嘉靖三十二年（1553年），凌儒35岁，这一年他中了进士，被授江西永丰县令。因在欧阳修故里永丰多有仁政、德政，凌儒被征拜任命为御史——专业监察朝廷、诸侯官吏的官职。
当时首辅严嵩想利用边警构陷总督蓟辽右都御史王忬——著名文学家、史学家王世贞的父亲，遂命令凌儒前往勘查，凌儒勘查后却竭力为王忬申理，说：“白首筹边，谋实周于御圉；赤心为国，谊颇效于忘家。罪误不多，功勤可录。”凌儒的正直之言，使朝廷和民间都有了他正直的名声。但这时候凌儒是敌不过严嵩的，最终王忬还是入狱、遭斩。
之后，凌儒出任正七品官职巡盐御史，前往两浙，他为公务还是一如既往地尽心尽责。比如清《（光绪）永嘉县志·寨城》载：“永兴堡，在城东南五十五里二都海口，本煮盐坛地，明嘉靖三十七年（1558年）巡盐御史凌儒，以盐场所在，洊被倭寇焚掠，用众议筑。”倭寇一再焚掠盐场，凌儒以公众力量倡建了如今仍存纪念建筑的永兴堡。
又《明实录》载：“丙辰（嘉靖三十八年，1559年）。巡按浙江御史凌儒奏：浙东杜渎长亭等八场灶丁近遭倭患焚荡杀掳，伤残已极，乞动支运司沙地银五百七十余两，在仓稻谷七千六百七十余石，量行赈恤，户部议覆报可。”《泰州志》上说，当时严嵩党羽鄢懋卿总理盐政，市权纳贿，将监司郡县吏看作下属，凌儒不愿受此屈辱，后称病而返。
“世宗晚年，进言者多得重谴。”这是《明史·列传》对嘉靖帝朱厚熜（世宗）晚年动辄拒谏的说法，接着下文举例数则，凌儒即为其中一例：“（嘉靖）四十二年（1563年）正月，御史凌儒请重贪墨之罚，革虚冒之兵，搜遗佚之士。因荐罗洪先、陆树声、吴岳、吴悌。帝恶其市恩，杖六十，除名。”
除了建言重罚贪污官吏、革除虚冒兵额等，凌儒还建言疏远宦官、放还官人，举荐罗洪先等多个能人。嘉靖帝对凌儒的一再置喙，一忍再忍至大怒，以其卖恩——以小恩小惠收买他人，下令对凌儒施廷杖刑，用棒槌打屁股，轻者三十下，重的八十、一百下——有很多被打死的记录，凌儒被不轻不重六十下，也不免皮开肉绽，这时他45岁。
凌儒因言获罪后，除名、编管，也就是削职为民，成了没有了实职或被看管的人。
嘉靖四十五年（1566年）十二月，嘉靖帝驾崩，朱载垕（穆宗）随后即位，凌儒得以官复原职——这时，含冤遭斩的王忬也得以昭雪，获得了凌儒所说“白首筹边、赤心报国”的称誉。
凌儒复官后，更加畅所欲言。时遭遇武英殿大学士高拱、郭朴排挤谨慎为政的首辅徐阶——徐阶起草《世宗遗诏》，不与次辅李春芳（兴化人）、高拱、郭朴等人共谋，仅同其门人张居正商议，成了被排挤的导火索，这在正直之人凌儒眼里是看不下去的——徐阶可是促使奸臣严嵩罢官的有功之臣啊（人们熟知的“海瑞罢官”，却是由徐阶之子徐瑛的恶霸行为而生，徐阶从中作梗、晚节不保）。凌儒率领庞尚鹏（号惺庵，1524－1580年）等御史先后弹劾高拱、郭朴，迫使他们下野。紧接着，凌儒又弹劾抚治郧阳都御史刘秉仁，弹劾总督刘焘、巡抚耿随卿、总兵官李世忠：
隆庆元年（1567年）九月，浙江道御史凌儒奏言：“近者虏犯永平诸处，深入百八十里，僵尸数万。总督镇巡等官刘焘、李世忠、耿随卿自知失事罪重，尽割被伤民首以报功，至八百余级。请核正其罪以缓解民情……”
随着弹劾的几个被罢官或治罪下狱，一连串的立功之举，让凌儒在隆庆二年（1568年）升任正五品大理寺右寺丞，再升正四品官职右佥都御史，办理山西屯盐。
但让人想不到的是，凌儒在这正四品官职上，被“吏部（主管官员的部门）追论其知永丰县时贪墨，遂落职”，贪墨也就是贪污——另又指贪官污吏，权威的《明史》就这么给出了最终凌儒罢官的结果。
如今有人认为，以凌儒的正直为人，他贪污就显得蹊跷了，这一疑惑倒是入情入理；又有解释，说凌儒是被中伤，即凌儒被恶意诬蔑、被捏造的事实栽害了，但不知这一断定出自何处。
拳拳之心
造福桑梓
凌儒落职闲住之后，回到了家乡泰州。凌儒的战友庞尚鹏以《次韵答凌海楼同年》诗云：“茫茫天地笑萍踪，酌酒高歌意万重。十载行藏浑是梦，一官南北愧何功。秦城秋冷无来雁，淮海云深有卧龙。欲访烟波寻范蠡，满船明月五湖东。”庞尚鹏把回乡的凌儒比作了归隐的范蠡，但凌儒还是淮海一卧龙呵，他给庞尚鹏的原诗《戏笔奉惺庵》是这样的：
几年烟水寄行踪，霄汉岧嶤隔万重。跨鹤云中人渐远，折梅陇上使难逢。灰寒岂料还燃火，干老应知欲化龙。良夜清灯堪话旧，草堂今在栢台东。
