我们从行政许可和特许经营权的概念和特点对两者有所了解后，现在就来看看它们到底有哪些区别。
三、内容不同
1.行政许可
行政许可的内容由法律、法规进行规范，表现出较为严格的法定性。
首先，无需合意。行政许可经过企业申请、政府审批取得，无需签订协议，没有协商过程，行政机关不会也不能向相对人妥协。
其次，不能互选。只要相对人符合资质条件，行政机关就应该授予许可，不享有自由裁量权力。再次，内容固定，行政许可的内容由法律规定。
2.特许经营权
特许经营权的内容由协议约定，政府必须与企业签订协议来约定双方权利义务，成为区分特许经营权与行政许可的关键界碑。
特许经营协议无论是被定性为行政合同还是民事合同，其内含的契约性质都是无法被否认的。
具体而言，特许经营协议的契约性表现在以下几个方面：
(1)协议达成的合意性
特许经营协议需要双方协商一致方可达成，协商过程体现出一定的妥协性。如政府为了吸引企业前来竞标，往往以给予某些便利、帮助或补贴等为条件。
(2)协议对象的互选性
当多个地区出现特许经营项目时，企业可以任选其中一个进行投标；政府也可以在多个竞标企业中选择最为合适的企业授予其特许经营权。
(3)协议内容的灵活性
这种灵活性尤其体现在双方可以就项目收益和融资方式进行协商。如《基础设施和公用事业特许经营管理办法》允许企业通过向用户收费等方式获益，并由政府提供可行性缺口补助；鼓励企业利用特许经营项目预期收益质押贷款，支持利用相关收益作为还款来源。
四、取得成本不同
1.行政许可
行政许可通常不涉及被许可人的收益和融资问题，除法律另有规定外许可实施中不得收费。
《中华人民共和国行政许可法》第五十八条 行政机关实施行政许可和对行政许可事项进行监督检查，不得收取任何费用。但是，法律、行政法规另有规定的，依照其规定。行政机关提供行政许可申请书格式文本，不得收费。行政机关实施行政许可所需经费应当列入本行政机关的预算，由本级财政予以保障，按照批准的预算予以核拨。
2.特许经营权
特许经营权需要地方政府通过公开、公平的方式征召受许人，并且受许人通常可能需要直接或变向的支付费用，需要支出相应的成本才能取得特许经营权。
五、未履行义务的法律后果不同
1.行政许可
依法已经取得的行政许可，被许可人未按规定提供服务，政府不能做出撤销许可决定。
《中华人民共和国行政许可法》第六十七条 取得直接关系公共利益的特定行业的市场准入行政许可的被许可人，应当按照国家规定的服务标准、资费标准和行政机关依法规定的条件，向用户提供安全、方便、稳定和价格合理的服务，并履行普遍服务的义务；未经作出行政许可决定的行政机关批准，不得擅自停业、歇业。被许可人不履行前款规定的义务的，行政机关应当责令限期改正，或者依法采取有效措施督促其履行义务。
但未提供服务不属于《中华人民共和国行政许可法》第69条、第71条规定的行政许可撤销情形，行政机关原则上不能因此撤销被许可人的行政许可。
2.特许经营权
取得特许经营权的经营企业拒不履行协议约定，政府可以接管特许经营项目。
2004年实施的《市政公用事业特许经营管理办法》第18条规定，特许经营企业擅自停业、歇业，严重影响社会公共利益和安全的，主管部门应当终止特许经营协议，取消特许经营权，并可实施临时接管。
六、转让限制不同
1.行政许可
《中华人民共和国行政许可法》第九条 依法取得的行政许可，除法律、法规规定依照法定条件和程序可以转让的外，不得转让。
第八十条 被许可人有下列行为之一的，行政机关应当依法给予行政处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任：(一)涂改、倒卖、出租、出借行政许可证件，或者以其他形式非法转让行政许可的。
2.特许经营权
特许经营权在符合一定条件的情况下，经授予方同意，可以转让。
获得特许经营权的企业确需变更名称、地址、法定代表人的，应当提前书面告知主管部门，并经其同意。
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