成化三年(1467)，户部尚书马昂等清理京营，礼部尚书奏称必得内臣共事，始可铲除宿弊，并力荐怀恩担当此任，得到允准。四年(1468)，讨满四时，又与太监黄赐，兵部尚书白圭等参与商议军事。
怀恩又敢于保护朝中正直的大臣，有个叫阿九的宦官，其兄担任京卫经历时，因犯了罪，被刘大夏笞打责罚。阿九向宪宗诬告，捕刘大夏进诏狱，全靠怀恩力救，才得释出。员外郎林俊弹劾梁芳及僧继晓，被逮下诏狱，宪宗想处死林俊。怀恩一再冒死力谏，宪宗大怒，用墨砚掷他，把他轰出去。怀恩一面遣人斥责镇抚司谄媚梁芳，倾陷林俊的丑行，警告他们不得杀害林俊，一面称病不出任事。宪宗只得派太医去为他诊治，林俊亦终于被释放。
时梁芳与僧继晓、李孜省等互相勾结，狼狈为奸，取中旨授千人以传奉官，有白衣骤至太常卿者。刚好遇上星变，诏撤诸传奉官，时御马监王敏请留马房传奉，已经由皇帝允准，怀恩仍痛骂王敏一顿。有个章瑾进贡宝石，求为锦衣卫镇抚，怀恩坚决反对，拒绝传旨，说，“镇抚掌管诏狱之事，怎么能够以贿用人”，并让兵部尚书余子俊等在外廷谏止，但余子俊不敢。
成化十四年(1478)，辽东巡抚陈钺以掩杀冒功激变兵士，权宦汪直欲自己前往平定以邀功。宪宗命怀恩等七人到内阁会兵部商议。怀恩知汪直前往必然生事，遂提出派大臣前往，以阻止汪直，得到马文升迅速响应，怀恩即入奏，派马文升往宣玺书抚慰，避免了发生事故。汪直主持西厂之为患，亦因怀恩能据实奏闻大学士商辂等的意见，才得停罢。成化十七年(1481)，还奉旨同法司录囚，开每五年遣内臣审录之例。
怀恩还有过人之胆识，不迷信怪异。据《明史·五行志》载，成化十二年(1476)，京师天变，“有物金睛修尾，状如犬狸，负黑气入窗，直抵密室，至则人昏迷”，以致遍城惊扰。一天，宪宗上朝，奉天门侍卫见怪物而哗，连皇帝都要逃跑了，怀恩却能镇静地护持皇帝。
成化末年，万贵妃（万贞儿）与梁芳等勾结，谋废太子，立兴王，怀恩力争，被明宪宗斥逐到凤阳孝陵司香。
明孝宗即位，御史姜洪等力荐怀恩足副任使，得以召回，仍掌司礼监。怀恩执正如故。万安等忌何乔新刚正，把他排挤到南京任刑部尚书，怀恩不平，提出质询。又鼎力劝逐万安，用王恕。孝宗于宫中得阁臣万安进房中术的小箧，遣怀恩到内阁质问，并把群臣弹劾的章奏读给万安听。万安仍企图蒙混过去，被怀恩摘了牙牌，轰出宫外。陈准掌管东厂时，不妄生事端，也是因与怀恩关系密切，受到了怀恩的影响。
不久，怀恩由于积劳成疾而长辞人世。弘治元年（1488年）闰正月二十八日，为了表彰怀恩的功德，明孝宗特意批推为他建造显忠祠。
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