这是凌儒真实心态的表述，由元代王吉昌的“意不灰寒，形不木槁”、宋朝释宝昙的“木槁灰寒得再春”，以及陆游“曾见灰寒百僚底，真能山立万夫前”对“灰寒”的立意，可见凌儒虽为良宵话旧的“戏笔”，但还是透显出他不服干老、势欲化龙的有所作为之心气。
凌儒绝迹公府，“但遇到不公不法的事立即奋袂而起，为之理直雪冤。对有关家乡的大事，更非常关心。”即如凌儒自谓：“儒尝谓士夫居乡，利在身家，则义所不容；害关桑梓，则言所不讳。”他在《上张道尊治水书》《上李司理水道书》等一系列进言中，都表现出了赤诚的拳拳之心。
新版《泰州志》扼要介绍了凌儒在家乡的事迹：下河地区产粮占泰州的三分之二，而地势卑洼，粮田全赖运河长堤保护，堤溃田沉水底则颗粒无收。凌儒力请当道开丁溪、白驹两港，向海泄水，并且不避风雨与有关人员一道实地勘察，指导疏浚。两港开成，大大减轻了下河水患。
凌儒在家乡为民请命，还对诸如“修学宫、筑堤、救荒、改正编银、以马草补料价”等等，提出了众多建议，其中大多数得到采纳施行，事后还亲撰《重修泰州儒学记》等。凌儒就是这么一个仗义执言的正直之人，与圆滑俗世形成了对立，那些奸邪、贪腐的人拿他这个还乡的前御史也没有办法。
凌儒对家乡的泰州学派也挺看重，他撰写的泰州学派创始人王艮的《心斋王先生祠堂记》，有碑刻流传至今。这里可以再说道：凌儒还是个乐于助人的伯乐，他善于发现人才并举荐人才，除了《明史》所记的他这真善之举遭到打击之外，他还把王艮之子、泰州学派传人王襞推荐到了朝廷，可惜王襞坚辞未赴。
风雅吟咏
为邑倚重
如今凌儒在家乡影响最大的，就是被后人称之为“海陵前八景”的一组诗了，诗被引用、被选编、被勒石，成了四百年后凌儒仍在造福桑梓的表现形式，成了新泰州向世人展示泰州人文历史的软实力。
重头的“海陵八景”诗外，凌儒尚有《大宁桥》《税务桥》《八字桥》《登仙桥》《题望海楼》《题小西湖》等吟咏泰州方志文史的大部头诗篇，这些同样为世代邑人所倚重。
在家乡，凌儒一方面心怀上书进言为民众谋利益的社会责任感，另一方面乃为人生在世探寻艺术真谛的实践者。他在泰州城内筑西园、建草堂，留下了有关西园春夏秋冬、风花雪月等方方面面的诗章。其《园屋初成勉毛翼二子》诗云：“一枝低结故园新，岁晚宁知卜筑心。十亩细耕春雨足，百篇幽讨夜灯深。紫荆烨烨田真宅，绿竹青青卫武林。珍重过庭双骥子，好将短句日长吟。”从凌儒写给两个在世之子的诗句中，可以看到西园作为艺术园林的气象，凌儒以此嘱告儿子，也是写给自己：珍重好长吟。
凌儒将居室名为旧业堂，其《题旧业堂》诗云：“投珮归来不记年，草堂犹自检残编。闲看白日西飞景，静结青山老去缘。问字错疑杨子宅，抚琴空对伯牙弦。午窗寂寂无人语，一榻松风梦葛天。”
投珮，喻指去官。对此前遭遇罢官的事，凌儒并没有回避，他的另一首诗《沈阴行》写道：“罢官归来靠年足，往岁不登来岁熟。浣目斋心日望天，阴阳受律时寒燠。谁知风雨入春多，沈阴自鸡还过谷。方言地利赖天时，人事斡旋应反覆。于今三者一者无，白头老子巡檐哭。古来司牧何其贤，鞭石反风穷虎服。蜀群渔阳处处歌，箱有帛兮廩有粟。萧条此日复春阴，何处君平堪问卜。万室呼天云不飞，岂有辉光照逃屋。游鱼晋宝已自怜，乌堕鱼渊复谁逐。分明江北泰州穷，催科鞭挞生灵促。君门万里哪得知，惨淡悲风倚枯行。”这首诗应该是凌儒对罢官一事最直接明了的回应了，这时他不免抱怨，情绪显得极为低落。
晚年的凌儒“尤好延揽士人相与扬扢”，比如《西园客话》诗云：“微雨净尘氛，春园正夕曛。地宽墟带郭，天阔水连云。岭上树千点，沙边鸟一群。散襟聊对客，时事不堪闻。”敞开胸怀看一派风光，时事就不堪相与说了。到了人生暮年，凌儒更是处于了这种状态，自得其乐。
享年80岁的凌儒，去世前有《八十自述》云：“犬马虚过八十年，自惭浅薄占人先。盘桓久恋莺花地，偃仰长依水月天。伏枥不衰当日志，得闲还检旧时篇。过庭喜有孙枝好，一任笙歌狎舞筵。”凌儒回首人生，谦卑、坦荡，对当下仍是老骥伏枥之感，对未来也充满喜乐的预示。
万历二十六年（1598年）三月，凌儒在泰州寓所仙逝。凌儒去世后仍被乡人思念，其所作诗文，由他的孙辈凌似祖等人编成《旧业堂集》十卷，现上海图书馆藏有明天启四年（1624年）的刻本。万历进士、浙江布政司刘万春在《旧业堂集》序中说，凌儒“吟咏甚富”，“其集中诸诗，或以婉约，或以钜□，或以劲直，或以宕荡，凡盛唐诸法，靡不兼之。”
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