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突破!达890个基因!大规模系统性筛选发现影响DNA损伤反应的因子

   尽管已经对基因组维持机制进行了广泛研究,但重要的DNA修复因子仍未被发现。最近的例子包括可促进NHEJ并拮抗末端切除的shieldin和HMCES,一种保护ssDNA中无碱基位点的保守自杀酶。到现在为止,对DNA损伤与不直接参与DNA修复调节的细胞过程如何相互作用的了解也很少。

   2020年7月9日,Michele Olivieri等人在Cell 发表题为“A Genetic Map of the Response to DNA Damage in Human Cells”的研究论文,该研究针对视网膜色素上皮1(RPE1)细胞系中的27种遗传毒性剂进行了31次CRISPR-Cas9筛选,提供了人类细胞中DNA损伤反应的无偏见和全局视图。

   这些筛选确定了890个基因,这些基因的丢失导致对DNA破坏剂的敏感性或抗性。该研究发现了以前未表征的DNA修复因子,揭示了未曾怀疑的药物作用机制,并发现了新药物代谢途径的证据。总之,DNA损伤反应图谱为研究此基本细胞系统提供了丰富的资源,并且对癌症治疗中遗传毒性剂的开发和使用具有重要意义。

  遗传信息的保存是一个基本的细胞过程,它代表着一个艰巨的挑战,因为在每个细胞中以及每天,DNA在多种化学和物理环境作用下,会发生改变。这些改变被统称为DNA损伤,有可能导致遗传信息丢失,阻止转录,阻止DNA复制,损害染色体分离,产生突变或产生染色体重排。这些有害的结果是许多病理状况的基础,包括癌症和神经退行性疾病,并且可能是细胞和机体衰老的原因。

  为了抵消DNA损害的有害后果,已经发展了一个复杂且相互联系的过程网络,通常被称为DNA损害反应,以检测,信号传递和修复DNA损伤。基因组质量控制系统的核心是各种DNA修复途径。其中包括碱基切除修复(BER),用于处理受损的碱基和尿嘧啶;核苷酸切除修复(NER),用于解决扭曲螺旋的损伤,例如紫外线诱导的嘧啶二聚体;错配修复(MMR),可去除掺入错误的脱氧核糖核苷酸;单链断裂修复(SSBR),可重新密封单链断裂(SSB)和三个DNA双链断裂(DSB)修复系统:非同源末端连接(NHEJ),同源重组(HR)和微同源性介导的末端连接(MMEJ)。一些DNA损伤需要多种DNA修复途径的协同作用。

  DNA损伤检测还引发了由ATM,ATR和DNA-PK蛋白激酶引发的信号转导级联的激活。DNA损伤信号传导可协调DNA修复,调节细胞周期进程,控制DNA复制起始并调节广泛的生物学过程。此外,由于对DNA损伤的反应发生在染色质上,因此DNA修复利用了染色质重塑和组蛋白修饰途径并受其调节。DNA损伤的存在也可以在携带病变的细胞外传递。例如,DNA损伤可以导致模式识别受体的激活,这可以向免疫系统发出受损细胞的信号,以消除它们。因此,对DNA损伤的反应是深远的,并调节细胞生物学的多个方面。

  尽管已经对基因组维持机制进行了广泛研究,但重要的DNA修复因子仍未被发现。最近的例子包括可促进NHEJ并拮抗末端切除的shieldin和HMCES,一种保护ssDNA中无碱基位点的保守自杀酶。到现在为止,对DNA损伤与不直接参与DNA修复调节的细胞过程如何相互作用的了解也很少。

  基于CRISPR的遗传筛选的出现使得能够进行人类细胞中基因-基因和基因-药物相互作用的基因组规模分析 。因此,可以无偏见地绘制人类对遗传毒性胁迫的反应图。但是,由于这些筛选是孤立进行的,因此无法提供人类DNA损伤反应的全局视图,也无法通过基因相互作用相似性分析等方法进行基因功能推断。

  因此,研究人员旨在通过在永生化的人类二倍体细胞系(RPE1 hTERT)中进行28个基因组规模的CRISPR筛选,来绘制对DNA损伤和遗传毒性剂反应的遗传网络图谱,该筛选评估了对多种遗传毒性剂的反应,包括癌症治疗剂,例如电离辐射(IR),喜树碱(CPT),顺铂和阿霉素。结果是一个数据集,揭示了新的DNA修复因子,为遗传毒性药物的作用机理提供了新见解,并揭示了遗传毒性压力与核外过程之间的其他联系。

  参考消息:

  doi:0.1016/j.cell.2020.05.040

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