《养晦堂文集》他将气与理的关系概括为“所谓气者，乃天地阴阳之气而人得之以有生者也。所谓理者，乃乾坤健顺之理而人得之以为性者也。故自天地观之，则气之与理举属天下公共之物，虽命于人，赋于 物，而皆非有我之所得私。而自人物观之，则所谓气与理者，赋禀各足，无不完备，不相交杂，不相假借，虽曰天下之公，要皆可以据为吾身所固有，而不害为私者也。”一方面他把理、气分为二，认为两者不相交杂；另一方面，他提出“所谓理者，乃乾坤健顺之理而人得之以为性者也”，以性属于理，认为理体现在人身上就是性，性是人化了的理，此乃程朱理学的“性即理”说。此固程朱之说。
刘蓉还把心、理分为二，并以理为心的主宰。他说：“人之有身也，耳目口体无不备而心为之君。人之有心也，虚灵知觉无不达而理为之宰。是其全体大用莫非天命之存，而不容有一疵之或累焉者也。”接着，他驳斥了阳明学说的“心即理”说，“愚以为其所以受病之本，尤在认气为理，执知觉运动为性。是以昧乎人心道心之别，而直以此心之虚明灵觉者为天理之本。然则良知之说误之也。且夫人之有知，盖气之精英者为之，凡其养于静而明，感于物而通，触于欲而觉者皆是也。乃其所知之理，则性实命之，由其理以发于知，虽丽于气而不预焉。”他驳斥王阳明以虚灵知觉为心的“心即理”说。而认为人之有知乃“气之精英者为之”，而理则由性命之，他认为理固然存在于气之中，但并不代表气就是理，理与气是分为二的，他把心归结为气，把性归结为理，所以心与性是分为二的。
刘蓉还提出了“读史穷理”的观点，说：“读史者，特穷理之一事耳。古人格物之学，自身心家国，以至天地阴阳之变；古今政治之宜，莫不深考而详究之。凡以致吾之知而已，固未可谓穷理一事，读史又一事也。”他不满理学家们那种“尚空谈而鲜实用”、“拘而鲜通”的迂阔学风，把“格物”、“读史”都看作是穷理的一部分。强调要通过“格物”与“读史”来及早应付“事变”的“变通”能力，成为真正的治乱之才。他认为除理学外，世间再无其他学问。为此，他排斥其他学派，斥陆王心学窃佛禅，乱儒宗，不属正学之列。
刘蓉治学讲究在道德上“原德其本”。所谓“成仁取义为世完人者，亦岂无本而致然哉；彼其忠烈之操固已根乎天
性”，而操守形成之源头在于“诵法圣贤，讲明乎道义彝伦纲常名教之训而身体之者”，以致“一旦殉国赴义，视死如归。虽至灼体裂肤，陷胸决脰，而处之泰然，不以死生为纤毫顾虑”。这种道德践履精神强调“渐进”而不讲阳明
心学一再强调的“顿悟”，学术经过此“原德其本”的价值过滤，常常变成政治践履的工具而基本失去其独立的价值。刘蓉还批判阳明心学所推崇的“静坐”和“顿悟”，他说：“静坐之说，实吾人切要之功，但须中有所主，方为无弊；不然，或且坠于空寂。明季学者，所以多诡于程朱而流于禅悟者，盖皆坐此。吾兄其亦慎之。惟敬之一字，实该贯动静之法，前圣心传，举不外是，因而存之，其亦可以杜偏胜之弊而绝放佚之萌矣。”认为顿悟完全背弃了理学应以“强探力索之劳，履规蹈矩之苦，铢积摞之勤”始能“入圣”的艰辛进程，，导致了阳明心学流于空疏无用。刘蓉力主捍卫 程朱理学的正统观念，排斥异端思想，其学术倾向是显而易见的。
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