看多了生信的文章，想必都知道，绝大多数生信文章中仅做了生信分析就发表，并未做进一步深入实验研究。相必有人问，对于机制的研究也许作者都在进行中，现在着手是不是为时已晚？不尽然。我们不仅可以直接通过高分生信文章中挖掘，还可以对已公布的原始数据进行二次回收利用，如何挖掘，让我们来看看最近的文章就知道了。
1、从转录组数据中挖掘：2021年1月，Zheng Y等课题组通过TCGA数据库/芯片数据库中挖掘到干细胞癌关键基因（STOML2，线粒体内膜蛋白），并对其进行深入的功能机制研究，揭示了STOML2可以通过促进pink1介导的线粒体自噬增强肝细胞癌的转移，并调节对lenvatinib的敏感性。结果于2021年1月发表在J Hematol Oncol（IF-11.059）杂志中。
2、转录组数据结合白蛋组数据挖掘：2021年1月Zhang等的课题组通过TCGA数据库中的黑色素瘤数据和临床样本分析发现，肿瘤相关抗原Prame在肿瘤组织及正常组织中异常表达且与患者预后不良相关和蛋白质组学分析发现p14/ARF是RBX1的一个新的泛素靶点，随后通过实验的手段进行研究三者之间的联系，揭示了肿瘤细胞中过表达的PRAME使RBX1-Cullin2-EloB-Prame E3连接酶（CRL2）失活，并通过诱导G2/M期细胞周期阻滞来阻止p14/ARF的降解，从而抑制肿瘤的增长。结果于2021年1月发表于J Hematol Oncol（IF=11.059）杂志中。
除了以上的案例，还有很多的高分文章的前期基础都离不开数据的挖掘，话不多说，下面来看看一篇生信文章《Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in bladder urothelial carcinoma，Nat Commun,2020,11(1): 5077》，IF=12.121，如何从该文章的结果中挖掘新的研究思路。
先来看看文章的整体规划及可借鉴的研究思路：
摘要
肿瘤微环境(TME)是一个潜在的治疗靶点，为了突破膀胱癌（BC）的传统治疗方法及提高治疗效果，作者通过对8个BC肿瘤样本和3个癌旁样本进行单细胞RNA测序，并在BC微环境中鉴定出19种不同的细胞类型，揭示肿瘤内异质性高。此外发现，肿瘤细胞下调MHC-II分子，提示下调的癌细胞免疫原性可能有助于形成免疫抑制微环境。
分析思路
研究结果及亮点
1、膀胱癌细胞的异质性及CNV拷贝数变异可能是导致膀胱癌异质性的主要因素（亮点1）
（1）作者通过单细胞测序技术及细胞群鉴定，通过指定的细胞marker基因进行细胞群体鉴定，鉴定出来的细胞类型的功能符合该类细胞的特征和功能，从而确定这些marker基因具有较高的特异性，因此，可为今后研究该细胞功能的机制研究奠定基础。
（2）InferCNV实验证实：CNVs在大多数高级别肿瘤来源的EPCs中发生，并在细胞群中表现出高度的异质性这表明肿瘤细胞极高的异质性可能是由拷贝数变化引起。因此，这一部分研究可作为新的研究思路。
研究思路1：哪些细胞中的基因发生CNVs的变化及变化后是如何影响膀胱癌细胞异质性和对癌症的进展有什么影响。
2、肿瘤区域单核细胞向M2极化（亮点2）
作者通过流式细胞术鉴定出七大细胞簇，两大细胞簇不仅表达髓样标记物还表达上皮/内皮标记物。其中，单核细胞主要来源于正常粘膜组织及肿瘤相关巨噬细胞主要富集于癌组织中，作者通过对单核细胞和TAMs（肿瘤相关巨噬细胞）进行了轨迹分析及RNA变化分析，结果发现这两种细胞类型的转录本出现持续性变化，表明募集到肿瘤区域的单核细胞被重新编程为肿瘤相关巨噬细胞。其次，通过SCENIC工具分析发现，BACH1，MAFG和NFE2这三个motif的活性下调，而MAF，STAT1和STAT2等motif的激活导致M2极化过程，为抑制或逆转免疫抑制微环境的形成提供了潜在的靶点。
研究思路2：单核细胞如何向M2极化及相关转录因子motif的活化/抑制又是如何逆转/抑制免疫抑制微环境，从而参与肿瘤的发展过程。
3、炎症性成纤维细胞（iCAF）参与膀胱尿路上皮癌的发生发展过程（亮点3）
作者在肿瘤组织中筛选到新的成纤维细胞亚型（iCAF），并通过iCAF与癌细胞共培养，发现iCAF促进肿瘤的增殖；且通过cellphoneDB2分析iCAF-cell之间的相互作用，发现iCAF与其他细胞的相互作用最多且与上皮细胞的相互作用最强，并在文中发现了iCAF分泌的细胞因子不仅与转移相关、血管生成及顺铂耐药相关受体相结合，且在iCAF中，肿瘤增殖相关基因高表达，从而说明iCAF可能参与膀胱癌的发展过程。
研究思路3：iCAF如何参与癌症的转移、增殖、血管生成及介导顺铂耐药。
总结
对于高分的生信分析文章，只要我们慢慢品，会得到意想不到的收获。下期我们来分享分享《如何看生信分析结果及应用》及《如何通过代码复现生信文章数据》。敬请期待！
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