪，则施以剥皮之刑。郭桓案爆发前，空印案、胡惟庸案先后发生，明太祖为了解决官员贪污，逐渐采取法外施刑的方式，而且也越来越重，并且设立锦衣卫以加强监控官员。他曾经感叹说：“朕才疏德薄，控御之道竭矣！”。
1385年明太祖怀疑担任北平承宣布政使司李彧与提刑按察使司赵全德偕同户部侍郎郭桓等人共同舞弊，下令调查。同年三月，御史余敏、丁廷举告发郭桓利用职权，勾结李彧、赵全德、胡益、王道亨等贪污，其事项有：
一、私吞太平、镇江等府的赋税，降低朝廷岁收。
二、私吞淅西的秋粮，浙西秋粮本应该上缴四百五十万石，郭桓只上缴两百多万石。
三、征收赋税时，巧立名目，征收多种水脚钱、口食钱、库子钱、神佛钱等的赋税，中饱私囊。
郭桓等人总共贪污两千四百多万石粮食。为此，明太祖决心趁机扫荡全国贪污官员。
明太祖令审刑司吴庸拷讯，此案牵连全国的十二个布政司，牵涉礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麦至德等。总计一共损失精粮两千四百万担，“自六部左、右侍郎以下，赃七百万，词连直、省诸官吏，系死者数万人”，为了追赃粮，演变成全国骚动，民间富人莫不因此破产，史称“郭桓案”。最后，明太祖为了平息民怨，将审刑司吴庸杀了，并称折算赃粮实有两千石百多万石，“恐民不信，但略写七百万耳”。
《明史·刑法二》记载郭桓案的起因时，曰：郭桓者，户部侍郎也。帝疑北平二司官吏李彧、赵全德等与桓为奸利，自六部左右侍郎下皆死，赃七百万，词连直省诸官吏，系死者数万人。明太祖在《大诰》感叹说：“古往今来，贪赃枉法大有人在，但是搞得这么过分的，实在是不多！”郭桓案与之前的空印案坐死数万人，这是明太祖过度重典肃贪的表现，让明朝官员警戒恐惧，时人谓：“郡县之官虽居穷山绝塞之地，去京师万余里外，皆悚心震胆，如神明临其庭，不敢少肆。”郭桓案因打击面过宽，使不少官员蒙受不白之冤，从而使肃政目标大打折扣。
《刑法志》记载
其推原中外贪墨所起，以六曹为罪魁，郭桓为诛首。郭桓者，户部侍郎也。帝疑北平二司官吏李或赵全德等，与桓为奸利，自六部左右侍朗下皆死，赃七百万，词连直省诸官吏，系死者数万人。檄赃所寄借偏天下，民中人之家大抵皆破。时咸缔谤御史金敏，丁廷举，或以为言。帝乃手诏列桓等罪，而论右审刑吴庸等极刑，以厌天下心。言朕诏有司除奸，顾反生奸扰吾民，今后有如此者，遇赦不宥。本纪：洪武十八年三月巳丑，户部侍郎郭桓，坐盗官粮诛。七卿表是年二月，以罪诛者，有礼部尚书赵瑁，刑部尚书王惠迪，工部侍郎麦至德，盖皆坐郭桓案而死者，麦至德亦以代尚书，而见七卿表，其余六部侍郎以下，据志言多死者，其名不可考矣。此亦明初惩贫之一大狱。
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